seq1 = pF1KE2427.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KE2427/gi568815578f_37084179.tfa (gi568815578f:37084179_37336709), 252531 bp

>pF1KE2427 1893
>gi568815578f:37084179_37336709 (Chr20)

7-207  (99994-100195)   98% ->
208-303  (114219-114314)   100% ->
304-479  (114872-115047)   100% ->
480-555  (119707-119782)   100% ->
556-690  (120589-120723)   100% ->
691-867  (123095-123271)   100% ->
868-986  (125869-125987)   100% ->
987-1092  (129582-129687)   100% ->
1093-1184  (139700-139791)   100% ->
1185-1299  (141510-141624)   100% ->
1300-1494  (144372-144566)   100% ->
1495-1581  (145795-145881)   100% ->
1582-1677  (148118-148213)   100% ->
1678-1753  (149842-149917)   100% ->
1754-1888  (152402-152536)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CCGCC GGGTTCAAGCACTGTCTTCCTGTTGGCCCTGACAATCATAGCCA
        || ||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 CCCCCAAGGTTCAAGCACTGTCTTCCTGTTGGCCCTGACAATCATAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 GCACCTGGGCTCTGACGCCCACTCACTACCTCACCAAGCATGACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GCACCTGGGCTCTGACGCCCACTCACTACCTCACCAAGCATGACGTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 AGACTAAAAGCCTCGCTGGATCGCCCTTTCACAAATTTGGAATCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 AGACTAAAAGCCTCGCTGGATCGCCCTTTCACAAATTTGGAATCTGCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 CTACTCCATCGTGGGACTCAGCAGCCTTGGTGCTCAGGTGCCAGATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 CTACTCCATCGTGGGACTCAGCAGCCTTGGTGCTCAGGTGCCAGATGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 AG         AAAGCATGTACCTACATCAGATCTAACCTTGATCCCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100194 AGGTA...TAGAAAGCATGTACCTACATCAGATCTAACCTTGATCCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 AATGTGGATTCCCTCTTCTACGCTGCCCAGGCCAGCCAGGCCCTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114258 AATGTGGATTCCCTCTTCTACGCTGCCCAGGCCAGCCAGGCCCTCTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 ATGTGAG         ATCTCTATTTCAAATGAGACCAAAGATCTGCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114308 ATGTGAGGTG...TAGATCTCTATTTCAAATGAGACCAAAGATCTGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 TGGCAGCTGTCAGTGAGGACTCATCTGTTACCCAGATCTACCATGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114906 TGGCAGCTGTCAGTGAGGACTCATCTGTTACCCAGATCTACCATGCAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 GCAGCTCTAAGTGGCTTTGGCCTTCCCTTGGCATCCCAAGAAGCACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114956 GCAGCTCTAAGTGGCTTTGGCCTTCCCTTGGCATCCCAAGAAGCACTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TGCCCTTACTGCTCGTCTCAGCAAGGAGGAGACTGTGCTGGC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115006 TGCCCTTACTGCTCGTCTCAGCAAGGAGGAGACTGTGCTGGCGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480  AACAGTCCAGGCTCTGCAGACAGCATCCCACCTGTCCCAGCAGGCTGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119706 GAACAGTCCAGGCTCTGCAGACAGCATCCCACCTGTCCCAGCAGGCTGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 CTGAGGAGCATCGTGGAGGAGATTGAG         GACCTTGTTGCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119756 CTGAGGAGCATCGTGGAGGAGATTGAGGTG...CAGGACCTTGTTGCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 CCTGGATGAACTCGGGGGCGTGTATCTCCAGTTTGAAGAAGGACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120603 CCTGGATGAACTCGGGGGCGTGTATCTCCAGTTTGAAGAAGGACTGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CAACAGCGTTATTTGTGGCTGCCACCTACAAGCTCATGGATCATGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120653 CAACAGCGTTATTTGTGGCTGCCACCTACAAGCTCATGGATCATGTGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 ACTGAGCCATCCATTAAGGAG         GATCAGGTCATCCAGCTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120703 ACTGAGCCATCCATTAAGGAGGTA...CAGGATCAGGTCATCCAGCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GAACGCGATCTTCAGCAAGAAGAACTTTGAGTCCCTCTCCGAAGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123115 GAACGCGATCTTCAGCAAGAAGAACTTTGAGTCCCTCTCCGAAGCCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GCGTGGCCTCTGCAGCTGCTGTGCTCTCGCATAATCGCTACCACGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123165 GCGTGGCCTCTGCAGCTGCTGTGCTCTCGCATAATCGCTACCACGTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GTTGTGGTTGTGCCTGAGGGCTCTGCTTCCGACACTCATGAACAGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123215 GTTGTGGTTGTGCCTGAGGGCTCTGCTTCCGACACTCATGAACAGGCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CTTGCGG         