seq1 = pF1KE2478.tfa, 2913 bp
seq2 = pF1KE2478/gi568815587r_8921048.tfa (gi568815587r:8921048_9191528), 270481 bp

>pF1KE2478 2913
>gi568815587r:8921048_9191528 (Chr11)

(complement)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-256  (101700-101822)   99% ->
257-382  (112020-112145)   100% ->
383-517  (116914-117048)   100% ->
518-643  (122034-122159)   100% ->
644-760  (124716-124832)   100% ->
761-850  (125549-125638)   100% ->
851-967  (131005-131121)   100% ->
968-1090  (132104-132226)   100% ->
1091-1207  (135620-135736)   100% ->
1208-1330  (137770-137892)   100% ->
1331-1447  (138314-138430)   100% ->
1448-1534  (138697-138783)   100% ->
1535-1639  (140819-140923)   100% ->
1640-1795  (143431-143586)   100% ->
1796-2002  (143967-144173)   100% ->
2003-2170  (160604-160771)   100% ->
2171-2332  (161484-161645)   100% ->
2333-2530  (163968-164165)   100% ->
2531-2683  (165675-165827)   100% ->
2684-2763  (169574-169653)   100% ->
2764-2913  (170332-170481)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGTCGCGGGCCGCAACCGTCCCGGGGCGGCCTGGGCGGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGTCGCGGGCCGCAACCGTCCCGGGGCGGCCTGGGCGGTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCTGGCGGGGGCCGTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCTGGCGGGGGCCGTCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGTCGGGGCCGTGCCGCGGGGCCGCAGGAGG         ATGTAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 CGGGTCGGGGCCGTGCCGCGGGGCCGCAGGAGGGTG...CAGATGTAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTGTGCCCAAGGCCTAGATGACTGCCATGCCGACGCCCTGTGTCAGAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101708 GAGTGTGCCCAAGGGCTAGATGACTGCCATGCCGACGCCCTGTGTCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACACCCACCTCCTACAAGTGCTCCTGCAAGCCTGGCTACCAAGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101758 CACACCCACCTCCTACAAGTGCTCCTGCAAGCCTGGCTACCAAGGGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGGCAGTGTGAGG         ACATCGATGAATGTGGAAATGAGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101808 GCAGGCAGTGTGAGGGTA...CAGACATCGATGAATGTGGAAATGAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGAGGCTGTGTCCATGACTGTTTGAATATTCCAGGCAATTATCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112046 AATGGAGGCTGTGTCCATGACTGTTTGAATATTCCAGGCAATTATCGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTTGTTTTGATGGCTTCATGTTGGCTCATGACGGTCATAATTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112096 CACTTGTTTTGATGGCTTCATGTTGGCTCATGACGGTCATAATTGTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          ATGTGGACGAGTGCCTGGAGAACAATGGCGGCTGCCAGCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112146 GTA...CAGATGTGGACGAGTGCCTGGAGAACAATGGCGGCTGCCAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTGTGTCAACGTCATGGGGAGCTATGAGTGCTGCTGCAAGGAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 ACCTGTGTCAACGTCATGGGGAGCTATGAGTGCTGCTGCAAGGAGGGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCCTGAGTGACAATCAGCACACCTGCATTCACCGCTCGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117005 TTTCCTGAGTGACAATCAGCACACCTGCATTCACCGCTCGGAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    AGGGCCTGAGCTGCATGAATAAGGATCACGGCTGTAGTCACATCTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122031 CAGAGGGCCTGAGCTGCATGAATAAGGATCACGGCTGTAGTCACATCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGAGGCCCCAAGGGGCAGCGTCGCCTGTGAGTGCAGGCCTGGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122081 AAGGAGGCCCCAAGGGGCAGCGTCGCCTGTGAGTGCAGGCCTGGTTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGCCAAGAACCAGAGAGACTGCATCT         TGACCTGTAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122131 GCTGGCCAAGAACCAGAGAGACTGCATCTGTA...CAGTGACCTGTAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGGAACGGTGGGTGCCAGCACTCCTGTGACGATACAGCCGATGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124728 ATGGGAACGGTGGGTGCCAGCACTCCTGTGACGATACAGCCGATGGCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGTGCAGCTGCCATCCACAGTACAAGATGCACACAGATGGGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124778 GAGTGCAGCTGCCATCCACAGTACAAGATGCACACAGATGGGAGGAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTTG         AGCGAGAGGACACTGTCCTGGAGGTGACAGAGAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124828 CCTTGGTG...TAGAGCGAGAGGACACTGTCCTGGAGGTGACAGAGAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACACCACATCAGTGGTGGATGGGGATAAACGGGTGAAACGGCGGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125585 ACACCACATCAGTGGTGGATGGGGATAAACGGGTGAAACGGCGGCTGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGG         AAACGTGTGCTGTCAACAATGGAGGCTGTGACCGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125635 ATGGGTA...CAGAAACGTGTGCTGTCAACAATGGAGGCTGTGACCGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGTAAGGATACTTCGACAGGTGTCCACTGCAGTTGTCCTGTTGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131042 CTGTAAGGATACTTCGACAGGTGTCCACTGCAGTTGTCCTGTTGGATTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCTCCAGTTGGATGGGAAGACATGTAAAG         ATATTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131092 CTCTCCAGTTGGATGGGAAGACATGTAAAGGTA...CAGATATTGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCCAGACCCGCAATGGAGGTTGTGATCATTTCTGCAAAAACATCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132115 TGCCAGACCCGCAATGGAGGTTGTGATCATTTCTGCAAAAACATCGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGTTTTGACTGCGGCTGCAAGAAAGGATTTAAATTATTAACAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132165 CAGTTTTGACTGCGGCTGCAAGAAAGGATTTAAATTATTAACAGATGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTCTTGCCAAG         ATGTGGATGAGTGCTCTTTGGATAGGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132215 AGTCTTGCCAAGGTA...CAGATGTGGATGAGTGCTCTTTGGATAGGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGTGACCACAGCTGCATCAACCACCCTGGCACATTTGCTTGTGCTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135649 TGTGACCACAGCTGCATCAACCACCCTGGCACATTTGCTTGTGCTTGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGAGGGTACACCCTGTATGGCTTCACCCACTGTGGAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135699 CCGAGGGTACACCCTGTATGGCTTCACCCACTGTGGAGGTG...CAGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAATGAGTGCAGCATCAACAACGGAGGCTGTCAGCAGGTCTGTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137773 CCAATGAGTGCAGCATCAACAACGGAGGCTGTCAGCAGGTCTGTGTGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACAGTGGGCAGCTATGAATGCCAGTGCCACCCTGGGTACAAGCTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137823 ACAGTGGGCAGCTATGAATGCCAGTGCCACCCTGGGTACAAGCTCCACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAATAAAAAAGACTGTGTGG         AAGTGAAGGGGCTCCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137873 GAATAAAAAAGACTGTGTGGGTA...TAGAAGTGAAGGGGCTCCTGCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAAGTGTGTCACCCCGTGTGTCCCTGCACTGCGGTAAGAGTGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138335 CAAGTGTGTCACCCCGTGTGTCCCTGCACTGCGGTAAGAGTGGTGGAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GACGGGTGCTTCCTCAGATGTCACTCTGGCATTCACCTCTCTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 138385 GACGGGTGCTTCCTCAGATGTCACTCTGGCATTCACCTCTCTTCAGGTG.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448      GACTGCAAGGGGCCTACTCTGTCACCTGTGGCTCTTCCTCTCCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138435 ..CAGGACTGCAAGGGGCCTACTCTGTCACCTGTGGCTCTTCCTCTCCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCAGGAACAAACAACAAAAATCAAATGACTCTGCTTTTGGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 138742 TCAGGAACAAACAACAAAAATCAAATGACTCTGCTTTTGGGGGTA...AA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535  ATGTCACCACCATCAGGACAAGTGTAACCTTTAAGCTAAATGAAGGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140818 GATGTCACCACCATCAGGACAAGTGTAACCTTTAAGCTAAATGAAGGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTGTAGTTTGAAAAATGCTGAGCTGTTTCCCGAGGGTCTGCGACCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140868 GTGTAGTTTGAAAAATGCTGAGCTGTTTCCCGAGGGTCTGCGACCAGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TACCAG         AGAAGCACAGCTCAGTAAAAGAGAGCTTCCGCTAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140918 TACCAGGTA...CAGAGAAGCACAGCTCAGTAAAAGAGAGCTTCCGCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTAAACCTTACATGCAGCTCTGGCAAGCAAGTCCCAGGAGCCCCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143466 GTAAACCTTACATGCAGCTCTGGCAAGCAAGTCCCAGGAGCCCCTGGCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 ACCAAGCACCCCTAAGGAAATGTTTATCACTGTTGAGTTTGAGCTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143516 ACCAAGCACCCCTAAGGAAATGTTTATCACTGTTGAGTTTGAGCTTGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTAACCAAAAGGAGGTGACAG         CTTCTTGTGACCTGAGCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 143566 CTAACCAAAAGGAGGTGACAGGTT...TAGCTTCTTGTGACCTGAGCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATCGTAAAGCGAACCGAGAAGCGGCTCCGTAAAGCCATCCGCACGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143987 ATCGTAAAGCGAACCGAGAAGCGGCTCCGTAAAGCCATCCGCACGCTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAAGGCCGTCCACAGGGAGCAGTTTCACCTCCAGCTCTCAGGCATGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144037 