seq1 = pF1KE2506.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE2506/gi568815594f_121701425.tfa (gi568815594f:121701425_121916447), 215023 bp

>pF1KE2506 1368
>gi568815594f:121701425_121916447 (Chr4)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-161  (100403-100497)   100% ->
162-281  (101250-101369)   100% ->
282-384  (101491-101593)   100% ->
385-522  (103198-103335)   100% ->
523-605  (106116-106198)   100% ->
606-738  (108543-108675)   100% ->
739-827  (110159-110247)   100% ->
828-974  (111810-111956)   100% ->
975-1156  (112442-112623)   100% ->
1157-1207  (114720-114770)   100% ->
1208-1286  (114945-115023)   100% ->
1287-1368  (115348-115429)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAAACGCCACTCTCAAACTGCGAACGCCGCTTCCTACTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAAACGCCACTCTCAAACTGCGAACGCCGCTTCCTACTCCGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCGAAGAGAAGAAG         CGGCTGGATGGCAGACAAACCTATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCGAAGAGAAGAAGGTA...CAGCGGCTGGATGGCAGACAAACCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTATAGGAACATCAGGATCTCATTTGGAACAGATTACGGATGCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 ATTATAGGAACATCAGGATCTCATTTGGAACAGATTACGGATGCTGCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAACTTGGAAAAACAAG         AGTTCTTGGACAGGTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100478 GTGGAACTTGGAAAAACAAGGTA...CAGAGTTCTTGGACAGGTTTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAACTTGTGTCTCCAAAACTCAATCGGGCAACAGAAGGTATTCTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 TGAACTTGTGTCTCCAAAACTCAATCGGGCAACAGAAGGTATTCTTTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAACCTTGAACTCTCTCAGATGGCCGCTCCAGCTTTCGAACCTGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101321 TTAACCTTGAACTCTCTCAGATGGCCGCTCCAGCTTTCGAACCTGGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282         GCAGTCAGATCTCTTGGTGAAGTTGAATCGACTCATGGAAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 TA...TAGGCAGTCAGATCTCTTGGTGAAGTTGAATCGACTCATGGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATGTCTAAGAAATTCGAAGTGTATAGACACTGAGTCTCTCTGTGTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 ATGTCTAAGAAATTCGAAGTGTATAGACACTGAGTCTCTCTGTGTTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGTGAAAAG         GTTTGGCAAATACGTGTAGACCTACATTTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101583 CTGGTGAAAAGGTG...CAGGTTTGGCAAATACGTGTAGACCTACATTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTAAATCATGATGGAAATATTATTGATGCTGCCAGCATTGCTGCAATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103228 TTAAATCATGATGGAAATATTATTGATGCTGCCAGCATTGCTGCAATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCTTATGTCATTTCCGAAGACCTGATGTCTCTGTCCAAGGAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 GGCCTTATGTCATTTCCGAAGACCTGATGTCTCTGTCCAAGGAGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAACACTG         TATACACCTGAAGAGCGTGATCCTGTACCATTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103328 TAACACTGGTA...CAGTATACACCTGAAGAGCGTGATCCTGTACCATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTATCCACCACATGCCCATTTGTGTCAGTTTTGCCTTTTTCCAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106149 AGTATCCACCACATGCCCATTTGTGTCAGTTTTGCCTTTTTCCAGCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          AACATATTTATTGGTGGATCCCAATGAACGAGAAGAACGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106199 GTA...CAGAACATATTTATTGGTGGATCCCAATGAACGAGAAGAACGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGATGGATGGCTTGCTGGTGATTGCCATGAACAAACATCGAGAGATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108584 TGATGGATGGCTTGCTGGTGATTGCCATGAACAAACATCGAGAGATTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTATCCAGTCCAGTGGTGGGATAATGCTACTAAAAGATCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108634 ACTATCCAGTCCAGTGGTGGGATAATGCTACTAAAAGATCAAGTT...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GTTCTGAGATGCAGTAAAATCGCTGGTGTGAAAGTAGCAGAAATTACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110158 GGTTCTGAGATGCAGTAAAATCGCTGGTGTGAAAGTAGCAGAAATTACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTAATATTGAAAGCTTTGGAGAATGACCAAAAAGTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110208 AGCTAATATTGAAAGCTTTGGAGAATGACCAAAAAGTAAGGTA...CAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAAGAAGGTGGAAAGTTTGGTTTTGCAGAGTCTATAGCAAATCAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111811 AAAGAAGGTGGAAAGTTTGGTTTTGCAGAGTCTATAGCAAATCAAAGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACAGCATTTAAAATGGAAAAGGCCCCTATTGATACCTCGGATGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111861 CACAGCATTTAAAATGGAAAAGGCCCCTATTGATACCTCGGATGTAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAAAGCAGAAGAAATCATTGCTGAAGCAGAACCTCCTTCAGAAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111911 AAAAAGCAGAAGAAATCATTGCTGAAGCAGAACCTCCTTCAGAAGTGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975      TGTTTCTACACCTGTGCTATGGACTCCTGGAACTGCCCAAATTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111961 ..AAGTGTTTCTACACCTGTGCTATGGACTCCTGGAACTGCCCAAATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAGGGAGTAGAAAACTCCTGGGGTGATCTTGAAGACTCTGAGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112487 AGAGGGAGTAGAAAACTCCTGGGGTGATCTTGAAGACTCTGAGAAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGATGAAGGCGGTGGTGATCAAGCTATCATTCTTGATGGTATAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112537 ATGATGAAGGCGGTGGTGATCAAGCTATCATTCTTGATGGTATAAAAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACACTGGAGTAGAAGTCTCTGATATTGGAAGCCAAG         AGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112587 GACACTGGAGTAGAAGTCTCTGATATTGGAAGCCAAGGTA...TAGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGACTCGAGTTCCTGACCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114724 GGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGACTCGAGTTCCTGACCTCAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208       ATGCTCCCATAATACTCTCAGATAGTGAAGAAGAAGAAATGATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114774 ...AAGATGCTCCCATAATACTCTCAGATAGTGAAGAAGAAGAAATGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATTTTGGAACCAGACAAGAATCCAAAGAAAATAAG         AACACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114989 ATTTTGGAACCAGACAAGAATCCAAAGAAAATAAGGTA...CAGAACACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GACCACCAGTGCAAAACAAGAAAAAGCACCAAGTAAAAAGCCAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115354 GACCACCAGTGCAAAACAAGAAAAAGCACCAAGTAAAAAGCCAGTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .
   1343 GAAGAAAAAAGAAGAGAGCTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 115404 GAAGAAAAAAGAAGAGAGCTGCCAAT