seq1 = pF1KE2471.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KE2471/gi568815593r_764471.tfa (gi568815593r:764471_992657), 228187 bp

>pF1KE2471 1791
>gi568815593r:764471_992657 (Chr5)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-267  (100804-101018)   100% ->
268-400  (101371-101503)   100% ->
401-461  (103011-103071)   100% ->
462-606  (103493-103637)   100% ->
607-717  (105187-105297)   100% ->
718-833  (105951-106066)   100% ->
834-966  (108588-108720)   100% ->
967-1042  (111476-111551)   100% ->
1043-1138  (112769-112864)   100% ->
1139-1271  (114171-114303)   100% ->
1272-1383  (116446-116557)   100% ->
1384-1422  (121094-121132)   100% ->
1423-1525  (122083-122185)   100% ->
1526-1693  (127077-127244)   100% ->
1694-1791  (128090-128187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGGCCGAGTGGCGCTCGTCCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGGCCGAGTGGCGCTCGTCCTACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         ATTATGCCGACAAGCCCCTGGAGAAGCCTCTAAAGCTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGATTATGCCGACAAGCCCCTGGAGAAGCCTCTAAAGCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTGAAGGTCGGAGGAAGTGAAGTGACTGAACTCTCAGGATCCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 TCCTGAAGGTCGGAGGAAGTGAAGTGACTGAACTCTCAGGATCCGGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTCCAGTTACTATGATGACAGGTCAGACCATGAGCGAGAGAGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 GACTCCAGTTACTATGATGACAGGTCAGACCATGAGCGAGAGAGGCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGTCCGAGAAGGAGAAGCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 AGAAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGTCCGAGAAGGAGAAGCATCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGATGAGGAAAGAAGGAAGCGAAAG         GAAGAGAAGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100993 ACGATGAGGAAAGAAGGAAGCGAAAGGTA...CAGGAAGAGAAGAAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCGAGAGAGGGAGCACTGTGACACGGAGGGAGAGGCTGACGACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101386 AAGCGAGAGAGGGAGCACTGTGACACGGAGGGAGAGGCTGACGACTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTGGGAAGAAGGTGGAGGTGGAGCCGCCCCCAGATCGGCCAGTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101436 TCCTGGGAAGAAGGTGGAGGTGGAGCCGCCCCCAGATCGGCCAGTCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGTGCCGGACACAGCCAG         CCGAAAATGAGAGCACACCTATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101486 CGTGCCGGACACAGCCAGGCA...CAGCCGAAAATGAGAGCACACCTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCAACTCCTGGAACACTTCCTCCGCCAGCTTCAGAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103034 CAGCAACTCCTGGAACACTTCCTCCGCCAGCTTCAGAGGTA...CAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATCCCCATGGATTTTTTGCTTTTCCTGTCACGGATGCAATTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 AGATCCCCATGGATTTTTTGCTTTTCCTGTCACGGATGCAATTGCTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATATTCAATGATAATAAAACATCCCATGGATTTTGGCACCATGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103546 GATATTCAATGATAATAAAACATCCCATGGATTTTGGCACCATGAAAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAATTGTAGCTAATGAATACAAGTCAGTTACGGAATTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103596 AAAATTGTAGCTAATGAATACAAGTCAGTTACGGAATTTAAGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GCAGATTTCAAGCTGATGTGTGATAATGCAATGACATACAATAGGCCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 GGCAGATTTCAAGCTGATGTGTGATAATGCAATGACATACAATAGGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATACCGTGTACTACAAGTTGGCGAAGAAGATCCTTCACGCAGGCTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105236 ATACCGTGTACTACAAGTTGGCGAAGAAGATCCTTCACGCAGGCTTTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGATGAGCAAA         CAGGCAGCTCTTTTGGGCAATGAAGATAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105286 ATGATGAGCAAAGTA...CAGCAGGCAGCTCTTTTGGGCAATGAAGATAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTGTTGAGGAACCTGTCCCTGAAGTTGTACCAGTACAAGTAGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105980 AGCTGTTGAGGAACCTGTCCCTGAAGTTGTACCAGTACAAGTAGAAACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAAGAAATCCAAAAAGCCGAGTAGAGAAGTTATCAG         CTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106030 