seq1 = pF1KE2450.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE2450/gi568815583f_32057721.tfa (gi568815583f:32057721_32268455), 210735 bp

>pF1KE2450 963
>gi568815583f:32057721_32268455 (Chr15)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-250  (100692-100886)   100% ->
251-337  (101849-101935)   100% ->
338-447  (105506-105615)   100% ->
448-963  (110220-110735)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGAGGCAGATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGAGGCAGATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGG         GAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGGTA...GAGGAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTGCAAAGAGCCCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 GCTGCAAAGAGCCCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGACGCTCTACTATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 AGGACGCTCTACTATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCCTCGCCCTGCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 CGCCCTCGCCCTGCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCCCTGG         GGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 TTTCCCTGGGTA...TAGGGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCTGCTCGTGGCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 ATGCTGCTCGTGGCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATAG         CCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101931 GATAGGTA...CAGCCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCGGTGGTGGTGACAGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 TCTCGGTGGTGGTGACAGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACGGGGGCAAGATGCCCAAGTGG         ACCAGAGTCATCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105592 GACGGGGGCAAGATGCCCAAGTGGGTA...CAGACCAGAGTCATCCTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAACTGGTGCGCGTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110237 GAACTGGTGCGCGTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCGCCCGGCCTGCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110287 TGCGCCCGGCCTGCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGATGAGCGCCGTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110337 GAGATGAGCGCCGTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCGGCTTCCGCGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110387 CATCGGCTTCCGCGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGGGGTAGTGTGTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110437 CTGGGGTAGTGTGTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCCTGCACGGTGGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110487 CTCCTGCACGGCGGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGAGGAGGTCCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110537 CCTGGAGGAGGTCCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGAGGCGGTCTGCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110587 GCGAGGCGGTCTGCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGTGCCTCATGGCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110637 CTGTGCCTCATGGCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    915 CCTGATGTCGGCTCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110687 CCTGATGTCGGCTCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG