seq1 = pF1KE2466.tfa, 2958 bp
seq2 = pF1KE2466/gi568815587f_69978607.tfa (gi568815587f:69978607_70288001), 309395 bp

>pF1KE2466 2958
>gi568815587f:69978607_70288001 (Chr11)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-441  (109146-109478)   99% ->
442-540  (124460-124558)   100% ->
541-692  (125393-125544)   100% ->
693-747  (127128-127182)   100% ->
748-799  (129747-129798)   100% ->
800-855  (133101-133156)   100% ->
856-897  (137852-137893)   100% ->
898-962  (145744-145808)   100% ->
963-1097  (147455-147589)   100% ->
1098-1258  (153313-153473)   100% ->
1259-1351  (171104-171194)   93% ->
1352-1425  (174449-174522)   100% ->
1426-1503  (177305-177382)   100% ->
1504-1578  (178341-178415)   100% ->
1579-1780  (182555-182756)   100% ->
1781-1892  (183016-183127)   100% ->
1893-1950  (184677-184734)   100% ->
1951-2051  (186864-186964)   100% ->
2052-2197  (188636-188781)   100% ->
2198-2350  (192281-192433)   100% ->
2351-2403  (201398-201450)   100% ->
2404-2588  (203896-204080)   100% ->
2589-2694  (206984-207089)   100% ->
2695-2958  (209132-209395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGTCAACGAGAAGTACTCGACGCTCCCGGCCGAGGACCGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGTCAACGAGAAGTACTCGACGCTCCCGGCCGAGGACCGCAGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACATCATCAACATCTGCGCCATCGAGGACATCGGCTACCTGCCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACATCATCAACATCTGCGCCATCGAGGACATCGGCTACCTGCCGTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGCACG         CTGCTGAACTCCTTATCTGTGGACCCTGATGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGCACGGTG...TAGCTGCTGAACTCCTTATCTGTGGACCCTGATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTGCAAGTATGGCCTGTACTTCAGGGACGGCCGGCGCAAGGTGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109179 GAGTGCAAGTATGGCCTGTACTTCAGGGACGGCCGGCGCAAGGTGGACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCTGGTGTACCATCACAAGAGGCCCTCGGGCAACCGGACCCTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109229 CATCCTGGTGTACCATCACAAGAGGCCCTCGGGCAACCGGACCCTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGGGTGCAGCACAGCGACACCCCCTCTGGGGCTCGCAGCGTCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109279 GGAGGGTGCAGCACAGCGACACCCCCTCTGGGGCTCGCAGCGTCAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACCACCCCCTGCCGGGCAAGGGGGCGTCGCTGGATGCAGGCTCAGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 109329 GACCACCCCCTGCCGGGCAAGGGGGCGTCGCTGGATGCAGGCTCGGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCCCGATGGACTACCACGAGGATGACAAGCGCTTCCGCAGGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109379 GCCCCCGATGGACTACCACGAGGATGACAAGCGCTTCCGCAGGGAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGAGGGCAACCTCCTGGAGGCGGGCCTGGAGCTGGAGCGGGACGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109429 ACGAGGGCAACCTCCTGGAGGCGGGCCTGGAGCTGGAGCGGGACGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          ACTAAAATCCACGGAGTCGGGTTTGTGAAAATCCATGCCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109479 GTA...CAGACTAAAATCCACGGAGTCGGGTTTGTGAAAATCCATGCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGAACGTGCTGTGCAGAGAGGCCGAGTTTCTGAAACTGAAGATGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124501 CTGGAACGTGCTGTGCAGAGAGGCCGAGTTTCTGAAACTGAAGATGCCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGAAGAAG         ATGTACCACATTAATGAGACCCGTGGCCTCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124551 CGAAGAAGGTT...CAGATGTACCACATTAATGAGACCCGTGGCCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAAAAATCAACTCTGTGCTCCAGAAAATCACAGATCCCATCCAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125426 AAAAAAATCAACTCTGTGCTCCAGAAAATCACAGATCCCATCCAGCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGTGGCTGAGCACAGGCCCCAGACCATGAAGAGACTCTCCTATCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125476 AGTGGCTGAGCACAGGCCCCAGACCATGAAGAGACTCTCCTATCCCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCGGGAGAAGCAGCATCT         ATTTGACTTGTCTGATAAGGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 125526 CCCGGGAGAAGCAGCATCTGTA...CAGATTTGACTTGTCTGATAAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCCTTTTTCGACAGCAAAACCCGGAGCACGATT         GTCTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 127150 TCCTTTTTCGACAGCAAAACCCGGAGCACGATTGTA...TAGGTCTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCTTGAAGAGAACGACGTGTACAAAGGCCAAGTACAGCATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129755 GATCTTGAAGAGAACGACGTGTACAAAGGCCAAGTACAGCATGGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GCATCACGAGCCTGCTGGCCAATGGTGTGTACGCGGCTGCATACCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133098 AAGGCATCACGAGCCTGCTGGCCAATGGTGTGTACGCGGCTGCATACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCACGAT         