seq1 = pF1KE2516.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KE2516/gi568815592f_43670708.tfa (gi568815592f:43670708_43882087), 211380 bp

>pF1KE2516 1113
>gi568815592f:43670708_43882087 (Chr6)

1-606  (100000-100605)   99% ->
607-658  (103634-103685)   100% ->
659-855  (106762-106958)   100% ->
856-932  (107753-107829)   100% ->
933-962  (108182-108211)   100% ->
963-1094  (111249-111380)   100% ->
1095-1113  (113834-113852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGACAGACAGACAGACACCGCCCCCAGCCCCAGCTACCACCTCCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 CTGACGGACAGACAGACAGACACCGCCCCCAGCCCCAGCTACCACCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGCCGGCGGCGGACAGTGGACGCGGCGGCGAGCCGCGGGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 CCCCGGCCGGCGGCGGACAGTGGACGCGGCGGCGAGCCGCGGGCAGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGCCCGCGCCCGGAGGCGGGGTGGAGGGGGTCGGGGCTCGCGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 CGGAGCCCGCGCCCGGAGGCGGGGTGGAGGGGGTCGGGGCTCGCGGCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCACTGAAACTTTTCGTCCAACTTCTGGGCTGTTCTCGCTTCGGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100150 GCACTGAAACTTTTCGTCCAACTTCTGGGCTGTTCTCGCTTCGGAGGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGTCCGCGCGGGGGAAGCCGAGCCGAGCGGAGCCGCGAGAAGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 CGTGGTCCGCGCGGGGGAAGCCGAGCCGAGCGGAGCCGCGAGAAGTGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTCGGGCCGGGAGGAGCCGCAGCCGGAGGAGGGGGAGGAGGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 GCTCGGGCCGGGAGGAGCCGCAGCCGGAGGAGGGGGAGGAGGAAGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGAAGAGGAGAGGGGGCCGCAGTGGCGACTCGGCGCTCGGAAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 AAGGAAGAGGAGAGGGGGCCGCAGTGGCGACTCGGCGCTCGGAAGCCGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCATGGACGGGTGAGGCGGCGGTGTGCGCAGACAGTGCTCCAGCCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 CTCATGGACGGGTGAGGCGGCGGTGTGCGCAGACAGTGCTCCAGCCGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCTCCCCAGGCCCTGGCCCGGGCCTCGGGCCGGGGAGGAAGAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 GCGCTCCCCAGGCCCTGGCCCGGGCCTCGGGCCGGGGAGGAAGAGTAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCCGAGGCGCCGAGGAGAGCGGGCCGCCCCACAGCCCGAGCCGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CGCCGAGGCGCCGAGGAGAGCGGGCCGCCCCACAGCCCGAGCCGGAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGCGCGAGCCGCGCCGGCCCCGGTCGGGCCTCCGAAACCATGAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 GAGCGCGAGCCGCGCCGGCCCCGGTCGGGCCTCCGAAACCATGAACTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGTCTTGGGTGCATTGGAGCCTTGCCTTGCTGCTCTACCTCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 TGCTGTCTTGGGTGCATTGGAGCCTTGCCTTGCTGCTCTACCTCCACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCAAG         TGGTCCCAGGCTGCACCCATGGCAGAAGGAGGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GCCAAGGTA...CAGTGGTCCCAGGCTGCACCCATGGCAGAAGGAGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCAGAATCATCACGAAG         TGGTGAAGTTCATGGATGTCTATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103669 GCAGAATCATCACGAAGGTG...CAGTGGTGAAGTTCATGGATGTCTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCGCAGCTACTGCCATCCAATCGAGACCCTGGTGGACATCTTCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106786 AGCGCAGCTACTGCCATCCAATCGAGACCCTGGTGGACATCTTCCAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACCCTGATGAGATCGAGTACATCTTCAAGCCATCCTGTGTGCCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106836 TACCCTGATGAGATCGAGTACATCTTCAAGCCATCCTGTGTGCCCCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCGATGCGGGGGCTGCTGCAATGACGAGGGCCTGGAGTGTGTGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106886 GCGATGCGGGGGCTGCTGCAATGACGAGGGCCTGGAGTGTGTGCCCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGAGTCCAACATCACCATGCAG         ATTATGCGGATCAAACCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106936 AGGAGTCCAACATCACCATGCAGGTG...CAGATTATGCGGATCAAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CACCAAGGCCAGCACATAGGAGAGATGAGCTTCCTACAGCACAACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107771 CACCAAGGCCAGCACATAGGAGAGATGAGCTTCCTACAGCACAACAAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAATGCAG         ACCAAAGAAAGATAGAGCAAGACAAGAAAA  
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107821 TGAATGCAGGTG...CAGACCAAAGAAAGATAGAGCAAGACAAGAAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963        TCCCTGTGGGCCTTGCTCAGAGCGGAGAAAGCATTTGTTTGTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108214 A...CAGTCCCTGTGGGCCTTGCTCAGAGCGGAGAAAGCATTTGTTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAAGATCCGCAGACGTGTAAATGTTCCTGCAAAAACACAGACTCGCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111292 CAAGATCCGCAGACGTGTAAATGTTCCTGCAAAAACACAGACTCGCGTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAAGGCGAGGCAGCTTGAGTTAAACGAACGTACTTGCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111342 CAAGGCGAGGCAGCTTGAGTTAAACGAACGTACTTGCAGGTT...CAGAT

   1150     .    :    .
   1097 GTGACAAGCCGAGGCGG
        |||||||||||||||||
 113836 GTGACAAGCCGAGGCGG