seq1 = pF1KE2508.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE2508/gi568815593f_68190729.tfa (gi568815593f:68190729_68397598), 206870 bp

>pF1KE2508 1362
>gi568815593f:68190729_68397598 (Chr5)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-209  (101531-101633)   100% ->
210-308  (102373-102471)   100% ->
309-489  (102575-102755)   100% ->
490-615  (102981-103106)   99% ->
616-758  (103808-103950)   99% ->
759-935  (104420-104596)   100% ->
936-1004  (104692-104760)   100% ->
1005-1175  (105443-105613)   100% ->
1176-1362  (106684-106870)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAATACTGTTTGGAATATGGAAGACCTGGATTTAGAATATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAATACTGTTTGGAATATGGAAGACCTGGATTTAGAATATGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAGATATAAATTGTGGCACAGACTTGATGTTTTATATAGAAATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAGATATAAATTGTGGCACAGACTTGATGTTTTATATAGAAATGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCAG         CACTGCCTCCTAAACCACCAAAACCTACTACTGTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCAGGTA...CAGCACTGCCTCCTAAACCACCAAAACCTACTACTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAACAACGGTATGAATAACAATATGTCCTTACAAGATGCTGAATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 GCCAACAACGGTATGAATAACAATATGTCCTTACAAGATGCTGAATGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGGGAGATATCTCGAG         GGAAGAAGTGAATGAAAAACTTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101616 CTGGGGAGATATCTCGAGGTA...CAGGGAAGAAGTGAATGAAAAACTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGATACAGCAGACGGGACCTTTTTGGTACGAGATGCGTCTACTAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 GAGATACAGCAGACGGGACCTTTTTGGTACGAGATGCGTCTACTAAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATGGTGATTATACTCTTACACTAAG         GAAAGGGGGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102446 CATGGTGATTATACTCTTACACTAAGGTA...CAGGAAAGGGGGAAATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAATTAATCAAAATATTTCATCGAGATGGGAAATATGGCTTCTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102590 CAAATTAATCAAAATATTTCATCGAGATGGGAAATATGGCTTCTCTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATTAACCTTCAGTTCTGTGGTTGAATTAATAAACCACTACCGGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102640 CATTAACCTTCAGTTCTGTGGTTGAATTAATAAACCACTACCGGAATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTCTAGCTCAGTATAATCCCAAATTGGATGTGAAATTACTTTATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102690 TCTCTAGCTCAGTATAATCCCAAATTGGATGTGAAATTACTTTATCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCCAAATACCAACAG         GATCAAGTTGTCAAAGAAGATAATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102740 ATCCAAATACCAACAGGTA...TAGGATCAAGTTGTCAAAGAAGATAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAAGCTGTAGGGAAAAAATTACATAAATATAACACTCAGTTTCAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 103006 TTGAAGCTGTAGGGAAAAAATTACATGAATATAACACTCAGTTTCAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAAGTCGAGAATATGATAGATTATATGAAGAATATACCCGCACATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103056 AAAAGTCGAGAATATGATAGATTATATGAAGAATATACCCGCACATCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GAAATCCAAATGAAAAGGACAGCTATTGAAGCATTTAATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 GGTG...CAGGAAATCCAAATGAAAAGGACAGCTATTGAAGCATTTAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAACCATAAAAATATTTGAAGAACAGTGCCAGACCCAAGAGCGGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103848 AAACCATAAAAATATTTGAAGAACAGTGCCAGACCCAAGAGCGGTACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGAATACATAGAAAAGTTCAAACGTGAAGGCAATGAGAAAGAAATACA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 103898 AAAGAATACATAGAAAAGTTTAAACGTGAAGGCAATGAGAAAGAAATACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAG         GATTATGCATAATTATGATAAGTTGAAGTCTCGAATCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103948 AAGGTT...CAGGATTATGCATAATTATGATAAGTTGAAGTCTCGAATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGAAATTATTGACAGTAGAAGAAGATTGGAAGAAGACTTGAAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104458 GTGAAATTATTGACAGTAGAAGAAGATTGGAAGAAGACTTGAAGAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGCTGAGTATCGAGAAATTGACAAACGTATGAACAGCATTAAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104508 GCAGCTGAGTATCGAGAAATTGACAAACGTATGAACAGCATTAAACCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTTATCCAGCTGAGAAAGACGAGAGACCAATACTTGAT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104558 CCTTATCCAGCTGAGAAAGACGAGAGACCAATACTTGATGTA...CAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGTTGACTCAAAAAGGTGTTCGGCAAAAGAAGTTGAACGAGTGGTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104694 GGTTGACTCAAAAAGGTGTTCGGCAAAAGAAGTTGAACGAGTGGTTGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATGAAAACACTGAAGA         CCAATATTCACTGGTGGAAGATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104744 AATGAAAACACTGAAGAGTA...TAGCCAATATTCACTGGTGGAAGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAGATTTGCCCCATCATGATGAGAAGACATGGAATGTTGGAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105467 TGAAGATTTGCCCCATCATGATGAGAAGACATGGAATGTTGGAAGCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCGAAACAAAGCTGAAAACCTGTTGCGAGGGAAGCGAGATGGCACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105517 ACCGAAACAAAGCTGAAAACCTGTTGCGAGGGAAGCGAGATGGCACTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTTGTCCGGGAGAGCAGTAAACAGGGCTGCTATGCCTGCTCTGTAGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105567 CTTGTCCGGGAGAGCAGTAAACAGGGCTGCTATGCCTGCTCTGTAGTGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176       GGTGGACGGCGAAGTAAAGCATTGTGTCATAAACAAAACAGCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105617 ...TAGGGTGGACGGCGAAGTAAAGCATTGTGTCATAAACAAAACAGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGGCTATGGCTTTGCCGAGCCCTATAACTTGTACAGCTCTCTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106728 CTGGCTATGGCTTTGCCGAGCCCTATAACTTGTACAGCTCTCTGAAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGGTGCTACATTACCAACACACCTCCCTTGTGCAGCACAACGACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106778 CTGGTGCTACATTACCAACACACCTCCCTTGTGCAGCACAACGACTCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAATGTCACACTAGCCTACCCAGTATATGCACAGCAGAGGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106828 CAATGTCACACTAGCCTACCCAGTATATGCACAGCAGAGGCGA