seq1 = pF1KE2479.tfa, 2544 bp
seq2 = pF1KE2479/gi568815594r_121779739.tfa (gi568815594r:121779739_122033038), 253300 bp

>pF1KE2479 2544
>gi568815594r:121779739_122033038 (Chr4)

(complement)

1-768  (100001-100768)   100% ->
769-957  (107833-108021)   100% ->
958-1122  (118095-118259)   100% ->
1123-1339  (120946-121162)   100% ->
1340-1573  (122652-122885)   100% ->
1574-1838  (125472-125736)   100% ->
1839-2034  (128522-128717)   100% ->
2035-2244  (129978-130187)   100% ->
2245-2328  (133344-133427)   100% ->
2329-2404  (150610-150685)   100% ->
2405-2544  (153161-153300)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGAAGCCCATCCCTGAGACGCATGACAGTGATGCGGGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGAAGCCCATCCCTGAGACGCATGACAGTGATGCGGGAGAAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGCGCCAGGCTGTCAGGGGCCCGGCCTTCATGTTCAATGACCGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGCGCCAGGCTGTCAGGGGCCCGGCCTTCATGTTCAATGACCGCGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCTCACCGCCGAGGAGGAGCGCTTCCTCGACGCCGCCGAGTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCCTCACCGCCGAGGAGGAGCGCTTCCTCGACGCCGCCGAGTACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACATCCCAGTGGTGCGCAAGATGCTGGAGGAGTCCAAGACGCTGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACATCCCAGTGGTGCGCAAGATGCTGGAGGAGTCCAAGACGCTGAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTGCGTGGACTACATGGGCCAGAACGCGCTGCAGCTGGCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTGCGTGGACTACATGGGCCAGAACGCGCTGCAGCTGGCTGTGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGAGCACCTGGAGGTGACCGAGCTGCTGCTCAAGAAGGAGAACCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGAGCACCTGGAGGTGACCGAGCTGCTGCTCAAGAAGGAGAACCTGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCATTGGCGACGCCCTGCTGCTCGCCATCAGCAAGGGCTACGTGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCATTGGCGACGCCCTGCTGCTCGCCATCAGCAAGGGCTACGTGCGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTAGAGGCCATCCTCAACCACCCTGGCTTCGCGGCCAGCAAGCGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTAGAGGCCATCCTCAACCACCCTGGCTTCGCGGCCAGCAAGCGTCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCTGAGCCCCTGTGAGCAGGAGCTGCAGGACGACGACTTCTACGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCTGAGCCCCTGTGAGCAGGAGCTGCAGGACGACGACTTCTACGCTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACGAGGACGGCACGCGCTTCTCGCCGGACATCACCCCCATCATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACGAGGACGGCACGCGCTTCTCGCCGGACATCACCCCCATCATCCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGCACTGCCAGAAATACGAAGTGGTGCACATGCTGCTGATGAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGCACTGCCAGAAATACGAAGTGGTGCACATGCTGCTGATGAAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGGATCGAGCGGCCGCACGACTATTTCTGCAAGTGCGGGGACTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGGATCGAGCGGCCGCACGACTATTTCTGCAAGTGCGGGGACTGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGAAGCAGAGGCACGACTCCTTCAGCCACTCACGCTCGAGGATCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGAAGCAGAGGCACGACTCCTTCAGCCACTCACGCTCGAGGATCAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACAAGGGGCTGGCCAGCCCGGCTTACCTCTCATTGTCCAGCGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACAAGGGGCTGGCCAGCCCGGCTTACCTCTCATTGTCCAGCGAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGTGCTTACGGCCCTAGAGCTCAGCAACGAGCTGGCCAAGCTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGTGCTTACGGCCCTAGAGCTCAGCAACGAGCTGGCCAAGCTGGCCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATAGAGAAGGAGTTCAAG         AATGACTATCGGAAGCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100751 ATAGAGAAGGAGTTCAAGGTA...TAGAATGACTATCGGAAGCTCTCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAATGCAAAGACTTTGTAGTGGGTGTGCTGGATCTCTGCCGAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107856 