seq1 = pF1KE2446.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KE2446/gi568815592f_151394129.tfa (gi568815592f:151394129_151718144), 324016 bp

>pF1KE2446 2145
>gi568815592f:151394129_151718144 (Chr6)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-186  (142190-142318)   100% ->
187-443  (143917-144173)   99% ->
444-588  (150444-150588)   100% ->
589-774  (154176-154361)   100% ->
775-1092  (179046-179363)   99% ->
1093-1293  (191761-191961)   100% ->
1294-1467  (198979-199152)   100% ->
1468-1710  (202207-202449)   99% ->
1711-1947  (221315-221551)   99% ->
1948-2145  (223819-224016)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTGGACTGCACCAGCCATATCGCGCTGGGTGCCGCTTCGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTGGACTGCACCAGCCATATCGCGCTGGGTGCCGCTTCGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGAG         GAAACTTACGATCATCTTTCGGAAGTCCCGGTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCGAGGTA...CAGGAAACTTACGATCATCTTTCGGAAGTCCCGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCGGGAGCAGTTAAACCACTATCGGAATGTGGCTCAAAATGCTCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142224 CGCGGGAGCAGTTAAACCACTATCGGAATGTGGCTCAAAATGCTCGAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTTGCAGCAACTTTGGTCAAATTTGAATGTGCTCAGTCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 142274 GAACTTGCAGCAACTTTGGTCAAATTTGAATGTGCTCAGTCTGAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     CTTCAAGACCTCCGATCCAAGATGCTTTCTAAAGAAGTCTCCTGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142324 .TAGCTTCAAGACCTCCGATCCAAGATGCTTTCTAAAGAAGTCTCCTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAACTGAAAGCTGAAATGGAGAGCTACAAGGAAAACAATGCCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143963 AAGAACTGAAAGCTGAAATGGAGAGCTACAAGGAAAACAATGCCAGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCATCTCTCCTTACCTCTTTGAGAGACAGAGTTCAGGAGCTAGAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 144013 TCATCTCTCCTTACCTCTTTGAGAGACAGAGTTCAGGAACTAGAAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCAGCAGCACTTTCCACTTCTAAAATCAGAACAGAAATCACAGCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144063 ATCAGCAGCACTTTCCACTTCTAAAATCAGAACAGAAATCACAGCTCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCAATCAAGGAGAACCAGGAATTAAAGAAGAAAGTTGTAGAGTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144113 CTGCAATCAAGGAGAACCAGGAATTAAAGAAGAAAGTTGTAGAGTTAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAAAATTACA         AAAGTGTTCAAAAGAAAATGAGGAGAATAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 144163 GAAAAATTACAGTA...CAGAAAGTGTTCAAAAGAAAATGAGGAGAATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAACAAGTTTCAAAGAATTGCAGGAAACATGAGGAATTTCTGACTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150474 GAAACAAGTTTCAAAGAATTGCAGGAAACATGAGGAATTTCTGACTCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCGTGACTGCTTGGATCCAGATGAGAGGAATGACAAGGCATCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150524 TGCGTGACTGCTTGGATCCAGATGAGAGGAATGACAAGGCATCAGATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATTTAATTTTAAAG         CTTAGAGACCTGCGCAAAGAAAATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 150574 GATTTAATTTTAAAGGTG...CAGCTTAGAGACCTGCGCAAAGAAAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTCGTGAAAGGACAAATTGTTATTCTTGAAGAGACTATAAATGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154202 ATTCGTGAAAGGACAAATTGTTATTCTTGAAGAGACTATAAATGTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGATGGAAGCAAAAGCTAGCAGAGAAACGATCATGAGGCTGGCTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154252 AGATGGAAGCAAAAGCTAGCAGAGAAACGATCATGAGGCTGGCTTCAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCAACAGAGAGCAGAAAAAAGCTGCCTCCTGTACTGAAGAGAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154302 GTCAACAGAGAGCAGAAAAAAGCTGCCTCCTGTACTGAAGAGAAAGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGAACCAG         GACCTGCTCAGTGCTGTAGAAGCAAAAGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 154352 GCTGAACCAGGTA...TAGGACCTGCTCAGTGCTGTAGAAGCAAAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCTTGAAAGGGAAGTTAAGATCTTCCAAGAAAGGCTGCTTGCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179077 CTCTTGAAAGGGAAGTTAAGATCTTCCAAGAAAGGCTGCTTGCTGGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGGTCTGGGATGCCTCAAAGCAGGAAGTGAGCCTCCTGAAGAAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179127 CAGGTCTGGGATGCCTCAAAGCAGGAAGTGAGCCTCCTGAAGAAAAGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCTGAGTTGGAGAAGAGTTTGAAGGCCAGTCAGGATGCAGTCACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179177 TTCTGAGTTGGAGAAGAGTTTGAAGGCCAGTCAGGATGCAGTCACAACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CACAAAGCCAGTACTCCTCATTTAGGGAGAAAATCGCAGCCCTCCTTAGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179227 