seq1 = pF1KE2430.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KE2430/gi568815593r_78680400.tfa (gi568815593r:78680400_79085248), 404849 bp

>pF1KE2430 1599
>gi568815593r:78680400_79085248 (Chr5)

(complement)

1-312  (100001-100312)   100% ->
313-499  (116057-116243)   100% ->
500-690  (120643-120833)   100% ->
691-898  (129747-129954)   100% ->
899-1142  (199422-199665)   99% ->
1143-1213  (245823-245893)   100% ->
1214-1336  (303275-303397)   100% ->
1337-1599  (304587-304849)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCCGCGCGGCGCGGCGAGCTTGCCCCGAGGCCCCGGACCTCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCCGCGCGGCGCGGCGAGCTTGCCCCGAGGCCCCGGACCTCGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTCCTCCCCGTCGTCCTCCCGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTCCTCCCCGTCGTCCTCCCGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGGGCTCGGGCGCCGGGGCCAGCCGGCCGCCCCACCTGGTCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGGGCTCGGGCGCCGGGGCCAGCCGGCCGCCCCACCTGGTCTTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCAGACGACCTAGGCTGGAACGACGTCGGCTTCCACGGCTCCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCAGACGACCTAGGCTGGAACGACGTCGGCTTCCACGGCTCCCGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCACGCCGCACCTGGACGCGCTGGCGGCCGGCGGGGTGCTCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCACGCCGCACCTGGACGCGCTGGCGGCCGGCGGGGTGCTCCTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTACTACACGCAGCCGCTGTGCACGCCGTCGCGGAGCCAGCTGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTACTACACGCAGCCGCTGTGCACGCCGTCGCGGAGCCAGCTGCTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCTACCAG         ATCCGTACAGGTTTACAGCACCAAATAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCGCTACCAGGTA...AAGATCCGTACAGGTTTACAGCACCAAATAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGGCCCTGTCAGCCCAGCTGTGTTCCTCTGGATGAAAAACTCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116086 CTGGCCCTGTCAGCCCAGCTGTGTTCCTCTGGATGAAAAACTCCTGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTCCTAAAAGAAGCAGGTTATACTACCCATATGGTCGGAAAATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116136 AGCTCCTAAAAGAAGCAGGTTATACTACCCATATGGTCGGAAAATGGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGGAATGTACCGGAAAGAATGCCTTCCAACCCGCCGAGGATTTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116186 CTGGGAATGTACCGGAAAGAATGCCTTCCAACCCGCCGAGGATTTGATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACTTTG         GATATCTCCTGGGTAGTGAAGATTATTATTCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116236 CTACTTTGGTA...CAGGATATCTCCTGGGTAGTGAAGATTATTATTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGAACGCTGTACATTAATTGACGCTCTGAATGTCACACGATGTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120676 ATGAACGCTGTACATTAATTGACGCTCTGAATGTCACACGATGTGCTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATTTTCGAGATGGCGAAGAAGTTGCAACAGGATATAAAAATATGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120726 GATTTTCGAGATGGCGAAGAAGTTGCAACAGGATATAAAAATATGTATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AACAAACATATTCACCAAAAGGGCTATAGCCCTCATAACTAACCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120776 AACAAACATATTCACCAAAAGGGCTATAGCCCTCATAACTAACCATCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGAGAAG         CCTCTGTTTCTCTACCTTGCTCTCCAGTCTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120826 CAGAGAAGGTA...CAGCCTCTGTTTCTCTACCTTGCTCTCCAGTCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATGAGCCCCTTCAGGTCCCTGAGGAATACTTGAAGCCATATGACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129780 CATGAGCCCCTTCAGGTCCCTGAGGAATACTTGAAGCCATATGACTTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAAGACAAGAACAGGCATCACTATGCAGGAATGGTGTCCCTTATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129830 CCAAGACAAGAACAGGCATCACTATGCAGGAATGGTGTCCCTTATGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAGCAGTAGGAAATGTCACTGCAGCTTTAAAAAGCAGTGGGCTCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129880 AAGCAGTAGGAAATGTCACTGCAGCTTTAAAAAGCAGTGGGCTCTGGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACACGGTGTTCATCTTTTCTACAG         ATAACGGAGGGCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129930 AACACGGTGTTCATCTTTTCTACAGGTA...CAGATAACGGAGGGCAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTGGCAGGGGGTAATAACTGGCCCCTTCGAGGAAGAAAATGGAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199438 TTTGGCAGGGGGTAATAACTGGCCCCTTCGAGGAAGAAAATGGAGCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGAAGGAGGCGTCCGAGGGGTGGGCTTTGTGGCAAGCCCCTTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199488 GGGAAGGAGGCGTCCGAGGGGTGGGCTTTGTGGCAAGCCCCTTGCTGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CAGAAGGGCGTGAAGAACCGGGAGCTCATCCACATCTCTGACTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199538 CAGAAGGGCGTGAAGAACCGGGAGCTCATCCACATCTCTGACTGGCTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AACACTCATGAAGCTGGCCAGGGGACACACCAATGGCACAAAGCCTCTGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199588 AACACTCGTGAAGCTGGCCAGGGGACACACCAATGGCACAAAGCCTCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATGGCTTCGACGTGTGGAAAACCATCAG         TGAAGGAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 199638 ATGGCTTCGACGTGTGGAAAACCATCAGGTA...CAGTGAAGGAAGCCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCCCCCAGAATTGAGCTGCTGCATAATATTGACCCGAACTTCGTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245836 TCCCCCAGAATTGAGCTGCTGCATAATATTGACCCGAACTTCGTGGACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TTCACCGT         GTCCCAGGAACAGCATGGCTCCAGCAAAGGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 245886 TTCACCGTGTG...CAGGTCCCAGGAACAGCATGGCTCCAGCAAAGGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACTCTTCTCTTCCAGAATATTCAGCCTTTAACACATCTGTCCATGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303308 ACTCTTCTCTTCCAGAATATTCAGCCTTTAACACATCTGTCCATGCTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATTAGACATGGAAATTGGAAACTCCTCACGGGCTACCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 303358 ATTAGACATGGAAATTGGAAACTCCTCACGGGCTACCCAGGTA...TAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTGTGGTTACTGGTTCCCTCCACCGTCTCAATACAATGTTTCTGAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304588 CTGTGGTTACTGGTTCCCTCCACCGTCTCAATACAATGTTTCTGAGATAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCTCATCAGACCCACCAACCAAGACCCTCTGGCTCTTTGATATTGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304638 CCTCATCAGACCCACCAACCAAGACCCTCTGGCTCTTTGATATTGATCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GACCCTGAAGAAAGACATGACCTGTCCAGAGAATATCCTCACATCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304688 GACCCTGAAGAAAGACATGACCTGTCCAGAGAATATCCTCACATCGTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AAAGCTCCTGTCCCGCCTACAGTTCTACCATAAACACTCAGTCCCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304738 AAAGCTCCTGTCCCGCCTACAGTTCTACCATAAACACTCAGTCCCCGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ACTTCCCTGCACAGGACCCCCGCTGTGATCCCAAGGCCACTGGGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304788 ACTTCCCTGCACAGGACCCCCGCTGTGATCCCAAGGCCACTGGGGTGTGG

   1650     .    :
   1588 GGCCCTTGGATG
        ||||||||||||
 304838 GGCCCTTGGATG