GGAGACTACAACGGTGAAAACGTCGAGTTCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133148 CTGCACGATGTA...CAGGGAGACTACAACGGTGAAAACGTCGAGTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGACAGAAAA         CTCCTGTACGAAGAGTGGGCACGCTATGGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 137884 CGACAGAAAAGTA...CAGCTCCTGTACGAAGAGTGGGCACGCTATGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTTCTATAAGTACCAGCCCATCGACCTGGTCAG         GAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 145775 TTTTCTATAAGTACCAGCCCATCGACCTGGTCAGGTA...TAGGAAGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTTGGGGAGAAGATCGGCCTGTACTTCGCCTGGCTGGGCGTGTACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147462 TTTGGGGAGAAGATCGGCCTGTACTTCGCCTGGCTGGGCGTGTACACCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GATGCTCATCCCTGCCTCCATCGTGGGAATCATTGTCTTCCTGTACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147512 GATGCTCATCCCTGCCTCCATCGTGGGAATCATTGTCTTCCTGTACGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCGCCACCATGGATGAAAACATCCCCAG         CATGGAGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 147562 GCGCCACCATGGATGAAAACATCCCCAGGTA...CAGCATGGAGATGTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACCAGAGACACAATATCACCATGTGCCCGCTTTGCGACAAGACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153326 GACCAGAGACACAATATCACCATGTGCCCGCTTTGCGACAAGACCTGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTACTGGAAGATGAGCTCAGCCTGCGCCACGGCCCGCGCCAGCCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153376 CTACTGGAAGATGAGCTCAGCCTGCGCCACGGCCCGCGCCAGCCACCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCGACAACCCCGCCACGGTCTTCTTCTCTGTCTTCATGGCCCTCTGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 153426 TCGACAACCCCGCCACGGTCTTCTTCTCTGTCTTCATGGCCCTCTGGGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259        CTGCCACCTTCATGGAGCACTGGAAGCGGAAACAGATGCGACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153476 A...CAGCTGCCACCTTCATGGAGCACTGGAAGCGGAAACAGATGCGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAACTACCGCTGGGACCTCACGGGCTTTGAAGAGGAAGAGGAGGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| --| ||  
 171147 CAACTACCGCTGGGACCTCACGGGCTTTGAAGAGGAAGAGGT  CAGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352          AGGATCATCCTAGAGCTGAATACGAAGCCAGAGTCTTGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171195 GTT...CACAGGATCATCCTAGAGCTGAATACGAAGCCAGAGTCTTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGTCTCTGAAGAAAGAGTCCAGAAACAAAGAG         AAGCGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 174490 AAGTCTCTGAAGAAAGAGTCCAGAAACAAAGAGGTA...CAGAAGCGCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GCATATTCCAGAGGAGTCAACAAACAAATGGAAGCAGAGGGTTAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177313 GCATATTCCAGAGGAGTCAACAAACAAATGGAAGCAGAGGGTTAAGACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCATGGCGGGGGTGAAATTG         ACTGACAAAGTGAAGCTGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 177363 CCATGGCGGGGGTGAAATTGGTA...TAGACTGACAAAGTGAAGCTGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TGGAGAGATCGGTTCCCAGCCTACCTCACTAACTTGGTCTCCATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178362 TGGAGAGATCGGTTCCCAGCCTACCTCACTAACTTGGTCTCCATCATCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CATG         ATTGCAGTGACGTTTGCCATCGTCCTCGGCGTCATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178412 CATGGTA...CAGATTGCAGTGACGTTTGCCATCGTCCTCGGCGTCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCTACAGAATCTCCATGGCCGCCGCCTTGGCCATGAACTCCTCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182592 TCTACAGAATCTCCATGGCCGCCGCCTTGGCCATGAACTCCTCCCCCTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GTGCGGTCCAACATCCGGGTCACAGTCACAGCCACCGCAGTCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182642 GTGCGGTCCAACATCCGGGTCACAGTCACAGCCACCGCAGTCATCATCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CCTAGTGGTCATCATCCTCCTGGACGAGGTGTATGGCTGCATAGCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182692 CCTAGTGGTCATCATCCTCCTGGACGAGGTGTATGGCTGCATAGCCCGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GGCTCACCAAGATCG         AGGTCCCAAAGACGGAGAAAAGCTTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 182742 GGCTCACCAAGATCGGTG...TAGAGGTCCCAAAGACGGAGAAAAGCTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GAGGAGAGGCTGATCTTCAAGGCTTTCCTGCTGAAGTTTGTGAATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183042 GAGGAGAGGCTGATCTTCAAGGCTTTCCTGCTGAAGTTTGTGAATTCCTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CACCCCCATCTTTTACGTGGCGTTCTTCAAAGGCCG         GTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 183092 