CACAAAGCCAGTACTTCTCATTTAGGGAGAAAATCGCAGCCCTCCTTAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGCAGATTGAGCATGACTGGGTCCACTGAGGACACCATTTTGGAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179277 GGCAGATTGAGCATGACTGGGTCCACTGAGGACACCATTTTGGAGAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCGAGAAATGGACAGCCGGGAAGAAAGCAGGGACCGG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 179327 TCGAGAAATGGACAGCCGGGAAGAAAGCAGGGACCGGGTG...CAGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTCCCAGCTTGAAGCCCAAATATCTGAGCTTGTTGAACAGTTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191765 TCTCCCAGCTTGAAGCCCAAATATCTGAGCTTGTTGAACAGTTGGGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGTCTGGGTTTCACCAGAAAGCTCTCCAGAGGGCCCAGAAAGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191815 GAGTCTGGGTTTCACCAGAAAGCTCTCCAGAGGGCCCAGAAAGCAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TATGTTGGAGACTCTTCAGGGTCAGCTGACACACCTGGAGGCAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191865 TATGTTGGAGACTCTTCAGGGTCAGCTGACACACCTGGAGGCAGAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTTCTGGAGGTGTTTTGCGAGACAACTTGAATTTTGAGAAACAAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 191915 TTTCTGGAGGTGTTTTGCGAGACAACTTGAATTTTGAGAAACAAAAAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1294       TATCTTAAATTTCTGGATCAGCTTTCTCAGAAAATGAAGTTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191965 ...TAGTATCTTAAATTTCTGGATCAGCTTTCTCAGAAAATGAAGTTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCAGATGGCTGCCGAACTTGGCTTTGACATGCGGCTGGACGTGGTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199023 CCAGATGGCTGCCGAACTTGGCTTTGACATGCGGCTGGACGTGGTTTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTCGAACAGAGCAGCTGGTTCGTCTTGAGAGCAATGCAGTCATTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199073 CTCGAACAGAGCAGCTGGTTCGTCTTGAGAGCAATGCAGTCATTGAGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGACCATTGCCCACAATTTGCAGAGAAAG         CTAAAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 199123 AAGACCATTGCCCACAATTTGCAGAGAAAGGTA...CAGCTAAAGACACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAAAGAGAGACTGGAGAGCAAAGAATTACACATGAGCCTCCTCCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202218 GAAAGAGAGACTGGAGAGCAAAGAATTACACATGAGCCTCCTCCGGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAATAGCCCAGCTGGAGGAGGAGAAGCAGGCACGCACGGCCTTGGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202268 AAATAGCCCAGCTGGAGGAGGAGAAGCAGGCACGCACGGCCTTGGTGGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAGAGGGACAACGCGCATCTTACCATCAGGAACTTGCAGAAGAAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202318 GAGAGGGACAACGCGCATCTTACCATCAGGAACTTGCAGAAGAAGGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAGGCTGCAGAAAGAGCTGAACACGTGTCAAGACTTGCACACCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 202368 GAGGCTGCAGAAAGAGCTGAACACGTGTCGAGACTTGCACACCGAGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AAGCCAAACTGGCCGACACCAATGAACTGAAG         ATTAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 202418 AAGCCAAACTGGCCGACACCAATGAACTGAAGGCA...TAGATTAAAACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TTGGAACAGACTAAAGCCATTGAAGATCTAAACAAATCCAGAGACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221324 TTGGAACAGACTAAAGCCATTGAAGATCTAAACAAATCCAGAGACCAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGAGAAGATGAAGGAGAAAGCTGAGAAAAAGCTCATGTCTATCAAGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 221374 GGAGAAGATGAAGGAGAAAGCTGAGAAAAAGCTCATGTCTGTCAAGTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AACTGGATACCACAGAACATGAGGCTAAGGAGAATAAAGAAAGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221424 AACTGGATACCACAGAACATGAGGCTAAGGAGAATAAAGAAAGGGCCAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AACATGATAGAAGTGGTAACCAGTGAAATGAAGACACTAAAAAAATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221474 AACATGATAGAAGTGGTAACCAGTGAAATGAAGACACTAAAAAAATCTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGAAGAAGCAGAAAAGAGAGAAAAGCAG         CTGGCAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 221524 GGAAGAAGCAGAAAAGAGAGAAAAGCAGGTG...CAGCTGGCAGACTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GGGAGGTGGTGTCGCAGATGCTAGGCTTGAACGTGACCAGCCTTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223832 GGGAGGTGGTGTCGCAGATGCTAGGCTTGAACGTGACCAGCCTTGCTCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CCTGATTATGAAATCATCAAGTGTCTTGAAAGATTGATCCATTCACATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 223882 CCTGATTATGAAATCATCAAGTGTCTTGAAAGATTGGTCCATTCACATCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GCATCACTTTGTTACCTGTGCCTGCCTCAAAGATGTGACTACTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223932 GCATCACTTTGTTACCTGTGCCTGCCTCAAAGATGTGACTACTGGGCAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2111 AGAGGCACCCACAAGGCCATTTACAGCTTCTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223982 AGAGGCACCCACAAGGCCATTTACAGCTTCTTCAT