CCAAGAAATCCAAAAAGCCGAGTAGAGAAGTTATCAGGTA...CAGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGTTTGAGCCTGAAGGGAATGCCTGCAGCTTGACGGACAGTACCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108592 ATGTTTGAGCCTGAAGGGAATGCCTGCAGCTTGACGGACAGTACCGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGCACGTGCTGGCGCTGGTGGAGCACGCAGCTGACGAAGCTCGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108642 GGAGCACGTGCTGGCGCTGGTGGAGCACGCAGCTGACGAAGCTCGGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGATCAACCGGTTCCTCCCAGGCGGCAAG         ATGGGCTATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108692 GGATCAACCGGTTCCTCCCAGGCGGCAAGGTA...CAGATGGGCTATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGAGGAACGGGGACGGGAGCCTGCTCTACAGCGTGGTCAACACGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111488 AAGAGGAACGGGGACGGGAGCCTGCTCTACAGCGTGGTCAACACGGCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCGGACGCTGATG         AGGAGGAGACCCACCCGGTGGACTTGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111538 GCCGGACGCTGATGGTG...CAGAGGAGGAGACCCACCCGGTGGACTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTCGCTCTCCAGTAAGCTACTCCCAGGCTTCACCACGCTGGGCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112796 GCTCGCTCTCCAGTAAGCTACTCCCAGGCTTCACCACGCTGGGCTTCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACGAGAGAAGAAACAAAG         TCACCTTTCTCTCCAGTGCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112846 GACGAGAGAAGAAACAAAGGTA...CAGTCACCTTTCTCTCCAGTGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TACTGCGCTTTCGATGCAGAATAATTCAGTATTTGGCGACTTGAAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114193 TACTGCGCTTTCGATGCAGAATAATTCAGTATTTGGCGACTTGAAGTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACGAGATGGAGCTGCTCTACTCAGCCTACGGAGATGAGACAGGCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114243 ACGAGATGGAGCTGCTCTACTCAGCCTACGGAGATGAGACAGGCGTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGTGCGCTGAG         CCTGCAGGAGTTTGTGAAGGATGCTGGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114293 TGTGCGCTGAGGCA...TAGCCTGCAGGAGTTTGTGAAGGATGCTGGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTACAGCAAGAAAGTGGTGGACGACCTCCTGGACCAGATCACAGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116476 CTACAGCAAGAAAGTGGTGGACGACCTCCTGGACCAGATCACAGGCGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCACTCTAGGACGCTCTTCCAGCTGAAGCAG         AGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116526 ACCACTCTAGGACGCTCTTCCAGCTGAAGCAGGTG...CAGAGAAGAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTTCCCATGAAGCCTCCAGATGAAGCCAAG         GTTGGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121103 GTTCCCATGAAGCCTCCAGATGAAGCCAAGGTA...CAGGTTGGGGACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCTAGGAGACAGCAGCAGCTCTGTTCTGGAGTTCATGTCGATGAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122094 CCTAGGAGACAGCAGCAGCTCTGTTCTGGAGTTCATGTCGATGAAGTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATCCCGACGTTTCTGTGGATATCTCCATGCTCAGCTCTCTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122144 ATCCCGACGTTTCTGTGGATATCTCCATGCTCAGCTCTCTGGGTG...CA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1526  GGAAGGTGAAGAAGGAGCTGGACCCTGACGACAGCCATTTGAACTTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127076 GGGAAGGTGAAGAAGGAGCTGGACCCTGACGACAGCCATTTGAACTTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGAGACGACGAAGCTCCTGCAGGACCTGCACGAAGCACAGGCGGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127126 TGAGACGACGAAGCTCCTGCAGGACCTGCACGAAGCACAGGCGGAGCGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GCGGCTCTCGGCCGTCGTCCAACCTCAGCTCCCTGTCCAACGCCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127176 GCGGCTCTCGGCCGTCGTCCAACCTCAGCTCCCTGTCCAACGCCTCCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGGGACCAGCACCACCTGG         GAAGCCCTTCTCGCCTGAGTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127226 AGGGACCAGCACCACCTGGGTG...CAGGAAGCCCTTCTCGCCTGAGTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CGGGGAGCAGCCAGACGTCACCCACGACCCCTATGAGTTTCTTCAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128112 CGGGGAGCAGCCAGACGTCACCCACGACCCCTATGAGTTTCTTCAGTCTC

   1900     .    :    .    :    .
   1766 CAGAGCCTGCGGCCTCTGCCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||
 128162 CAGAGCCTGCGGCCTCTGCCAAGACC