seq1 = pF1KE2497.tfa, 2526 bp
seq2 = pF1KE2497/gi568815593r_133099098.tfa (gi568815593r:133099098_133703983), 604886 bp

>pF1KE2497 2526
>gi568815593r:133099098_133703983 (Chr5)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ==
159-409  (302996-303246)   100% ->
410-603  (387332-387525)   100% ->
604-727  (391207-391330)   100% ->
728-894  (454408-454574)   100% ->
895-1015  (470447-470567)   100% ->
1016-1177  (478165-478326)   100% ->
1178-1312  (478700-478834)   100% ->
1313-1339  (479768-479794)   100% ->
1340-1458  (483118-483236)   100% ->
1459-1608  (486606-486755)   100% ->
1609-1716  (493686-493793)   100% ->
1717-1826  (501942-502051)   100% ->
1827-2526  (504187-504886)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACCAGGAGGCTTTTGGCTGCATCTCACACTGCTCGGAGCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACCAGGAGGCTTTTGGCTGCATCTCACACTGCTCGGAGCCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGCTGCGCTGGGATGGATGGACCCAGGAACCAGCAGAGGCCCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGCTGCGCTGGGATGGATGGACCCAGGAACCAGCAGAGGCCCGGATG

    100     .    :    .    :    .
    101 TGGGTGTGGGGGAGTCACAGGCAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGTGTGGGGGAGTCACAGGCAGAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 AGGGCTTTCCAGCCACAACGAGCTGCTGGCCTCCTGCGGGAAGAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302996 AGGGCTTTCCAGCCACAACGAGCTGCTGGCCTCCTGCGGGAAGAAGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 GCAGCCGAGGGAGCCGGTGCGTGCTCAGCAGGAAGACAGGGGAGCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303046 GCAGCCGAGGGAGCCGGTGCGTGCTCAGCAGGAAGACAGGGGAGCCCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 TGCCAGTGCCTGGAGGCATGCAGGCCCAGCTACGTGCCTGTGTGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303096 TGCCAGTGCCTGGAGGCATGCAGGCCCAGCTACGTGCCTGTGTGCGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    309 TGATGGGAGGTTTTATGAAAACCACTGTAAGCTCCACCGTGCTGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303146 TGATGGGAGGTTTTATGAAAACCACTGTAAGCTCCACCGTGCTGCTTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 TCCTGGGAAAGAGGATCACCGTCATCCACAGCAAGGACTGTTTCCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303196 TCCTGGGAAAGAGGATCACCGTCATCCACAGCAAGGACTGTTTCCTCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 G         GTGACACGTGCACCATGGCCGGCTACGCCCGCTTGAAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303246 GGTA...CAGGTGACACGTGCACCATGGCCGGCTACGCCCGCTTGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 TGTCCTTCTGGCACTCCAGACCCGTCTGCAGCCACTCCAAGAAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387372 TGTCCTTCTGGCACTCCAGACCCGTCTGCAGCCACTCCAAGAAGGAGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 GCAGACAAGACCCTGCCTCCCAGAAGCGCCTCCTGGTGGAATCTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387422 GCAGACAAGACCCTGCCTCCCAGAAGCGCCTCCTGGTGGAATCTCTGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AGGGACTTAGATGCAGATGGCAATGGCCACCTCAGCAGCTCCGAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387472 AGGGACTTAGATGCAGATGGCAATGGCCACCTCAGCAGCTCCGAACTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 TCAG         CATGTGCTGAAGAAGCAGGACCTGGATGAAGACTTAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387522 TCAGGTG...CAGCATGTGCTGAAGAAGCAGGACCTGGATGAAGACTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 TTGGTTGCTCACCAGGTGACCTCCTCCGATTTGACGATTACAACAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391244 TTGGTTGCTCACCAGGTGACCTCCTCCGATTTGACGATTACAACAGTGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 AGCTCCCTGACCCTCCGCGAGTTCTACATGGCCTTCC         AAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 391294 AGCTCCCTGACCCTCCGCGAGTTCTACATGGCCTTCCGTA...CAGAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732 GGTTCAGCTCAGCCTCGCCCCCGAGGACAGGGTCAGTGTGACCACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454412 