seq1 = pF1KE2477.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KE2477/gi568815587r_86341282.tfa (gi568815587r:86341282_86771944), 430663 bp

>pF1KE2477 1812
>gi568815587r:86341282_86771944 (Chr11)

(complement)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-317  (212122-212255)   98% ->
318-467  (215243-215392)   99% ->
468-543  (263078-263153)   100% ->
544-705  (273821-273982)   100% ->
706-809  (284505-284608)   100% ->
810-919  (306745-306854)   100% ->
920-1017  (321547-321644)   98% ->
1018-1131  (321943-322056)   100% ->
1132-1237  (323690-323795)   100% ->
1238-1380  (324738-324880)   100% ->
1381-1554  (325458-325631)   100% ->
1555-1653  (329026-329124)   98% ->
1654-1812  (330505-330663)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCCGCGCTGGGGACAGGCACGCGGCTGGCTCCCTGGCCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCCGCGCTGGGGACAGGCACGCGGCTGGCTCCCTGGCCGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTGCGGCGCCCTCCCGCGCTGGACACCCACCGCGCCCGCCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTGCGGCGCCCTCCCGCGCTGGACACCCACCGCGCCCGCCCAAGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACTCCAAGCCTGGCCCGGCGCGCCCTGTGCCCCTGAAGAAGCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACTCCAAGCCTGGCCCGGCGCGCCCTGTGCCCCTGAAGAAGCGCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGATGTCACCAGGAACCCTCATCTCAACAAG         GGGATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 TACGATGTCACCAGGAACCCTCATCTCAACAAGGTA...CAGGGGATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTACCCTTGAAGAAAGGCTGCAGCTTGGAATCCACGGCCTAATCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212130 CTTTACCCTTGAAGAAAGGCTGCAGCTTGGAATCCACGGCCTAATCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGCTTTCTGGGCCAGGACGTCCAGCTCCTCCGAATCATGGGATATTAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 212180 CCTGCTTTCTGAGCCAGGACGTCCAGCTCCTCCGAATCATGAGATATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCGGCAGCAGAGTGACCTGGACAA         GTACATCATTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 212230 GAGCGGCAGCAGAGTGACCTGGACAAGTC...AAGGTACATCATTCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACACTCCAAGACCGGAACGAGAAGCTCTTCTACCGAGTGCTGACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215258 GACACTCCAAGACCGGAACGAGAAGCTCTTCTACCGAGTGCTGACTTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTGGAGAAGTTCATGCCAATCGTGTACACGCCTACCGTGGGGCTGGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215308 ACGTGGAGAAGTTCATGCCAATCGTGTACACGCCTACCGTGGGGCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTCAGCACTATGGCCTGACTTTCCGCAGGCCCCG         TGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 215358 TGTCAGCACTATGGCCTGACTTTCCGCAGGCCCCGGTG...TAGTGGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTCATCACCATTCATGACAAAGGTCATCTTGCAACAATGCTGAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263084 GTTCATCACCATTCATGACAAAGGTCATCTTGCAACAATGCTGAATTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCCAGAAGACAATATTAAG         GCCGTGGTGGTGACTGATGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 263134 GGCCAGAAGACAATATTAAGGTA...CAGGCCGTGGTGGTGACTGATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCGCATCCTGGGCCTGGGAGACCTGGGCTGCTACGGCATGGGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273842 GAGCGCATCCTGGGCCTGGGAGACCTGGGCTGCTACGGCATGGGCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGGGCAAGCTGGCCCTGTACACGGCATGCGGAGGGGTGAACCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273892 TGTGGGCAAGCTGGCCCTGTACACGGCATGCGGAGGGGTGAACCCGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGCCTCCCTGTGCTGCTGGACGTCGGCACCAACAATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 273942 AGTGCCTCCCTGTGCTGCTGGACGTCGGCACCAACAATGAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCTGCTCAGAGACCCTCTGTACATCGGCCTGAAACACCAGCGCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284505 GAGCTGCTCAGAGACCCTCTGTACATCGGCCTGAAACACCAGCGCGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGGAAGGCATACGATGACTTGCTGGATGAGTTCATGCAGGCTGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284555 CGGGAAGGCATACGATGACTTGCTGGATGAGTTCATGCAGGCTGTGACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAA         GTTTGGAATAAATTGCCTCATCCAATTTGAAGACTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284605 