GCAATGCAAAGACTTTGTAGTGGGTGTGCTGGATCTCTGCCGAGACTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGAGGTAGAAGCCATTCTGAATGGAGATCTGGAATCAGCAGAGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107906 AAGAGGTAGAAGCCATTCTGAATGGAGATCTGGAATCAGCAGAGCCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGGTACACAGGCACAAAGCTTCATTAAGTCGTGTCAAACTTGCCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107956 GAGGTACACAGGCACAAAGCTTCATTAAGTCGTGTCAAACTTGCCATTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTATGAAGTCAAAAAG         TTTGTGGCTCATCCCAACTGCCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108006 GTATGAAGTCAAAAAGGTG...TAGTTTGTGGCTCATCCCAACTGCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCAGCTCTTGACGATCTGGTATGAGAACCTCTCAGGCCTAAGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118120 AGCAGCTCTTGACGATCTGGTATGAGAACCTCTCAGGCCTAAGGGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACCATAGCTATCAAGTGTCTCGTTGTGCTGGTCGTGGCCCTGGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118170 ACCATAGCTATCAAGTGTCTCGTTGTGCTGGTCGTGGCCCTGGGCCTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ATTCCTGGCCATTGGCTACTGGATCGCACCTTGCAGCAGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118220 ATTCCTGGCCATTGGCTACTGGATCGCACCTTGCAGCAGGGTA...CAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGGGAAAATTCTGCGAAGCCCTTTTATGAAGTTTGTAGCACATGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120947 TGGGGAAAATTCTGCGAAGCCCTTTTATGAAGTTTGTAGCACATGCAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCTTTCATCATCTTCCTGGGTCTGCTTGTGTTCAATGCCTCAGACAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120997 TCTTTCATCATCTTCCTGGGTCTGCTTGTGTTCAATGCCTCAGACAGGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CGAAGGCATCACCACGCTGCCCAATATCACAGTTACTGACTATCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121047 CGAAGGCATCACCACGCTGCCCAATATCACAGTTACTGACTATCCCAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGATCTTCAGGGTGAAAACCACCCAGTTTACATGGACTGAAATGCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121097 AGATCTTCAGGGTGAAAACCACCCAGTTTACATGGACTGAAATGCTAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ATGGTCTGGGTTCTTG         GAATGATGTGGTCTGAATGTAAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121147 ATGGTCTGGGTTCTTGGTA...CAGGAATGATGTGGTCTGAATGTAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GCTCTGGCTGGAAGGACCTAGGGAATACATTTTGCAGTTGTGGAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122677 GCTCTGGCTGGAAGGACCTAGGGAATACATTTTGCAGTTGTGGAATGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTGACTTTGGGATGCTGTCCATCTTCATTGCTGCTTTCACAGCCAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122727 TTGACTTTGGGATGCTGTCCATCTTCATTGCTGCTTTCACAGCCAGATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTAGCTTTCCTTCAGGCAACGAAGGCACAACAGTATGTGGACAGTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122777 CTAGCTTTCCTTCAGGCAACGAAGGCACAACAGTATGTGGACAGTTACGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCAAGAGAGTGACCTCAGTGAAGTGACACTCCCACCAGAGATACAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122827 CCAAGAGAGTGACCTCAGTGAAGTGACACTCCCACCAGAGATACAGTATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCACTTATG         CTAGAGATAAATGGCTCCCTTCTGACCCTCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122877 TCACTTATGGTA...TAGCTAGAGATAAATGGCTCCCTTCTGACCCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATTATATCTGAAGGCCTTTATGCCATAGCTGTTGTGCTCAGCTTCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125504 ATTATATCTGAAGGCCTTTATGCCATAGCTGTTGTGCTCAGCTTCTCTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GATTGCGTACATCCTCCCTGCAAATGAGAGCTTTGGCCCCCTGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125554 