seq1 = pF1KE2464.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KE2464/gi568815589f_128360960.tfa (gi568815589f:128360960_128600252), 239293 bp

>pF1KE2464 2289
>gi568815589f:128360960_128600252 (Chr9)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-222  (108224-108394)   100% ->
223-383  (110349-110509)   100% ->
384-516  (111954-112087)   98% ->
517-645  (112654-112782)   100% ->
646-717  (120621-120692)   100% ->
718-789  (121857-121928)   100% ->
790-906  (122979-123095)   100% ->
907-1092  (123742-123927)   100% ->
1093-1202  (124406-124515)   100% ->
1203-1338  (126931-127066)   100% ->
1339-1449  (131467-131577)   100% ->
1450-1554  (131742-131846)   100% ->
1555-1713  (133551-133709)   100% ->
1714-1814  (135082-135182)   100% ->
1815-1977  (137454-137616)   100% ->
1978-2103  (138042-138167)   100% ->
2104-2289  (139108-139293)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGGGGACACTGTGAATGTGCGGCGGAGTGTCCGGGTGAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGGGGACACTGTGAATGTGCGGCGGAGTGTCCGGGTGAAAACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         AATCCACCTCATTGCCTGGAGATCACGCCACCATCTTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGAATCCACCTCATTGCCTGGAGATCACGCCACCATCTTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAGCTGGTCTCAGTGATGCGGTTAAGTGACCTCTCTACAGAAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108264 AAAAGCTGGTCTCAGTGATGCGGTTAAGTGACCTCTCTACAGAAGATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTCAGGTCACTGTAAAATGAACCGTTATGATAAGAAGATTGATAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108314 GACTCAGGTCACTGTAAAATGAACCGTTATGATAAGAAGATTGATAGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGAATGCGGTTGGTTGTCTGAAGTCTGAG         GTCAAGATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108364 AATGAATGCGGTTGGTTGTCTGAAGTCTGAGGTG...CAGGTCAAGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAAGGTGAGCGCCAGATGGCCAAAAGGTTCCTGGAGGAACGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110359 AAAAAGGTGAGCGCCAGATGGCCAAAAGGTTCCTGGAGGAACGGAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCTGGAGGAGGTGGCCCACGAACTGGCTGAGACTGAGCACGAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110409 GAGCTGGAGGAGGTGGCCCACGAACTGGCTGAGACTGAGCACGAGAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTTGAGGCACAACATCGAGCGCATGAAGGAGGAGAAGGACTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110459 GGTGTTGAGGCACAACATCGAGCGCATGAAGGAGGAGAAGGACTTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 T         ACTTCAGAAGAAACACCTACAACAGGAGAAGGAGTGCCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110509 TGTA...CAGACTTCAGAAGAAACACCTACAACAGGAGAAGGAGTGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGTCCAAGCTGGTGGAGGCGGAAATGGATGGGGCTGCGGCTGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 ATGTCCAAGCTGGTGGAGGCGGAAATGGATGGGGCTGCGGCTGCCAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCATGGCCTTGAAGGATACCATCGGGAAGCTGAAAAC GGAG      
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| ||>>>...
 112044 GGTCATGGCCTTGAAGGATACCATCGGGAAGCTGAAAACAGTAGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517    AAACAAATGACCTGCACGGACATCAACACCCTGACAAGGCAGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112651 GAGAAACAAATGACCTGCACGGACATCAACACCCTGACAAGGCAGAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 ACTTCTCCTGCAGAAGCTGAGCACATTTGAGGAGACCAACCGCACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112701 ACTTCTCCTGCAGAAGCTGAGCACATTTGAGGAGACCAACCGCACCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 GAGACCTCCTGAGGGAACAGCACTGCAAAGAG         GATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112751 GAGACCTCCTGAGGGAACAGCACTGCAAAGAGGTG...AAGGATTCTGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 AGACTAATGGAGCAACAAGGAGCACTGCTGAAACGGCTGGCGGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120630 AGACTAATGGAGCAACAAGGAGCACTGCTGAAACGGCTGGCGGAGGCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CTCAGAGAAAGCG         CGCCTGCTGTTACTGCTGCAAGACAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120680 CTCAGAGAAAGCGGTA...CAGCGCCTGCTGTTACTGCTGCAAGACAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 ACAAGGAGGTGGAAGAGCTCCTTCAGGAAATACAATGTGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121885 ACAAGGAGGTGGAAGAGCTCCTTCAGGAAATACAATGTGAGAAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790    GCTCAAGCAAAGACAGCCTCTGAGCTTTCTAAATCCATGGAGTCCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122976 CAGGCTCAAGCAAAGACAGCCTCTGAGCTTTCTAAATCCATGGAGTCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 GCGTGGGCATTTGCAGGCACAGCTTCGGTCCAAAGAGGCTGAGAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123026 GCGTGGGCATTTGCAGGCACAGCTTCGGTCCAAAGAGGCTGAGAACAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 GCCTGTGCATGCAGATTAAG         AATCTGGAGCGCAGCGGGAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123076 GCCTGTGCATGCAGATTAAGGTA...CAGAATCTGGAGCGCAGCGGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 CAGCATAAGGCAGAAGTGGAGGCCATCATGGAGCAGCTGAAGGAGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123763 CAGCATAAGGCAGAAGTGGAGGCCATCATGGAGCAGCTGAAGGAGTTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 GCAGAAGGGAGACCGAGACAAAGAGAGCTTGAAGAAGGCCATCCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123813 GCAGAAGGGAGACCGAGACAAAGAGAGCTTGAAGAAGGCCATCCGAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 AGAAGGAGCGAGCCGAGAAGAGCGAGGAGTATGCTGAGCAGCTACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123863 