ACAAGTA...CAGGTTTGGAATAAATTGCCTCATCCAATTTGAAGACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCAATGCCAATGCCTTCCGCCTGCTCAACAAATACCGTAACAAGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306782 GCCAATGCCAATGCCTTCCGCCTGCTCAACAAATACCGTAACAAGTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATGTTCAATGATGACATCCAAG         GCACAGCCTCCGTTGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 306832 CATGTTCAATGATGACATCCAAGGTA...CAGGCACAGCCTCCGTTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCAGGGATCTTGGCTGCTCTGCGAATCACCAACAACAAGCTTTCCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 321565 TGGCAGGGATCTTGGCTGCTCTGCGAATCACCAAGAACAAGCTTTCCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACGTGTTTGTTTTCCAAGGTGCAGGCGAG         GCAGCTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 321615 CACGTGTTTGTTTTCCAAGGTGCAGGCGAGGTA...CAGGCAGCTATGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATTGCCCACCTCCTTGTCATGGCCCTAGAGAAAGAAGGTGTACCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321954 CATTGCCCACCTCCTTGTCATGGCCCTAGAGAAAGAAGGTGTACCGAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGAGGCCACAAGAAAGATCTGGATGGTGGACTCTAAAGGGCTCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322004 CAGAGGCCACAAGAAAGATCTGGATGGTGGACTCTAAAGGGCTCATTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAG         GGGAGGAGCCACCTGAACCATGAAAAGGAGATGTTTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322054 AAGGTA...TAGGGGAGGAGCCACCTGAACCATGAAAAGGAGATGTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAAGACCATCCTGAAGTCAACTCCCTGGAGGAGGTGGTGAGGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323728 CCAAGACCATCCTGAAGTCAACTCCCTGGAGGAGGTGGTGAGGCTGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCCCACAGCCATCATAG         GTGTTGCTGCCATCGCAGGAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 323778 AGCCCACAGCCATCATAGGTA...TAGGTGTTGCTGCCATCGCAGGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCACGGAGCAGATTCTGAGGGACATGGCCTCCTTCCACGAGCGCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324761 TTCACGGAGCAGATTCTGAGGGACATGGCCTCCTTCCACGAGCGCCCTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATCTTTGCCCTGAGCAACCCCACCAGCAAGGCCGAGTGCACGGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324811 CATCTTTGCCCTGAGCAACCCCACCAGCAAGGCCGAGTGCACGGCTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGTGCTACCGGGTCACCGAG         GGCCGAGGGATTTTTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 324861 AGTGCTACCGGGTCACCGAGGTC...CAGGGCCGAGGGATTTTTGCCAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGAAGTCCTTTTAAGAGTGTGACTCTGGAAGATGGCAAGACCTTCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325479 GGAAGTCCTTTTAAGAGTGTGACTCTGGAAGATGGCAAGACCTTCATTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGGGCAGGGAAACAATGCTTACGTGTTCCCCGGGGTGGCACTGGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325529 TGGGCAGGGAAACAATGCTTACGTGTTCCCCGGGGTGGCACTGGGAGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCGCCGGCGGGATCCGGCACATCCCAGATGAGATCTTCCTCCTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325579 TCGCCGGCGGGATCCGGCACATCCCAGATGAGATCTTCCTCCTGACAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAG         CAAATTGCCCAGGAAGTCTCTGAGCAGCATCTGTCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325629 GAGGTA...CAGCAAATTGCCCAGGAAGTCTCTGAGCAGCATCTGTCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGGGAGACTCTATCCACCACTCAGCACCATCCGAGACGTGTCTTTGAGAA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329064 GGGGAGACTCTACCCACCACTCAGCACCATCCGAGACGTGTCTTTGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TTGCCATCAAA         GTTCTCGACTACGCGTACAAACACAACCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 329114 TTGCCATCAAAGTA...TAGGTTCTCGACTACGCGTACAAACACAACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCTTCCTACTACCCAGAGCCTAAGGACAAGGAGGCTTTTGTAAGATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330535 GCTTCCTACTACCCAGAGCCTAAGGACAAGGAGGCTTTTGTAAGATCCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGTCTACACTCCAGACTATGACTCCTTTACACTGGACAGCTACACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330585 GGTCTACACTCCAGACTATGACTCCTTTACACTGGACAGCTACACTTGGC

   1900     .    :    .    :    .
   1784 CCAAGGAAGCCATGAATGTTCAGACGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 330635 CCAAGGAAGCCATGAATGTTCAGACGGTC