GGTTCAGCTCAGCCTCGCCCCCGAGGACAGGGTCAGTGTGACCACAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CCGTGGGGCTGAGCACAGTGCTGACCTGCGCCGTCCATGGAGACCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454462 CCGTGGGGCTGAGCACAGTGCTGACCTGCGCCGTCCATGGAGACCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 CCACCAATCATCTGGAAGCGCAACGGGCTCACCCTGAACTTCCTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454512 CCACCAATCATCTGGAAGCGCAACGGGCTCACCCTGAACTTCCTGGACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 GGAAGACATCAAT         GACTTTGGAGAGGATGATTCCCTGTACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 454562 GGAAGACATCAATGTA...CAGGACTTTGGAGAGGATGATTCCCTGTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 TCACCAAGGTGACCACCATCCACATGGGCAATTACACCTGCCATGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 470475 TCACCAAGGTGACCACCATCCACATGGGCAATTACACCTGCCATGCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 GGCCACGAGCAGCTGTTCCAGACCCACGTCCTGCAGGTGAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 470525 GGCCACGAGCAGCTGTTCCAGACCCACGTCCTGCAGGTGAATGGTT...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1016   TGCCGCCAGTCATCCGTGTCTATCCAGAGAGCCAGGCACAGGAGCCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 478163 AGTGCCGCCAGTCATCCGTGTCTATCCAGAGAGCCAGGCACAGGAGCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064 GAGTGGCAGCCAGCCTAAGATGCCATGCTGAGGGCATTCCCATGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 478213 GAGTGGCAGCCAGCCTAAGATGCCATGCTGAGGGCATTCCCATGCCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114 ATCACTTGGCTGAAAAACGGCGTGGATGTCTCAACTCAGATGTCCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 478263 ATCACTTGGCTGAAAAACGGCGTGGATGTCTCAACTCAGATGTCCAAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164 GCTCTCCCTTTTAG         CCAATGGGAGCGAACTCCACATCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 478313 GCTCTCCCTTTTAGGTA...CAGCCAATGGGAGCGAACTCCACATCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205 GTGTTCGGTATGAAGACACAGGGGCATACACCTGCATTGCCAAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 478727 GTGTTCGGTATGAAGACACAGGGGCATACACCTGCATTGCCAAAAATGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255 GTGGGTGTGGATGAAGATATCTCCTCGCTCTTCATTGAAGACTCAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 478777 GTGGGTGTGGATGAAGATATCTCCTCGCTCTTCATTGAAGACTCAGCTAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1305 AAAGACCC         TTGCAAACATCCTGTGGCGAGAGGAAG      
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...
 478827 AAAGACCCGTA...CAGTTGCAAACATCCTGTGGCGAGAGGAAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340    GCCTCAGCGTGGGAAACATGTTCTATGTCTTCTCCGACGACGGTATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 483115 CAGGCCTCAGCGTGGGAAACATGTTCTATGTCTTCTCCGACGACGGTATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387 ATCGTCATCCATCCTGTGGACTGTGAGATCCAGAGGCACCTCAAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 483165 ATCGTCATCCATCCTGTGGACTGTGAGATCCAGAGGCACCTCAAACCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1437 GGAAAAGATTTTCATGAGCTAT         GAAGAAATCTGTCCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 483215 GGAAAAGATTTTCATGAGCTATGTA...CAGGAAGAAATCTGTCCTCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478 GAGAAAAAAATGCAACCCAGCCCTGCCAGTGGGTATCTGCAGTCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486625 GAGAAAAAAATGCAACCCAGCCCTGCCAGTGGGTATCTGCAGTCAATGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528 CGGAACCGGTACATCTATGTGGCCCAGCCAGCACTGAGCAGAGTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 486675 CGGAACCGGTACATCTATGTGGCCCAGCCAGCACTGAGCAGAGTCCTTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1578 GGTCGACATCCAAGCCCAGAAAGTCCTACAG         TCCATAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 486725 GGTCGACATCCAAGCCCAGAAAGTCCTACAGGTA...AAGTCCATAGGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1619 