seq1 = pF1KE2439.tfa, 429 bp
seq2 = pF1KE2439/gi568815587f_46282058.tfa (gi568815587f:46282058_46482748), 200691 bp

>pF1KE2439 429
>gi568815587f:46282058_46482748 (Chr11)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-244  (100237-100404)   100% ->
245-406  (100530-100691)   100% ->
407-429  (101412-101434)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCACCGAGGCTTCCTCCTCCTCACCCTCCTCGCCCTGCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCACCGAGGCTTCCTCCTCCTCACCCTCCTCGCCCTGCTGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCTCCGCGGTCGCCAAAAAGAAAG         ATAAGGTGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CACCTCCGCGGTCGCCAAAAAGAAAGGTG...TAGATAAGGTGAAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGGCCCGGGGAGCGAGTGCGCTGAGTGGGCCTGGGGGCCCTGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100252 GCGGCCCGGGGAGCGAGTGCGCTGAGTGGGCCTGGGGGCCCTGCACCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAGCAAGGATTGCGGCGTGGGTTTCCGCGAGGGCACCTGCGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100302 AGCAGCAAGGATTGCGGCGTGGGTTTCCGCGAGGGCACCTGCGGGGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCCAGCGCATCCGGTGCAGGGTGCCCTGCAACTGGAAGAAGGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100352 GACCCAGCGCATCCGGTGCAGGGTGCCCTGCAACTGGAAGAAGGAGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAG         CCGACTGCAAGTACAAGTTTGAGAACTGGGGTGCGTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100402 GAGGTG...CAGCCGACTGCAAGTACAAGTTTGAGAACTGGGGTGCGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGGGGGCACAGGCACCAAAGTCCGCCAAGGCACCCTGAAGAAGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 GATGGGGGCACAGGCACCAAAGTCCGCCAAGGCACCCTGAAGAAGGCGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACAATGCTCAGTGCCAGGAGACCATCCGCGTCACCAAGCCCTGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 CTACAATGCTCAGTGCCAGGAGACCATCCGCGTCACCAAGCCCTGCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGACCAAAGCAAAGGCCAAAG         CCAAGAAAGGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100668 CCAAGACCAAAGCAAAGGCCAAAGGTC...CAGCCAAGAAAGGGAAGGGA

    450     .
    424 AAGGAC
        ||||||
 101429 AAGGAC