seq1 = pF1KE2501.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE2501/gi568815597f_156099848.tfa (gi568815597f:156099848_156310428), 210581 bp

>pF1KE2501 966
>gi568815597f:156099848_156310428 (Chr1)

1-625  (100001-100625)   100% ->
626-777  (108015-108166)   100% ->
778-966  (110393-110581)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACAAACGCAACATCCAGATCATCGAGTGGGAACACCTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACAAACGCAACATCCAGATCATCGAGTGGGAACACCTGGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAAGTTCTACGTGTTTGGTGTGGCAATGACAATGATGATCCGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAAGTTCTACGTGTTTGGTGTGGCAATGACAATGATGATCCGTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGTCTACCCATTCACCCTCATCCGCACCCGGTTGCAAGTTCAGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGTCTACCCATTCACCCTCATCCGCACCCGGTTGCAAGTTCAGAAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAGCCTCTACCATGGGACCTTCGATGCCTTCATCAAGATCCTGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAGCCTCTACCATGGGACCTTCGATGCCTTCATCAAGATCCTGCGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATGGTATCACTGGCCTCTACCGAGGGTTCCTGGTCAATACCTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATGGTATCACTGGCCTCTACCGAGGGTTCCTGGTCAATACCTTCACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCTCTGGCCAGTGTTATGTCACCACTTATGAGCTCACCCGGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATCTCTGGCCAGTGTTATGTCACCACTTATGAGCTCACCCGGAAGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAGCTGACTACAGCCAGAGTAACACAGTCAAATCACTGGTGGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAGCTGACTACAGCCAGAGTAACACAGTCAAATCACTGGTGGCTGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCAGCCTCCCTTGTGGCCCAGAGCATCACAGTGCCCATTGATGTAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCAGCCTCCCTTGTGGCCCAGAGCATCACAGTGCCCATTGATGTAGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCAGCACCTGATGATGCAACGCAAGGGTGAGAAAATGGGCCGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCAGCACCTGATGATGCAACGCAAGGGTGAGAAAATGGGCCGCTTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGCGGGGGAACCCAGAGGGACAAGGGGTAGTTGCCTTTGGCCAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGCGGGGGAACCCAGAGGGACAAGGGGTAGTTGCCTTTGGCCAAACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACATCATCAGGCAGATCCTGCAGGCTGATGGACTTCGCGGCTTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGACATCATCAGGCAGATCCTGCAGGCTGATGGACTTCGCGGCTTCTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGGCTATGTGGCTTCACTGCTTACCTATATCCCAAACAGTGCTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGGCTATGTGGCTTCACTGCTTACCTATATCCCAAACAGTGCTGTCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGGCCCTTCTATCACTTCTATGCAG         CCATTGTCTTTCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100601 TGGCCCTTCTATCACTTCTATGCAGGTA...TAGCCATTGTCTTTCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GATTCCAGAGCAGCTCTCCTACCTGTGTCCTAAGGAGTGCCCTCACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108031 GATTCCAGAGCAGCTCTCCTACCTGTGTCCTAAGGAGTGCCCTCACATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTTTCAAGCTGTCTCGGGGCCCCTGGCTGCAGCCACTGCCTCCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108081 TCTTTCAAGCTGTCTCGGGGCCCCTGGCTGCAGCCACTGCCTCCATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCAATCCCATGGATGTCATACGAACCCGTGTGCAG         GTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108131 ACCAATCCCATGGATGTCATACGAACCCGTGTGCAGGTA...CAGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGGCAAGAACTCCATCATCCTGACCTTCAGACAGCTGATGGCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110398 GGGCAAGAACTCCATCATCCTGACCTTCAGACAGCTGATGGCAGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGCCTTGGGGCCTCATGAAGGGCCTCTCGGCCAGAATCATCTCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110448 GGCCTTGGGGCCTCATGAAGGGCCTCTCGGCCAGAATCATCTCAGCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTTCCACCATTGTCATTGTGGTGGGCTATGAGAGCCTCAAGAAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110498 CCTTCCACCATTGTCATTGTGGTGGGCTATGAGAGCCTCAAGAAACTCAG

    950     .    :    .    :    .    :
    933 CCTCCGACCTGAGCTGGTGGACTCGAGACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110548 CCTCCGACCTGAGCTGGTGGACTCGAGACACTGG