AAAGGCCGTCCACAGGGAGCAGTTTCACCTCCAGCTCTCAGGCATGAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TCGACGTGGCTAAAAAGCCTCCCAGAACATCTGAACGCCAGGCAGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144087 TCGACGTGGCTAAAAAGCCTCCCAGAACATCTGAACGCCAGGCAGAGTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGTGGAGTGGGCCAGGGTCATGCAGAAAACCAATGTG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 144137 TGTGGAGTGGGCCAGGGTCATGCAGAAAACCAATGTGGTG...CAGGTCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GTGTCAACCTGGTGAATATTCTGCAGATGGCTTTGCACCTTGCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160608 GTGTCAACCTGGTGAATATTCTGCAGATGGCTTTGCACCTTGCCAGCTCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GTGCCCTGGGCACGTTCCAGCCTGAAGCTGGTCGAACTTCCTGCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160658 GTGCCCTGGGCACGTTCCAGCCTGAAGCTGGTCGAACTTCCTGCTTCCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TGTGGAGGAGGCCTTGCCACCAAACATCAGGGAGCTACTTCCTTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160708 TGTGGAGGAGGCCTTGCCACCAAACATCAGGGAGCTACTTCCTTTCAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTGTGAAACCAGAG         TTCAATGTTCACCTGGACATTTCTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 160758 CTGTGAAACCAGAGGTG...CAGTTCAATGTTCACCTGGACATTTCTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 ACACCACCACTCACCGATGTATTCGTTGCCCAGTGGGAACATACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161511 ACACCACCACTCACCGATGTATTCGTTGCCCAGTGGGAACATACCAGCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GAATTTGGAAAAAATAATTGTGTTTCTTGCCCAGGAAATACTACGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161561 GAATTTGGAAAAAATAATTGTGTTTCTTGCCCAGGAAATACTACGACTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CTTTGATGGCTCCACAAACATAACCCAGTGTAAAA         ACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 161611 CTTTGATGGCTCCACAAACATAACCCAGTGTAAAAGTA...CAGACAGAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GATGTGGAGGGGAGCTGGGAGATTTCACTGGGTACATTGAATCCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163974 GATGTGGAGGGGAGCTGGGAGATTTCACTGGGTACATTGAATCCCCAAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TACCCAGGCAATTACCCAGCCAACACCGAGTGTACGTGGACCATCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164024 TACCCAGGCAATTACCCAGCCAACACCGAGTGTACGTGGACCATCAACCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 ACCCCCCAAGCGCCGCATCCTGATCGTGGTCCCTGAGATCTTCCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164074 ACCCCCCAAGCGCCGCATCCTGATCGTGGTCCCTGAGATCTTCCTGCCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TAGAGGACGACTGTGGGGACTATCTGGTGATGCGGAAAACCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 164124 TAGAGGACGACTGTGGGGACTATCTGGTGATGCGGAAAACCTGTG...CA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2531  CTTCATCCAATTCTGTGACAACATATGAAACCTGCCAGACCTACGAACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165674 GCTTCATCCAATTCTGTGACAACATATGAAACCTGCCAGACCTACGAACG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 CCCCATCGCCTTCACCTCCAGGTCAAAGAAGCTGTGGATTCAGTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165724 CCCCATCGCCTTCACCTCCAGGTCAAAGAAGCTGTGGATTCAGTTCAAGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CCAATGAAGGGAACAGCGCTAGAGGGTTCCAGGTCCCATACGTGACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165774 CCAATGAAGGGAACAGCGCTAGAGGGTTCCAGGTCCCATACGTGACATAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 GATG         AGGACTACCAGGAACTCATTGAAGACATAGTTCGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165824 GATGGTA...CAGAGGACTACCAGGAACTCATTGAAGACATAGTTCGAGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 TGGCAGGCTCTATGCATCTGAGAACCATCAGGAAATACTTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 169611 TGGCAGGCTCTATGCATCTGAGAACCATCAGGAAATACTTAAGGTG...T

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2764   GATAAGAAACTTATCAAGGCTCTGTTTGATGTCCTGGCCCATCCCCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170330 AGGATAAGAAACTTATCAAGGCTCTGTTTGATGTCCTGGCCCATCCCCAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 AACTATTTCAAGTACACAGCCCAGGAGTCCCGAGAGATGTTTCCAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170380 AACTATTTCAAGTACACAGCCCAGGAGTCCCGAGAGATGTTTCCAAGATC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GTTCATCCGATTGCTACGTTCCAAAGTGTCCAGGTTTTTGAGACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170430 GTTCATCCGATTGCTACGTTCCAAAGTGTCCAGGTTTTTGAGACCTTACA

   3100 
   2912 AA
        ||
 170480 AA