seq1 = pF1KE2515.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KE2515/gi568815579f_49579870.tfa (gi568815579f:49579870_49788242), 208373 bp

>pF1KE2515 1113
>gi568815579f:49579870_49788242 (Chr19)

1-36  (97412-97447)   100% ->
37-90  (100003-100056)   100% ->
91-192  (100618-100719)   100% ->
193-348  (102041-102196)   100% ->
349-412  (102327-102390)   100% ->
413-555  (104058-104200)   100% ->
556-643  (104885-104972)   100% ->
644-759  (105053-105168)   100% ->
760-910  (106224-106374)   100% ->
911-1032  (106736-106857)   100% ->
1033-1113  (108293-108373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCCGAGGCCGCGAACTGCATCATGGAG         AATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  97412 ATGGCGGCAGCCGAGGCCGCGAACTGCATCATGGAGGTG...TAGAATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTAGCCACCTTGGCTAATGGGATGAGCCTCCAGCCGCCTCTTGAAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100008 TGTAGCCACCTTGGCTAATGGGATGAGCCTCCAGCCGCCTCTTGAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91         GTGTCCTGTGGCCAGGCGGAAAGCAGTGAGAAGCCCAACGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 TA...CAGGTGTCCTGTGGCCAGGCGGAAAGCAGTGAGAAGCCCAACGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGGACATGACATCCAAAGATTACTACTTTGACTCCTACGCACACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 GAGGACATGACATCCAAAGATTACTACTTTGACTCCTACGCACACTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCCACGAG         GAGATGCTGAAGGACGAGGTGCGCACCCTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 CATCCACGAGGTC...TAGGAGATGCTGAAGGACGAGGTGCGCACCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTTACCGCAACTCCATGTTTCATAACCGGCACCTCTTCAAGGACAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 CTTACCGCAACTCCATGTTTCATAACCGGCACCTCTTCAAGGACAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGCTGGACGTCGGCTCGGGCACCGGCATCCTCTGCATGTTTGCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 GTGCTGGACGTCGGCTCGGGCACCGGCATCCTCTGCATGTTTGCTGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCGGGGCCCGCAAGGTCATCGGG         ATCGAGTGTTCCAGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102172 GGCCGGGGCCCGCAAGGTCATCGGGGTG...CAGATCGAGTGTTCCAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTCTGATTATGCGGTGAAGATCGTCAAAGCCAACAAGTTAGACCACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102343 TCTCTGATTATGCGGTGAAGATCGTCAAAGCCAACAAGTTAGACCACGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413        TGGTGACCATCATCAAGGGGAAGGTGGAGGAGGTGGAGCTCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 G...CAGTGGTGACCATCATCAAGGGGAAGGTGGAGGAGGTGGAGCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTGGAGAAGGTGGACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGCTACTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104101 AGTGGAGAAGGTGGACATCATCATCAGCGAGTGGATGGGCTACTGCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTACGAGTCCATGCTCAACACCGTGCTCTATGCCCGGGACAAGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104151 TCTACGAGTCCATGCTCAACACCGTGCTCTATGCCCGGGACAAGTGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          GCGCCCGATGGCCTCATCTTCCCAGACCGGGCCACGCTGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104201 GTG...TAGGCGCCCGATGGCCTCATCTTCCCAGACCGGGCCACGCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGACGGCCATCGAGGACCGGCAGTACAAAGACTACAAGATCCACT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104926 TGTGACGGCCATCGAGGACCGGCAGTACAAAGACTACAAGATCCACTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644       GGTGGGAGAACGTGTATGGCTTCGACATGTCTTGCATCAAAGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104976 ...CAGGGTGGGAGAACGTGTATGGCTTCGACATGTCTTGCATCAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGGCCATTAAGGAGCCCCTAGTGGATGTCGTGGACCCCAAACAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105097 GTGGCCATTAAGGAGCCCCTAGTGGATGTCGTGGACCCCAAACAGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CACCAACGCCTGCCTCATAAAG         GAGGTGGACATCTATACCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105147 CACCAACGCCTGCCTCATAAAGGTG...CAGGAGGTGGACATCTATACCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCAAGGTGGAAGACCTGACCTTCACCTCCCCGTTCTGCCTGCAAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106243 TCAAGGTGGAAGACCTGACCTTCACCTCCCCGTTCTGCCTGCAAGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGAATGACTACGTGCACGCCCTGGTGGCCTACTTCAACATCGAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106293 CGGAATGACTACGTGCACGCCCTGGTGGCCTACTTCAACATCGAGTTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACGCTGCCACAAGAGGACCGGCTTCTCCACCA         GCCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106343 ACGCTGCCACAAGAGGACCGGCTTCTCCACCAGTG...CAGGCCCCGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCCCGTACACGCACTGGAAGCAGACGGTGTTCTACATGGAGGACTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106745 CCCCGTACACGCACTGGAAGCAGACGGTGTTCTACATGGAGGACTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACCGTGAAGACGGGCGAGGAGATCTTCGGCACCATCGGCATGCGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106795 ACCGTGAAGACGGGCGAGGAGATCTTCGGCACCATCGGCATGCGGCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGCCAAGAACAAC         CGGGACCTGGACTTCACCATCGACCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106845 CGCCAAGAACAACGTG...CAGCGGGACCTGGACTTCACCATCGACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTTCAAGGGCCAGCTGTGCGAGCTGTCCTGCTCCACCGACTACCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108321 ACTTCAAGGGCCAGCTGTGCGAGCTGTCCTGCTCCACCGACTACCGGATG

   1200 
   1111 CGC
        |||
 108371 CGC