AGAAGGAGCGAGCCGAGAAGAGCGAGGAGTATGCTGAGCAGCTACACGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 CAACTCGCTGACAAG         GATCTTTATGTCGCTGAAGCTTTATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123913 CAACTCGCTGACAAGGTC...CAGGATCTTTATGTCGCTGAAGCTTTATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 CACTCTGGAATCCTGGAGGAGCCGCTACAACCAAGTTGTAAAAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124432 CACTCTGGAATCCTGGAGGAGCCGCTACAACCAAGTTGTAAAAGAAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 GAGACCTTGAGCTGGAAATTATTGTCCTGAATGA         CCGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 124482 GAGACCTTGAGCTGGAAATTATTGTCCTGAATGAGTA...CAGCCGGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 ACAGATCTTGTAAACCAACAACAAACCCTGGAGGAGAAGATGCGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126938 ACAGATCTTGTAAACCAACAACAAACCCTGGAGGAGAAGATGCGGGAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 CCGGGATAGCCTGGTGGAGAGACTACACCGTCAGACTGCTGAGTATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126988 CCGGGATAGCCTGGTGGAGAGACTACACCGTCAGACTGCTGAGTATTCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 CATTCAAGCTGGAGAATGAGAGGCTGAAG         GCCAGCTTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 127038 CATTCAAGCTGGAGAATGAGAGGCTGAAGGTT...CAGGCCAGCTTTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCAATGGAGGACAAACTCAACCAGGCACACCTCGAGGTCCAGCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131479 CCAATGGAGGACAAACTCAACCAGGCACACCTCGAGGTCCAGCAGCTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGCCTCAGTGAAGAACTATGAGGGGATGATTGACAACTATAAGAGTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131529 GGCCTCAGTGAAGAACTATGAGGGGATGATTGACAACTATAAGAGTCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450         GTGATGAAGACCAGATTGGAGGCTGATGAAGTAGCTGCCCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131579 TA...TAGGTGATGAAGACCAGATTGGAGGCTGATGAAGTAGCTGCCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CTAGAACGCTGTGACAAAGAGAACAAGATCCTTAAAGATGAGATGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131784 CTAGAACGCTGTGACAAAGAGAACAAGATCCTTAAAGATGAGATGAACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AGAGATTGAGGCG         GCACGAAGGCAGTTCCAGTCTCAGCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 131834 AGAGATTGAGGCGGTA...CAGGCACGAAGGCAGTTCCAGTCTCAGCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 CTGACCTGCAGCAGCTCCCTGACATCCTGAAGATCACGGAGGCGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133579 CTGACCTGCAGCAGCTCCCTGACATCCTGAAGATCACGGAGGCGAAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GCTGAGTGCCAAGACCAACTGCAGGGCTATGAGCGGAAGAACATCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133629 GCTGAGTGCCAAGACCAACTGCAGGGCTATGAGCGGAAGAACATCGACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CACAGCCATCATATCAGACCTGCGCAGCCGG         ATCGAACACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133679 CACAGCCATCATATCAGACCTGCGCAGCCGGGTA...TAGATCGAACACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGGGGGACAAGCTGGAGATGGCGAGAGAGAAACATCAGGCTTCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135092 AGGGGGACAAGCTGGAGATGGCGAGAGAGAAACATCAGGCTTCCCAGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GAAAATAAACAGCTGAGTCTGAAGGTGGATGAACTGGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 135142 GAAAATAAACAGCTGAGTCTGAAGGTGGATGAACTGGAGAGGTT...TAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GAAACTGGAGGCGACCAGTGCCCAGAATATCGAGTTCCTACAGGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137454 GAAACTGGAGGCGACCAGTGCCCAGAATATCGAGTTCCTACAGGTGATTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CCAAGAGGGAGGAGGCAATCCACCAGTCCCAGCTGCGGCTGGAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137504 CCAAGAGGGAGGAGGCAATCCACCAGTCCCAGCTGCGGCTGGAGGAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 ACACGGGAATGTGGGACCCTGGCAAGGCAGTTGGAGAGTGCCATTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137554 ACACGGGAATGTGGGACCCTGGCAAGGCAGTTGGAGAGTGCCATTGAAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 TGCGAGGAGGCAG         GTGGAACAAACCAAGGAGCACGCACTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 137604 TGCGAGGAGGCAGGTC...CAGGTGGAACAAACCAAGGAGCACGCACTCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CCAAGGAGCGAGCAGCCCAGAACAAAATCCTGGACCTTGAGACCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138070 CCAAGGAGCGAGCAGCCCAGAACAAAATCCTGGACCTTGAGACCCAGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 AGCAGAACCAAAACGGAATTGAGCCAGCTGCGGCGGAGCCGTGATGAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 138120 AGCAGAACCAAAACGGAATTGAGCCAGCTGCGGCGGAGCCGTGATGATGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2104        GCGGACCGCCGCTACCAGAGCCGGCTGCAAGACCTGAAAGATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138170 G...TAGGCGGACCGCCGCTACCAGAGCCGGCTGCAAGACCTGAAAGATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 GCCTGGAGCAGTCCGAGAGCACCAACCGCAGCATGCAGAACTACGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139151 GCCTGGAGCAGTCCGAGAGCACCAACCGCAGCATGCAGAACTACGTCCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 TTCCTCAAATCATCATACGCCAACGTGTTTGGGGATGGTCCCTATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139201 TTCCTCAAATCATCATACGCCAACGTGTTTGGGGATGGTCCCTATTCCAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 CTTCCTGACTAGCTCTCCCATCCGCTCCCGATCTCCTCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139251 CTTCCTGACTAGCTCTCCCATCCGCTCCCGATCTCCTCCTGCC