seq1 = pF1KE2462.tfa, 354 bp
seq2 = pF1KE2462/gi568815589f_114487839.tfa (gi568815589f:114487839_114697740), 209902 bp

>pF1KE2462 354
>gi568815589f:114487839_114697740 (Chr9)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-183  (104714-104814)   100% ->
184-354  (109732-109902)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGTCAGTCTCAGGGGATTCAGCAGCTGCTGCAGGCCGAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAGTCAGTCTCAGGGGATTCAGCAGCTGCTGCAGGCCGAGAAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGCCGAGAAGGTGTCCGAGGCCCGCAAAA         GAAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGCAGCCGAGAAGGTGTCCGAGGCCCGCAAAAGTG...CAGGAAAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAGGCTGAAGCAGGCCAAAGAAGAAGCTCAGGCTGAAATTGAACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 GGAGGCTGAAGCAGGCCAAAGAAGAAGCTCAGGCTGAAATTGAACAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCTGCAGAGGGAGAAAGAATTCAAGGCCAAGGAAGCTGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104773 CGCCTGCAGAGGGAGAAAGAATTCAAGGCCAAGGAAGCTGCGGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GCATTGGGATCCCGTGGCAGTTGCAGCACTGAAGTGGAGAAGGAGACCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109731 GGCATTGGGATCCCGTGGCAGTTGCAGCACTGAAGTGGAGAAGGAGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGAGAAGATGACCATCCTCCAGACATACTTCCGGCAGAACAGGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 AGGAGAAGATGACCATCCTCCAGACATACTTCCGGCAGAACAGGGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCTTGGACAACCTCTTGGCTTTTGTCTGTGACATTCGGCCAGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109831 GTCTTGGACAACCTCTTGGCTTTTGTCTGTGACATTCGGCCAGAAATCCA

    350     .    :    .    :
    333 TGAAAACTACCGCATAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||
 109881 TGAAAACTACCGCATAAATGGA