TTGCAAGTCACCAATGTTCTGTCTCAGCCTCTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123265 CTTGCGGGTA...CAGTTGCAAGTCACCAATGTTCTGTCTCAGCCTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CTCAGGCCACTGTTAAACTAGAACATGCTAAATCTGTTGCTTCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125903 CTCAGGCCACTGTTAAACTAGAACATGCTAAATCTGTTGCTTCCAGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ACTGTCCTCCAGAAGACATCCTTCACCCCTGTAGG         GGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125953 ACTGTCCTCCAGAAGACATCCTTCACCCCTGTAGGGTA...CAGGGATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TTTTGAACTAAATTTCATGAACGTCAAATTTTCCAGTGGTTATTATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129588 TTTTGAACTAAATTTCATGAACGTCAAATTTTCCAGTGGTTATTATGACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TCCTTGTCGAAGTTGAAGGTGACAACCGGTATATTGCAAATACCGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129638 TCCTTGTCGAAGTTGAAGGTGACAACCGGTATATTGCAAATACCGTAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093          CTCAGAGTCAAGATCTCCACTGAAGTTGGCATCACAAATGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129688 GTA...TAGCTCAGAGTCAAGATCTCCACTGAAGTTGGCATCACAAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGATCTTTCCACCGTGGATAAGGATCAGAGCATTGCACCCAAAACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139741 TGATCTTTCCACCGTGGATAAGGATCAGAGCATTGCACCCAAAACTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 G         GGTGACATACCCAGCCAAAGCCAAGGGCACATTCATCGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139791 GGTA...CAGGGTGACATACCCAGCCAAAGCCAAGGGCACATTCATCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GACAGCCACCAGAACTTCGCCTTGTTCTTCCAGCTGGTAGATGTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141550 GACAGCCACCAGAACTTCGCCTTGTTCTTCCAGCTGGTAGATGTGAACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGGTGCTGAACTCACTCCTCACCAG         ACATTTGTCCGACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 141600 TGGTGCTGAACTCACTCCTCACCAGGTC...TAGACATTTGTCCGACTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 ATAACCAGAAGACTGGCCAGGAAGTGGTGTTTGTTGCCGAGCCAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144388 ATAACCAGAAGACTGGCCAGGAAGTGGTGTTTGTTGCCGAGCCAGACAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AAGAACGTGTACAAGTTTGAACTGGATACCTCTGAAAGAAAGATTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144438 AAGAACGTGTACAAGTTTGAACTGGATACCTCTGAAAGAAAGATTGAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGACTCTGCCTCTGGCACCTACACTCTCTACTTAATCATTGGAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144488 TGACTCTGCCTCTGGCACCTACACTCTCTACTTAATCATTGGAGATGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CTTTGAAGAACCCAATCCTCTGGAATGTG         GCTGATGTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 144538 CTTTGAAGAACCCAATCCTCTGGAATGTGGTA...TAGGCTGATGTGGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 ATCAAGTTCCCTGAGGAAGAAGCTCCCTCGACTGTCTTGTCCCAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145807 ATCAAGTTCCCTGAGGAAGAAGCTCCCTCGACTGTCTTGTCCCAGAACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TTTCACTCCAAAACAGGAAATTCAG         CACCTGTTCCGCGAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145857 TTTCACTCCAAAACAGGAAATTCAGGTA...CAGCACCTGTTCCGCGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CTGAGAAGAGGCCCCCCACCGTGGTGTCCAATACATTCACTGCCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148134 CTGAGAAGAGGCCCCCCACCGTGGTGTCCAATACATTCACTGCCCTGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 CTCTCGCCGTTGCTTCTGCTCTTCGCTCTG         TGGATCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 148184 CTCTCGCCGTTGCTTCTGCTCTTCGCTCTGGTG...CAGTGGATCCGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 TGGTGCCAATGTCTCCAACTTCACTTTTGCTCCTAGCACGATTATATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149853 TGGTGCCAATGTCTCCAACTTCACTTTTGCTCCTAGCACGATTATATTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 ACCTGGGACATGCTG         CTATGCTGGGACTCATGTATGTCTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 149903 ACCTGGGACATGCTGGTA...CAGCTATGCTGGGACTCATGTATGTCTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 TGGACTCAGCTCAACATGTTCCAGACCTTGAAGTACCTGGCCATCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 152428 TGGACTCAGCTCAACATGTTCCAGACCTTGAAGTACCTGGCCATCCTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CAGTGTGACGTTTCTGGCTGGCAATCGGATGCTGGCCCAGCAGGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152478 CAGTGTGACGTTTCTGGCTGGCAATCGGATGCTGGCCCAGCAGGCAGTCA

   2000     .    :
   1880 AGAG AACAG
        ||||- |-||
 152528 AGAGGTA AG