CACCCCCATCTTTTACGTGGCGTTCTTCAAAGGCCGGTA...CAGGTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TTGGACGCCCGGGCGACTACGTGTACATTTTCCGTTCCTTCCGAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184682 TTGGACGCCCGGGCGACTACGTGTACATTTTCCGTTCCTTCCGAATGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAG         TGTGCGCCAGGGGGCTGCCTGATGGAGCTATGCATCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184732 GAGGTA...CAGTGTGCGCCAGGGGGCTGCCTGATGGAGCTATGCATCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 GCTCAGCATCATCATGCTGGGGAAACAGCTGATCCAGAACAACCTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186902 GCTCAGCATCATCATGCTGGGGAAACAGCTGATCCAGAACAACCTGTTCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGATCGGCATCCC         GAAGATGAAGAAGCTCATCCGCTACCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 186952 AGATCGGCATCCCGTG...CAGGAAGATGAAGAAGCTCATCCGCTACCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 AAGCTGAAGCAGCAGAGCCCCCCTGACCACGAGGAGTGTGTGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188664 AAGCTGAAGCAGCAGAGCCCCCCTGACCACGAGGAGTGTGTGAAGAGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 ACAGCGGTACGAGGTGGATTACAACCTGGAGCCCTTCGCGGGCCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188714 ACAGCGGTACGAGGTGGATTACAACCTGGAGCCCTTCGCGGGCCTCACCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 CAGAGTACATGGAAATGA         TCATCCAGTTTGGCTTCGTCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 188764 CAGAGTACATGGAAATGAGTG...CAGTCATCCAGTTTGGCTTCGTCACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CTGTTTGTCGCCTCCTTCCCCCTGGCCCCACTGTTTGCGCTGCTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192304 CTGTTTGTCGCCTCCTTCCCCCTGGCCCCACTGTTTGCGCTGCTGAACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CATCATCGAGATCCGCCTGGACGCCAAAAAGTTTGTCACTGAGCTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192354 CATCATCGAGATCCGCCTGGACGCCAAAAAGTTTGTCACTGAGCTCCGAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 GGCCGGTAGCTGTCAGAGCCAAAGACATCG         GAATCTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 192404 GGCCGGTAGCTGTCAGAGCCAAAGACATCGGTG...CAGGAATCTGGTAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 AATATCCTCAGAGGCATTGGGAAGCTTGCTGTCATCATCAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 201409 AATATCCTCAGAGGCATTGGGAAGCTTGCTGTCATCATCAATGTA...CA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2404  GCCTTCGTGATCTCCTTCACGTCTGACTTCATCCCGCGCCTGGTGTACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203895 GGCCTTCGTGATCTCCTTCACGTCTGACTTCATCCCGCGCCTGGTGTACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 TCTACATGTACAGTAAGAACGGGACCATGCACGGCTTCGTCAACCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203945 TCTACATGTACAGTAAGAACGGGACCATGCACGGCTTCGTCAACCACACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 CTCTCCTCCTTCAACGTCAGTGACTTCCAGAACGGCACGGCCCCCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203995 CTCTCCTCCTTCAACGTCAGTGACTTCCAGAACGGCACGGCCCCCAATGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 CCCCCTGGACCTGGGCTACGAGGTGCAGATCTGCAG         GTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 204045 CCCCCTGGACCTGGGCTACGAGGTGCAGATCTGCAGGTA...CAGGTATA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 AAGACTACCGAGAGCCGCCGTGGTCGGAAAACAAGTACGACATCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206989 AAGACTACCGAGAGCCGCCGTGGTCGGAAAACAAGTACGACATCTCCAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GACTTCTGGGCCGTCCTGGCAGCCCGGCTGGCGTTTGTCATCGTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207039 GACTTCTGGGCCGTCCTGGCAGCCCGGCTGGCGTTTGTCATCGTCTTCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2694 G         AACCTGGTCATGTTCATGAGCGACTTTGTGGACTGGGTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207089 GGTG...CAGAACCTGGTCATGTTCATGAGCGACTTTGTGGACTGGGTCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2735 TCCCGGACATCCCCAAGGACATCAGCCAGCAGATCCACAAGGAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209172 TCCCGGACATCCCCAAGGACATCAGCCAGCAGATCCACAAGGAGAAGGTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2785 CTCATGGTGGAGCTGTTCATGCGGGAGGAGCAAGACAAGCAGCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209222 CTCATGGTGGAGCTGTTCATGCGGGAGGAGCAAGACAAGCAGCAGCTGCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2835 GGAAACCTGGATGGAGAAGGAGCGGCAGAAGGACGAGCCGCCGTGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209272 GGAAACCTGGATGGAGAAGGAGCGGCAGAAGGACGAGCCGCCGTGCAACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 ACCACAACACCAAAGCCTGCCCAGACAGCCTCGGCAGCCCAGCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209322 ACCACAACACCAAAGCCTGCCCAGACAGCCTCGGCAGCCCAGCCCCCAGC

   3150     .    :    .    :
   2935 CATGCCTACCACGGGGGCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||
 209372 CATGCCTACCACGGGGGCGTCCTG