TGGACCCTCTGCCGGCTAAGCTGTCCTATGACAAGTCACATGACCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 493696 TGGACCCTCTGCCGGCTAAGCTGTCCTATGACAAGTCACATGACCAAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669 TGGGTCCTGAGCTGGGGGGACGTGCACAAGTCCCGACCAAGTCTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 493746 TGGGTCCTGAGCTGGGGGGACGTGCACAAGTCCCGACCAAGTCTCCAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1717        GTGATCACAGAAGCCAGCACCGGCCAGAGCCAGCACCTCATCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 493796 A...TAGGTGATCACAGAAGCCAGCACCGGCCAGAGCCAGCACCTCATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1760 GCACACCCTTTGCAGGAGTGGATGATTTCTTCATTCCCCCAACAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 501985 GCACACCCTTTGCAGGAGTGGATGATTTCTTCATTCCCCCAACAAACCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1810 ATCATCAACCACATCAG         GTTTGGCTTCATCTTCAACAAGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 502035 ATCATCAACCACATCAGGTG...CAGGTTTGGCTTCATCTTCAACAAGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TGATCCTGCAGTCCACAAGGTGGACCTGGAAACAATGATGCCCCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504211 TGATCCTGCAGTCCACAAGGTGGACCTGGAAACAATGATGCCCCTCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CCATCGGCCTGCACCACCATGGCTGCGTGCCCCAGGCCATGGCACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504261 CCATCGGCCTGCACCACCATGGCTGCGTGCCCCAGGCCATGGCACACACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CACCTGGGCGGCTACTTCTTCATCCAGTGCCGACAGGACAGCCCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504311 CACCTGGGCGGCTACTTCTTCATCCAGTGCCGACAGGACAGCCCCGCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TGCTGCCCGACAGCTGCTCGTTGACAGTGTCACAGACTCTGTGCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504361 TGCTGCCCGACAGCTGCTCGTTGACAGTGTCACAGACTCTGTGCTTGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CCAATGGTGATGTAACAGGCACCCCACACACATCCCCCGACGGGCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504411 CCAATGGTGATGTAACAGGCACCCCACACACATCCCCCGACGGGCGCTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 ATAGTCAGTGCTGCAGCTGACAGCCCCTGGCTGCACGTGCAGGAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504461 ATAGTCAGTGCTGCAGCTGACAGCCCCTGGCTGCACGTGCAGGAGATCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 AGTGCGGGGCGAGATCCAGACCCTGTATGACCTGCAAATAAACTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504511 AGTGCGGGGCGAGATCCAGACCCTGTATGACCTGCAAATAAACTCGGGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TCTCAGACTTGGCCTTCCAGCGCTCCTTCACTGAAAGCAATCAATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504561 TCTCAGACTTGGCCTTCCAGCGCTCCTTCACTGAAAGCAATCAATACAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 ATCTACGCGGCTCTGCACACGGAGCCGGACCTGCTGTTCCTGGAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504611 ATCTACGCGGCTCTGCACACGGAGCCGGACCTGCTGTTCCTGGAGCTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CACGGGGAAGGTGGGCATGCTGAAGAACTTAAAGGAGCCACCCGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504661 CACGGGGAAGGTGGGCATGCTGAAGAACTTAAAGGAGCCACCCGCAGGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 CAGCTCAGCCCTGGGGGGGTACCCACAGAATCATGAGGGACAGTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504711 CAGCTCAGCCCTGGGGGGGTACCCACAGAATCATGAGGGACAGTGGGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 TTTGGACAGTACCTCCTCACACCAGCCCGAGAGTCACTGTTCCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504761 TTTGGACAGTACCTCCTCACACCAGCCCGAGAGTCACTGTTCCTCATCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 TGGGAGACAAAACACGCTGCGGTGTGAGGTGTCAGGTATAAAGGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504811 TGGGAGACAAAACACGCTGCGGTGTGAGGTGTCAGGTATAAAGGGGGGGA

   2450     .    :    .    :    .
   2501 CCACAGTGGTGTGGGTGGGTGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||
 504861 CCACAGTGGTGTGGGTGGGTGAGGTA