seq1 = pF1KE2459.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KE2459/gi568815596f_119919085.tfa (gi568815596f:119919085_120204237), 285153 bp

>pF1KE2459 1515
>gi568815596f:119919085_120204237 (Chr2)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-285  (122922-123026)   100% ->
286-328  (154094-154136)   100% ->
329-407  (155016-155094)   100% ->
408-452  (156392-156436)   100% ->
453-505  (156617-156669)   100% ->
506-626  (157887-158007)   100% ->
627-714  (158145-158232)   100% ->
715-803  (159409-159497)   100% ->
804-873  (168087-168156)   100% ->
874-1043  (171263-171432)   100% ->
1044-1150  (172471-172577)   100% ->
1151-1178  (174165-174192)   100% ->
1179-1221  (181160-181202)   100% ->
1222-1337  (181615-181730)   100% ->
1338-1515  (184976-185153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGTTTCTTCCGTAGAACACTAGGGCGTCGGTCTATGCGTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGTTTCTTCCGTAGAACACTAGGGCGTCGGTCTATGCGTAAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCAGAGAAGGAACGACTCCGAGAAGCACAACGCGCCGCCACACATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCAGAGAAGGAACGACTCCGAGAAGCACAACGCGCCGCCACACATATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCAGCTGGAGATTCTAAGTCCATCATCACGTGTCGGGTGTCCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCAGCTGGAGATTCTAAGTCCATCATCACGTGTCGGGTGTCCCTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGGTACTGATGTTAGTGTGGACTTGCCA         AAAAAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 GATGGTACTGATGTTAGTGTGGACTTGCCAGTA...CAGAAAAAAGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGACAAGAGTTGTTTGATCAGATTATGTACCACCTGGACCTGATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122933 AGGACAAGAGTTGTTTGATCAGATTATGTACCACCTGGACCTGATTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGACTATTTTGGTCTGAGATTTATGGATTCAGCACAAGTAGCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122983 GCGACTATTTTGGTCTGAGATTTATGGATTCAGCACAAGTAGCAGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    CATTGGTTGGATGGTACAAAAAGCATCAAAAAGCAAGTAAAAA    
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 154091 CAGCATTGGTTGGATGGTACAAAAAGCATCAAAAAGCAAGTAAAAAGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      TTGGTTCACCCTATTGTCTGCATCTTCGAGTTAAGTTTTATTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154141 ..CAGTTGGTTCACCCTATTGTCTGCATCTTCGAGTTAAGTTTTATTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAACCAAATAACCTTCGTGAGGAGCTAACCCG         GTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 155061 CAGAACCAAATAACCTTCGTGAGGAGCTAACCCGGTA...TAGGTATTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGTTCTTCAGTTAAAACAAGATATTCTCAGTGGAAA         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 156399 TTTGTTCTTCAGTTAAAACAAGATATTCTCAGTGGAAAGTG...CAGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGACTGTCCCTTTGATACAGCAGTGCAATTGGCAGCTTATAATCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156620 AGACTGTCCCTTTGATACAGCAGTGCAATTGGCAGCTTATAATCTGCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506          CTGAACTTGGTGACTATGATCTTGCTGAGCATAGTCCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156670 GTA...TAGCTGAACTTGGTGACTATGATCTTGCTGAGCATAGTCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTGTCTCAGAGTTCAGATTCGTGCCTATTCAGACTGAAGAGATGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157928 CTTGTCTCAGAGTTCAGATTCGTGCCTATTCAGACTGAAGAGATGGAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCTATTTTTGAGAAATGGAAGGAATACAG         AGGTCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 157978 GGCTATTTTTGAGAAATGGAAGGAATACAGGTA...CAGAGGTCAAACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAGCACAGGCTGAAACCAATTATCTGAATAAAGCCAAATGGCTAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158156 CAGCACAGGCTGAAACCAATTATCTGAATAAAGCCAAATGGCTAGAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATGGGGTTGATATGCATGTGGTCAAG         GCTAGAGATGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 158206 TATGGGGTTGATATGCATGTGGTCAAGGTA...TAGGCTAGAGATGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGACTATAGTTTGGGACTAACACCAACAGGAGTCCTTGTTTTTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159423 TGACTATAGTTTGGGACTAACACCAACAGGAGTCCTTGTTTTTGAAGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATACCAAAATTGGCTTATTTTTTTG         GCCGAAGATAACCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 159473 ATACCAAAATTGGCTTATTTTTTTGGTA...TAGGCCGAAGATAACCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTGGATTTTAAGAAGAATAAATTAACCTTGGTGGTTGTAGAAGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168103 TTGGATTTTAAGAAGAATAAATTAACCTTGGTGGTTGTAGAAGATGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TCAG         GGCAAAGAACAGGAACATACATTTGTCTTTAGACTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168153 TCAGGTA...CAGGGCAAAGAACAGGAACATACATTTGTCTTTAGACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ATCATCCAAAAGCATGCAAACATTTATGGAAATGTGCTGTGGAGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171300 ATCATCCAAAAGCATGCAAACATTTATGGAAATGTGCTGTGGAGCATCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCTTTCTTCCGCCTTCGAGGCCCCGTCCAAAAGAGTTCTCATCGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171350 GCTTTCTTCCGCCTTCGAGGCCCCGTCCAAAAGAGTTCTCATCGATCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATTTATTCGACTAGGATCACGATTTAGATATAG         TGGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 171400 ATTTATTCGACTAGGATCACGATTTAGATATAGGTT...TAGTGGGAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAGAGTATCAGACCACAAAAACCAATAAAGCAAGAAGATCAACATCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172479 CAGAGTATCAGACCACAAAAACCAATAAAGCAAGAAGATCAACATCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAAAGAAGGCCCAGCAAACGATATTCTAGACGAACTCTACAAATGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 172529 GAAAGAAGGCCCAGCAAACGATATTCTAGACGAACTCTACAAATGAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151         CATGTGCTACAAAACCTGAAGAACTTAG         TGTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 172579 TG...TAGCATGTGCTACAAAACCTGAAGAACTTAGGTA...CAGTGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ACAATAATGTTTCGACCCAAAGTAATGGCTCCCAACAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 181165 ACAATAATGTTTCGACCCAAAGTAATGGCTCCCAACAGGTA...AAGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 TGGGGGATGAGATCTGCTCTGCCTGTGAGTCCTTCCATTTCCTCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181618 TGGGGGATGAGATCTGCTCTGCCTGTGAGTCCTTCCATTTCCTCTGCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGTGCCAGTGGAGATAGAGAATCTTCCACAGAGTCCTGGAACAGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181668 TGTGCCAGTGGAGATAGAGAATCTTCCACAGAGTCCTGGAACAGACCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ATGACAGGAAATG         GCTCTCTGCTGCCAGCGACTGCTGTCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 181718 ATGACAGGAAATGGTT...CAGGCTCTCTGCTGCCAGCGACTGCTGTCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CGTGGTGGAAACCAGTGGAACACAAGGGCCTTGCCCCCACCCCAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185004 CGTGGTGGAAACCAGTGGAACACAAGGGCCTTGCCCCCACCCCAGACCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 ACATAGAAACTACACTGACTTTGTTCATGAGCACAATGTGAAGAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185054 ACATAGAAACTACACTGACTTTGTTCATGAGCACAATGTGAAGAATGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GAATCCGTCATGATGTTCATTTTCCTGGCCATACAGCCATGACTGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185104 GAATCCGTCATGATGTTCATTTTCCTGGCCATACAGCCATGACTGAGATA