GATTGCGTACATCCTCCCTGCAAATGAGAGCTTTGGCCCCCTGCAGATCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CTCTTGGAAGGACTGTAAAGGACATATTCAAGTTCATGGTCCTCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125604 CTCTTGGAAGGACTGTAAAGGACATATTCAAGTTCATGGTCCTCTTTATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 ATGGTGTTTTTTGCCTTTATGATTGGCATGTTCATACTTTATTCTTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125654 ATGGTGTTTTTTGCCTTTATGATTGGCATGTTCATACTTTATTCTTACTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CCTTGGGGCTAAAGTTAATGCTGCTTTTACCAC         TGTAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 125704 CCTTGGGGCTAAAGTTAATGCTGCTTTTACCACGTA...CAGTGTAGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AAAGTTTCAAGACTTTATTTTGGTCAATATTTGGGTTGTCTGAAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128530 AAAGTTTCAAGACTTTATTTTGGTCAATATTTGGGTTGTCTGAAGTGACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TCCGTTGTGCTCAAATATGATCACAAATTCATAGAAAATATTGGATACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128580 TCCGTTGTGCTCAAATATGATCACAAATTCATAGAAAATATTGGATACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TCTTTATGGAATATACAATGTAACTATGGTGGTCGTTTTACTCAACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128630 TCTTTATGGAATATACAATGTAACTATGGTGGTCGTTTTACTCAACATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TAATTGCTATGATTAATAGCTCATATCAAGAAATTGAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 128680 TAATTGCTATGATTAATAGCTCATATCAAGAAATTGAGGTA...CAGGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GACAGTGATGTAGAATGGAAGTTTGCTCGTTCAAAACTTTGGTTATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129981 GACAGTGATGTAGAATGGAAGTTTGCTCGTTCAAAACTTTGGTTATCCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TTTTGATGATGGAAAAACATTACCTCCACCTTTCAGTCTAGTTCCTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130031 TTTTGATGATGGAAAAACATTACCTCCACCTTTCAGTCTAGTTCCTAGTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CAAAATCATTTGTTTATTTCATCATGCGAATTGTTAACTTTCCCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130081 CAAAATCATTTGTTTATTTCATCATGCGAATTGTTAACTTTCCCAAATGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 AGAAGGAGAAGGCTTCAGAAGGATATAGAAATGGGAATGGGTAACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130131 AGAAGGAGAAGGCTTCAGAAGGATATAGAAATGGGAATGGGTAACTCAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GTCCAGG         TTAAACCTCTTCACTCAGTCTAACTCAAGAGTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130181 GTCCAGGGTA...TAGTTAAACCTCTTCACTCAGTCTAACTCAAGAGTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 TTGAATCACACAGTTTTAACAGCATTCTCAATCAGCCAACACGTTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133378 TTGAATCACACAGTTTTAACAGCATTCTCAATCAGCCAACACGTTATCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329          CAGATAATGAAAAGACTTATAAAGCGGTATGTTTTGAAAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133428 GTA...CAGCAGATAATGAAAAGACTTATAAAGCGGTATGTTTTGAAAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 ACAAGTAGACAAAGAAAATGATGAAGTTAATGAAG         GTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 150651 ACAAGTAGACAAAGAAAATGATGAAGTTAATGAAGGTA...TAGGTGAAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 TAAAAGAAATCAAGCAAGATATCTCCAGCCTTCGTTATGAACTTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153167 TAAAAGAAATCAAGCAAGATATCTCCAGCCTTCGTTATGAACTTTTGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 GACAAGAGCCAAGCAACTGAGGAATTAGCCATTCTAATTCATAAACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153217 GACAAGAGCCAAGCAACTGAGGAATTAGCCATTCTAATTCATAAACTTAG

   2600     .    :    .    :    .    :
   2511 TGAGAAACTGAATCCCAGCATGCTGAGATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153267 TGAGAAACTGAATCCCAGCATGCTGAGATGTGAA