seq1 = pF1KE2489.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE2489/gi568815595r_41782197.tfa (gi568815595r:41782197_42054759), 272563 bp

>pF1KE2489 1740
>gi568815595r:41782197_42054759 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-238  (116563-116662)   100% ->
239-378  (118820-118959)   100% ->
379-541  (122754-122916)   100% ->
542-643  (134942-135043)   100% ->
644-727  (136220-136303)   100% ->
728-803  (138708-138783)   100% ->
804-896  (141861-141953)   100% ->
897-1015  (143101-143219)   100% ->
1016-1085  (143374-143443)   100% ->
1086-1182  (146819-146915)   100% ->
1183-1287  (153931-154035)   100% ->
1288-1348  (156268-156328)   100% ->
1349-1530  (157757-157938)   100% ->
1531-1577  (159196-159242)   100% ->
1578-1656  (170808-170886)   100% ->
1657-1740  (172480-172563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACTTTATTCTGTATGAGGAGATCGGAAGAGGAAGCAAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACTTTATTCTGTATGAGGAGATCGGAAGAGGAAGCAAGACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCTATAAAGGGCGACGGAAGGGAACAATCAATTTTGTAGCCATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCTATAAAGGGCGACGGAAGGGAACAATCAATTTTGTAGCCATTCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTACTGATAAGTGCAAAAGGCCTGAAATAACCAACTGG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 GTACTGATAAGTGCAAAAGGCCTGAAATAACCAACTGGGTA...TAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTCTCACCCGTGAAATAAAACACAAGAATATTGTAACTTTTCATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116566 CGTCTCACCCGTGAAATAAAACACAAGAATATTGTAACTTTTCATGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATGAAACAAGCAACCACCTCTGGCTAGTGGTGGAACTCTGCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116616 GTATGAAACAAGCAACCACCTCTGGCTAGTGGTGGAACTCTGCACAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GTGGTTCCTTAAAAACAGTTATTGCTCAAGATGAAAACCTCCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 ...CAGGTGGTTCCTTAAAAACAGTTATTGCTCAAGATGAAAACCTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGATGTTGTGAGAGAATTTGGAATTGACCTGATTAGTGGATTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118864 GAAGATGTTGTGAGAGAATTTGGAATTGACCTGATTAGTGGATTACATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTTCATAAACTTGGCATTCTCTTTTGTGACATTTCTCCTAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118914 TCTTCATAAACTTGGCATTCTCTTTTGTGACATTTCTCCTAGGAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      ATACTCTTGGAAGGGCCTGGCACACTGAAGTTTAGCAACTTTTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 ..TAGATACTCTTGGAAGGGCCTGGCACACTGAAGTTTAGCAACTTTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGCAAAAGTGGAAGGTGAAAATTTGGAAGAGTTCTTTGCTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122799 TTGGCAAAAGTGGAAGGTGAAAATTTGGAAGAGTTCTTTGCTTTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCAGAGGAAGGAGGAGGTGATAATGGGGAAAATGTCCTGAAGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 AGCAGAGGAAGGAGGAGGTGATAATGGGGAAAATGTCCTGAAGAAAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAAGTAGAGTCAAAG         GATCTCCTGTATATACAGCACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122899 TGAAAAGTAGAGTCAAAGGTA...TAGGATCTCCTGTATATACAGCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGTTGTGAGGGGTGCTGACTTTTCCATCTCCAGTGACCTCTGGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134965 GAAGTTGTGAGGGGTGCTGACTTTTCCATCTCCAGTGACCTCTGGTCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCTGTCTGCTTTATGAAATGTTTTCAG         GAAAACCTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135015 GGGCTGTCTGCTTTATGAAATGTTTTCAGGTA...CAGGAAAACCTCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTCTCAGAAAGTATTTCAGAATTAACTGAAAAGATCTTATGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136232 TCTTCTCAGAAAGTATTTCAGAATTAACTGAAAAGATCTTATGTGAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTTTGCCACCTATTCCGAAAG         ATTCTTCTCGTCCTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136282 CCTTTGCCACCTATTCCGAAAGGTA...TAGATTCTTCTCGTCCTAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCTTCAGATTTTATTAATTTGCTTGATGGGTTACTTCAAAGAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138727 TTCTTCAGATTTTATTAATTTGCTTGATGGGTTACTTCAAAGAGATCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAAAG         ATTGACTTGGACAAGGCTACTGCAGCATTCATTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138777 AGAAAAGGTA...AAGATTGACTTGGACAAGGCTACTGCAGCATTCATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGGAAGAAAGCTTTTGCTGGAGCAGATCAGGAATCAAGCGTCGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141895 TGGAAGAAAGCTTTTGCTGGAGCAGATCAGGAATCAAGCGTCGAAGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGTCTCAG         CAGAAACACTATGGAGTGTTCTGGGCCACAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141945 CAGTCTCAGGTA...TAGCAGAAACACTATGGAGTGTTCTGGGCCACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTCCAAGGAGCTTTTGCAGAACTCTCAGAGTAGACAAGCAAAAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143133 ATTCCAAGGAGCTTTTGCAGAACTCTCAGAGTAGACAAGCAAAAGGGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGAGTGGTCAACCACTAGGTCACTCTTTCAGACTAG         AAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143183 AAGAGTGGTCAACCACTAGGTCACTCTTTCAGACTAGGTA...CAGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCAACTGAGTTTCGGCCTAAGAGTACTCTTGAGGGTCAATTGAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143378 TCCAACTGAGTTTCGGCCTAAGAGTACTCTTGAGGGTCAATTGAATGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATGTTTCTTCTCAG         TTCTCGTCCTACTCCCAGAACTAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143428 CCATGTTTCTTCTCAGGTA...CAGTTCTCGTCCTACTCCCAGAACTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGCAGTGGAAGTAAGTCCTGGTGAGGATATGACTCACTGTTCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146844 ACTGCAGTGGAAGTAAGTCCTGGTGAGGATATGACTCACTGTTCACCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAGACTTCTCCTCTGACCAAG         ATTACAAGTGGACACCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 146894 GAAGACTTCTCCTCTGACCAAGGTG...CAGATTACAAGTGGACACCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTCAGCAGGACCTGGAATCCCAGATGAGAGAGCTTATCTACACGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153950 GTCAGCAGGACCTGGAATCCCAGATGAGAGAGCTTATCTACACGGACTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATCTTGTTGTCACCCCCATTATCGACAATCCAAAG         ATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 154000 GATCTTGTTGTCACCCCCATTATCGACAATCCAAAGGTG...CAGATAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAACAGCCACCAGTTAAATTTGATGCAAAAATATTGCATCTACCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156273 GAAACAGCCACCAGTTAAATTTGATGCAAAAATATTGCATCTACCAACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATTCAG         TGGATAAGTTATTATTTCTGAAAGATCAAGATTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156323 ATTCAGGTA...CAGTGGATAAGTTATTATTTCTGAAAGATCAAGATTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AATGACTTTTTGCAACAAGTGTGCTCGCAGATCGACTCCACTGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157792 AATGACTTTTTGCAACAAGTGTGCTCGCAGATCGACTCCACTGAGAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATGGGGGCCTCCCGAGCCAAGCTGAATCTCCTTTGCTATTTGTGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157842 CATGGGGGCCTCCCGAGCCAAGCTGAATCTCCTTTGCTATTTGTGCGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGGCTGGTCACCAGGAGGTGGCCACCAGGCTCCTCCATTCCCCCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 157892 TGGCTGGTCACCAGGAGGTGGCCACCAGGCTCCTCCATTCCCCCCTGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1531       TTCCAATTGCTAATCCAGCATTTGCGGATAGCTCCAAACTGGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157942 ...TAGTTCCAATTGCTAATCCAGCATTTGCGGATAGCTCCAAACTGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAT         ACGGGCCAAGGTTGCTCACGTAATTGGTTTACTGGCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159240 TATGTA...CAGACGGGCCAAGGTTGCTCACGTAATTGGTTTACTGGCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CGCACACAGCTGAGCTCCAGGAAAATACACCTGTTGTTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 170846 CGCACACAGCTGAGCTCCAGGAAAATACACCTGTTGTTGAGGTA...TAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 ACTACAAGCTCCATTGGAATCGGGATTTTGAACTGTCTTGTTCAACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172480 ACTACAAGCTCCATTGGAATCGGGATTTTGAACTGTCTTGTTCAACACTC

   1850     .    :    .    :    .    :
   1707 CACTCCAGTGCCTAGACAGTGCCTTGTGTATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172530 CACTCCAGTGCCTAGACAGTGCCTTGTGTATGTA