seq1 = pF1KE2475.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE2475/gi568815592r_4015877.tfa (gi568815592r:4015877_4233671), 217795 bp

>pF1KE2475 1092
>gi568815592r:4015877_4233671 (Chr6)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-222  (102807-102905)   100% ->
223-411  (103112-103300)   100% ->
412-481  (105841-105910)   100% ->
482-584  (107435-107537)   100% ->
585-705  (108302-108422)   100% ->
706-795  (114397-114486)   100% ->
796-939  (116221-116364)   100% ->
940-1092  (117643-117795)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGAACAGCAATGAGAGCCAGTCAGAAGGACTTTGAAAATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGAACAGCAATGAGAGCCAGTCAGAAGGACTTTGAAAATTCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATCAAGTGAAACTCTTGAAAAAGGATCCAGGAAACGAAGTGAAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATCAAGTGAAACTCTTGAAAAAGGATCCAGGAAACGAAGTGAAGCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTCTACGCGCTATATAAGCAG         GCCACTGAAGGACCTTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AACTCTACGCGCTATATAAGCAGGTA...CAGGCCACTGAAGGACCTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACATGCCCAAACCAGGTGTATTTGACTTGATCAACAAGGCCAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102825 AACATGCCCAAACCAGGTGTATTTGACTTGATCAACAAGGCCAAATGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCATGGAATGCCCTTGGCAGCCTGCCCAAG         GAAGCTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102875 CGCATGGAATGCCCTTGGCAGCCTGCCCAAGGTG...CAGGAAGCTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCAGAACTATGTGGATTTGGTGTCCAGTTTGAGTCCTTCATTGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 GGCAGAACTATGTGGATTTGGTGTCCAGTTTGAGTCCTTCATTGGAATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTAGTCAGGTGGAGCCTGGAACAGACAGGAAATCAACTGGGTTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 TCTAGTCAGGTGGAGCCTGGAACAGACAGGAAATCAACTGGGTTTGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGGTGGTGACCTCCGAAGATGGCATCACAAAGATCATGTTCAACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 TCTGGTGGTGACCTCCGAAGATGGCATCACAAAGATCATGTTCAACCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAAAAGAAAAATGCCATAAACACTGAG         ATGTATCATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103272 CCAAAAAGAAAAATGCCATAAACACTGAGGTA...CAGATGTATCATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTATGCGTGCACTTAAAGCTGCCAGCAAGGATGACTCAATCATCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105853 ATTATGCGTGCACTTAAAGCTGCCAGCAAGGATGACTCAATCATCACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTAACAG         GAAATGGTGACTATTACAGTAGTGGGAATGATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105903 TTTAACAGGTA...TAGGAAATGGTGACTATTACAGTAGTGGGAATGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGACTAACTTCACTGATATTCCCCCTGGTGGAGTAGAGGAGAAAGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 TGACTAACTTCACTGATATTCCCCCTGGTGGAGTAGAGGAGAAAGCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATAATGCCGTTTTACTGAG         GGAATTTGTGGGCTGTTTTAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107518 AATAATGCCGTTTTACTGAGGTA...TAGGGAATTTGTGGGCTGTTTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATTTTCCTAAGCCTCTGATTGCAGTGGTCAATGGTCCAGCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108323 AGATTTTCCTAAGCCTCTGATTGCAGTGGTCAATGGTCCAGCTGTGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTCCGTCACCCTCCTTGGGCTATTCGATGCCGTGTATGCATCTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108373 TCTCCGTCACCCTCCTTGGGCTATTCGATGCCGTGTATGCATCTGACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          GCAACATTTCATACACCATTTAGTCACCTAGGCCAAAGTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108423 GTA...CAGGCAACATTTCATACACCATTTAGTCACCTAGGCCAAAGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAAGGATGCTCCTCTTACACTTTTCCGAAGATAATGAGCCCAGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114438 GGAAGGATGCTCCTCTTACACTTTTCCGAAGATAATGAGCCCAGCCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         GCAACAGAGATGCTTATTTTTGGAAAGAAGTTAACAGCGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114488 TA...CAGGCAACAGAGATGCTTATTTTTGGAAAGAAGTTAACAGCGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGCATGTGCTCAAGGACTTGTTACTGAAGTTTTCCCTGATAGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116263 GAGGCATGTGCTCAAGGACTTGTTACTGAAGTTTTCCCTGATAGCACTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGAAAGAAGTCTGGACCAGGCTGAAGGCATTTGCAAAGCTTCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116313 TCAGAAAGAAGTCTGGACCAGGCTGAAGGCATTTGCAAAGCTTCCCCCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AT         GCCTTGAGAATTTCAAAAGAGGTAATCAGGAAAAGAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116363 ATGTT...CAGGCCTTGAGAATTTCAAAAGAGGTAATCAGGAAAAGAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGAGAAAAACTACACGCTGTTAATGCTGAAGAATGCAATGTCCTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117682 AGAGAAAAACTACACGCTGTTAATGCTGAAGAATGCAATGTCCTTCAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAGATGGCTATCAGATGAATGCACAAATGCTGTGGTGAACTTCTTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117732 AAGATGGCTATCAGATGAATGCACAAATGCTGTGGTGAACTTCTTATCCA

   1150     .    :
   1079 GAAAATCAAAACTG
        ||||||||||||||
 117782 GAAAATCAAAACTG