seq1 = pF1KE2429.tfa, 1974 bp
seq2 = pF1KE2429/gi568815597f_53096944.tfa (gi568815597f:53096944_53313592), 216649 bp

>pF1KE2429 1974
>gi568815597f:53096944_53313592 (Chr1)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-233  (103776-103856)   100% ->
234-340  (105380-105486)   100% ->
341-1645  (113072-114376)   100% ->
1646-1974  (116321-116649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCCCCGCCTGCTGCTGCGCGCCTGGCCCCGGGGCCCCGCGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCCCCGCCTGCTGCTGCGCGCCTGGCCCCGGGGCCCCGCGGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGGGAGCCCCCAGTCGGCCCCTCAGCGCCGGCTCCGGGCCCGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGGGAGCCCCCAGTCGGCCCCTCAGCGCCGGCTCCGGGCCCGGCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCAGCGCAGCATCGTGCCCACCATGCACTACCAGGACAGCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCAGCGCAGCATCGTGCCCACCATGCACTACCAGGACAGCCTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         GCTGCCTATTCCCAAACTTGAAGACACCATTAGGAGATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTG...CAGGCTGCCTATTCCCAAACTTGAAGACACCATTAGGAGATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCAGTGCACAGAAGCCTCTCTTGAATGATGGCCAGTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103815 CCTCAGTGCACAGAAGCCTCTCTTGAATGATGGCCAGTTCAGGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GAAAACAGAACAATTTTGCAAGAGTTTTGAAAATGGGATTGGAAAAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105379 GGAAAACAGAACAATTTTGCAAGAGTTTTGAAAATGGGATTGGAAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCATGAGCAGCTGGTTGCTCTGGACAAACAGAATAAACATACAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105429 CTGCATGAGCAGCTGGTTGCTCTGGACAAACAGAATAAACATACAAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTTCGG         GACCCTGGTTTGATATGTACCTATCTGCTCGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105479 CATTTCGGGTA...TAGGACCCTGGTTTGATATGTACCTATCTGCTCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTCCGTTGTTCTGAACTTTAATCCATTTATGGCTTTCAATCCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113105 ACTCCGTTGTTCTGAACTTTAATCCATTTATGGCTTTCAATCCTGACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAATCTGAGTATAATGACCAGCTCACCCGGGCAACCAACATGACTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113155 AAATCTGAGTATAATGACCAGCTCACCCGGGCAACCAACATGACTGTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCATCCGGTTTCTGAAGACACTCCGGGCTGGCCTTCTGGAGCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113205 TGCCATCCGGTTTCTGAAGACACTCCGGGCTGGCCTTCTGGAGCCAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTTCCACTTGAACCCTGCAAAAAGTGACACTATCACCTTCAAGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113255 TGTTCCACTTGAACCCTGCAAAAAGTGACACTATCACCTTCAAGAGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATACGCTTTGTGCCTTCCTCTCTGTCCTGGTATGGGGCCTACCTGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113305 ATACGCTTTGTGCCTTCCTCTCTGTCCTGGTATGGGGCCTACCTGGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCGTATCCCCTGGATATGTCCCAGTATTTTCGGCTTTTCAACTCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113355 TGCGTATCCCCTGGATATGTCCCAGTATTTTCGGCTTTTCAACTCAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTTACCCAAACCCAGTCGGGATGAACTCTTCACTGATGACAAGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113405 GTTTACCCAAACCCAGTCGGGATGAACTCTTCACTGATGACAAGGCCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CACCTCCTGGTCCTAAGGAAAGGAAATTTTTATATCTTTGATGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113455 CACCTCCTGGTCCTAAGGAAAGGAAATTTTTATATCTTTGATGTCCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCAAGATGGGAACATTGTGAGCCCCTCGGAAATCCAGGCACATCTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113505 TCAAGATGGGAACATTGTGAGCCCCTCGGAAATCCAGGCACATCTGAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACATTCTCTCAGACAGCAGCCCCGCCCCCGAGTTTCCCCTGGCATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113555 ACATTCTCTCAGACAGCAGCCCCGCCCCCGAGTTTCCCCTGGCATACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACCAGTGAGAACCGAGACATCTGGGCAGAGCTCAGGCAGAAGCTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113605 ACCAGTGAGAACCGAGACATCTGGGCAGAGCTCAGGCAGAAGCTGATGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TAGTGGCAATGAGGAGAGCCTGAGGAAAGTGGACTCGGCAGTGTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113655 