seq1 = pF1KE2461.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KE2461/gi568815597f_6455374.tfa (gi568815597f:6455374_6679581), 224208 bp

>pF1KE2461 1761
>gi568815597f:6455374_6679581 (Chr1)

1-191  (100001-100191)   100% ->
192-498  (115536-115842)   100% ->
499-711  (121042-121254)   100% ->
712-832  (121577-121697)   100% ->
833-1761  (123280-124208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTCTGCACGGCTCGCCTGGTCGGCCTGCAGCTTCTCATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTCTGCACGGCTCGCCTGGTCGGCCTGCAGCTTCTCATTTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGGGCCTTTGCCTGCCATAGCACGGAGTCTTCTCCTGACTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTGGGCCTTTGCCTGCCATAGCACGGAGTCTTCTCCTGACTTCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCGGAGATTACCTCCTGGCAGGCCTGTTCCCTCTCCATTCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCCGGAGATTACCTCCTGGCAGGCCTGTTCCCTCTCCATTCTGGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAGGTGAGGCACAGACCCGAGGTGACCCTGTGTGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100151 CTGCAGGTGAGGCACAGACCCGAGGTGACCCTGTGTGACAGGTG...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTTGTAGCTTCAATGAGCATGGCTACCACCTCTTCCAGGCTATGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115536 GTCTTGTAGCTTCAATGAGCATGGCTACCACCTCTTCCAGGCTATGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGGGTTGAGGAGATAAACAACTCCACGGCCCTGCTGCCCAACATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 TTGGGGTTGAGGAGATAAACAACTCCACGGCCCTGCTGCCCAACATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGGTACCAGCTGTATGATGTGTGTTCTGACTCTGCCAATGTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115636 CTGGGGTACCAGCTGTATGATGTGTGTTCTGACTCTGCCAATGTGTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACGCTGAGAGTGCTCTCCCTGCCAGGGCAACACCACATAGAGCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115686 CACGCTGAGAGTGCTCTCCCTGCCAGGGCAACACCACATAGAGCTCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGACCTTCTCCACTATTCCCCTACGGTGCTGGCAGTGATTGGGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 GAGACCTTCTCCACTATTCCCCTACGGTGCTGGCAGTGATTGGGCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCACCAACCGTGCTGCCACCACAGCCGCCCTGCTGAGCCCTTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115786 AGCACCAACCGTGCTGCCACCACAGCCGCCCTGCTGAGCCCTTTCCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCATG         CTTTTGGAGCAGATCCACAAGGTGCATTTCCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115836 GCCCATGGTA...CAGCTTTTGGAGCAGATCCACAAGGTGCATTTCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TACACAAGGACACTGTGGCGTTTAATGACAACAGAGATCCCCTCAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121076 TACACAAGGACACTGTGGCGTTTAATGACAACAGAGATCCCCTCAGTAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATAACATAATTGCCTGGGACTGGAATGGACCCAAGTGGACCTTCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121126 TATAACATAATTGCCTGGGACTGGAATGGACCCAAGTGGACCTTCACGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTCGGTTCCTCCACATGGTCTCCAGTTCAGCTAAACATAAATGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121176 CCTCGGTTCCTCCACATGGTCTCCAGTTCAGCTAAACATAAATGAGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAATCCAGTGGCACGGAAAGGACAACCAG         GTGCCTAAGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121226 AAATCCAGTGGCACGGAAAGGACAACCAGGTA...CAGGTGCCTAAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGTGTTCCAGCGACTGTCTTGAAGGGCACCAGCGAGTGGTTACGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121589 GTGTGTTCCAGCGACTGTCTTGAAGGGCACCAGCGAGTGGTTACGGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCATCACTGCTGCTTTGAGTGTGTGCCCTGTGGGGCTGGGACCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121639 CCATCACTGCTGCTTTGAGTGTGTGCCCTGTGGGGCTGGGACCTTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACAAGAGTG         ACCTCTACAGATGCCAGCCTTGTGGGAAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121689 ACAAGAGTGGTG...CAGACCTCTACAGATGCCAGCCTTGTGGGAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGTGGGCACCTGAGGGAAGCCAGACCTGCTTCCCGCGCACTGTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123312 GAGTGGGCACCTGAGGGAAGCCAGACCTGCTTCCCGCGCACTGTGGTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTGGCTTTGCGTGAGCACACCTCTTGGGTGCTGCTGGCAGCTAACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123362 TTTGGCTTTGCGTGAGCACACCTCTTGGGTGCTGCTGGCAGCTAACACGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGGACTGCTGGCCTGTTTGCCTGGCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123412 TGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGGACTGCTGGCCTGTTTGCCTGGCACCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GACACCCCTGTGGTGAGGTCAGCAGGGGGCCGCCTGTGCTTTCTTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123462 GACACCCCTGTGGTGAGGTCAGCAGGGGGCCGCCTGTGCTTTCTTATGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGGCTCCCTGGCAGCAGGTAGTGGCAGCCTCTATGGCTTCTTTGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123512 GGGCTCCCTGGCAGCAGGTAGTGGCAGCCTCTATGGCTTCTTTGGGGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCACAAGGCCTGCGTGCTTGCTACGCCAGGCCCTCTTTGCCCTTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123562 CCACAAGGCCTGCGTGCTTGCTACGCCAGGCCCTCTTTGCCCTTGGTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCATCTTCCTGTCCTGCCTGACAGTTCGCTCATTCCAACTAATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123612 ACCATCTTCCTGTCCTGCCTGACAGTTCGCTCATTCCAACTAATCATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTTCAAGTTTTCCACCAAGGTACCTACATTCTACCACGCCTGGGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123662 CTTCAAGTTTTCCACCAAGGTACCTACATTCTACCACGCCTGGGTCCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACCACGGTGCTGGCCTGTTTGTGATGATCAGCTCAGCGGCCCAGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123712 ACCACGGTGCTGGCCTGTTTGTGATGATCAGCTCAGCGGCCCAGCTGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ATCTGTCTAACTTGGCTGGTGGTGTGGACCCCACTGCCTGCTAGGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123762 ATCTGTCTAACTTGGCTGGTGGTGTGGACCCCACTGCCTGCTAGGGAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCAGCGCTTCCCCCATCTGGTGATGCTTGAGTGCACAGAGACCAACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123812 CCAGCGCTTCCCCCATCTGGTGATGCTTGAGTGCACAGAGACCAACTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGGGCTTCATACTGGCCTTCCTCTACAATGGCCTCCTCTCCATCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123862 TGGGCTTCATACTGGCCTTCCTCTACAATGGCCTCCTCTCCATCAGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTTGCCTGCAGCTACCTGGGTAAGGACTTGCCAGAGAACTACAACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123912 TTTGCCTGCAGCTACCTGGGTAAGGACTTGCCAGAGAACTACAACGAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CAAATGTGTCACCTTCAGCCTGCTCTTCAACTTCGTGTCCTGGATCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123962 CAAATGTGTCACCTTCAGCCTGCTCTTCAACTTCGTGTCCTGGATCGCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCTTCACCACGGCCAGCGTCTACGACGGCAAGTACCTGCCTGCGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124012 TCTTCACCACGGCCAGCGTCTACGACGGCAAGTACCTGCCTGCGGCCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATGATGGCTGGGCTGAGCAGCCTGAGCAGCGGCTTCGGTGGGTATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124062 ATGATGGCTGGGCTGAGCAGCCTGAGCAGCGGCTTCGGTGGGTATTTTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GCCTAAGTGCTACGTGATCCTCTGCCGCCCAGACCTCAACAGCACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124112 GCCTAAGTGCTACGTGATCCTCTGCCGCCCAGACCTCAACAGCACAGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1715 ACTTCCAGGCCTCCATTCAGGACTACACGAGGCGCTGCGGCTCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124162 ACTTCCAGGCCTCCATTCAGGACTACACGAGGCGCTGCGGCTCCACC