TAGTGGCAATGAGGAGAGCCTGAGGAAAGTGGACTCGGCAGTGTTCTGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCTGCCTAGATGACTTCCCCATTAAGGACCTTGTCCACTTGTCCCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113705 TCTGCCTAGATGACTTCCCCATTAAGGACCTTGTCCACTTGTCCCACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATGCTGCATGGGGATGGCACAAACCGCTGGTTTGATAAATCCTTTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113755 ATGCTGCATGGGGATGGCACAAACCGCTGGTTTGATAAATCCTTTAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CATTATCGCCAAGGATGGCTCTACTGCCGTCCACTTTGAGCACTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113805 CATTATCGCCAAGGATGGCTCTACTGCCGTCCACTTTGAGCACTCTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTGATGGTGTGGCAGTGCTCAGATTTTTTAATGAAGTATTTAAAGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113855 GTGATGGTGTGGCAGTGCTCAGATTTTTTAATGAAGTATTTAAAGACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACTCAGACCCCTGCCGTCACTCCACAGAGCCAGCCAGCTACCACTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113905 ACTCAGACCCCTGCCGTCACTCCACAGAGCCAGCCAGCTACCACTGACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TACTGTCACGGTGCAGAAACTCAACTTCGAGCTGACTGATGCCTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113955 TACTGTCACGGTGCAGAAACTCAACTTCGAGCTGACTGATGCCTTAAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTGGCATCACAGCTGCTAAGGAAAAGTTTGATGCCACCATGAAAACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114005 CTGGCATCACAGCTGCTAAGGAAAAGTTTGATGCCACCATGAAAACCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ACTATTGACTGCGTCCAGTTTCAGAGAGGAGGCAAAGAATTCCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114055 ACTATTGACTGCGTCCAGTTTCAGAGAGGAGGCAAAGAATTCCTGAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCAAAAGCTGAGCCCTGACGCAGTTGCCCAGCTGGCATTCCAGATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114105 GCAAAAGCTGAGCCCTGACGCAGTTGCCCAGCTGGCATTCCAGATGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCCTGCGGCAGTACGGGCAGACAGTGGCCACCTACGAGTCCTGTAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114155 TCCTGCGGCAGTACGGGCAGACAGTGGCCACCTACGAGTCCTGTAGCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GCCGCATTCAAGCACGGCCGCACTGAGACCATCCGCCCGGCCTCCGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114205 GCCGCATTCAAGCACGGCCGCACTGAGACCATCCGCCCGGCCTCCGTCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TACAAAGAGGTGCTCTGAGGCCTTTGTCAGGGAGCCCTCCAGGCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 TACAAAGAGGTGCTCTGAGGCCTTTGTCAGGGAGCCCTCCAGGCACAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTGGTGAGCTTCAGCAGATGATGGTTGAGTGCTCCAAGTACCATGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114305 CTGGTGAGCTTCAGCAGATGATGGTTGAGTGCTCCAAGTACCATGGCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CTGACCAAAGAAGCAGCAATGG         GCCAGGGCTTTGACCGACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114355 CTGACCAAAGAAGCAGCAATGGGTG...CAGGCCAGGGCTTTGACCGACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CTTGTTTGCTCTGCGGCATCTGGCAGCAGCCAAAGGGATCATCTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116340 CTTGTTTGCTCTGCGGCATCTGGCAGCAGCCAAAGGGATCATCTTGCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AGCTCTACCTGGACCCTGCATACGGGCAGATAAACCACAATGTCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116390 AGCTCTACCTGGACCCTGCATACGGGCAGATAAACCACAATGTCCTGTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 ACGAGCACACTGAGCAGCCCAGCAGTGAACCTTGGGGGCTTTGCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116440 ACGAGCACACTGAGCAGCCCAGCAGTGAACCTTGGGGGCTTTGCCCCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GGTCTCTGATGGCTTTGGTGTTGGGTATGCTGTTCATGACAACTGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116490 GGTCTCTGATGGCTTTGGTGTTGGGTATGCTGTTCATGACAACTGGATAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GCTGCAATGTCTCTTCCTACCCAGGCCGCAATGCCCGGGAGTTTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116540 GCTGCAATGTCTCTTCCTACCCAGGCCGCAATGCCCGGGAGTTTCTCCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 TGTGTGGAGAAGGCCTTAGAAGACATGTTTGATGCCTTAGAAGGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116590 TGTGTGGAGAAGGCCTTAGAAGACATGTTTGATGCCTTAGAAGGCAAATC

   2000     .    :
   1965 CATCAAAAGT
        ||||||||||
 116640 CATCAAAAGT