seq1 = pF1KE2426.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KE2426/gi568815594f_158580466.tfa (gi568815594f:158580466_158808524), 228059 bp

>pF1KE2426 1851
>gi568815594f:158580466_158808524 (Chr4)

1-34  (91992-92025)   100% ->
35-175  (100002-100142)   99% ->
176-405  (101730-101959)   100% ->
406-487  (104127-104208)   100% ->
488-606  (104636-104754)   100% ->
607-684  (109883-109960)   100% ->
685-831  (115032-115178)   100% ->
832-972  (117094-117234)   100% ->
973-1116  (118522-118665)   100% ->
1117-1285  (122958-123126)   100% ->
1286-1468  (125724-125906)   100% ->
1469-1690  (126164-126385)   100% ->
1691-1851  (127899-128059)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGTGCCGCTAGCCAAGCTGTCCTGCCTGG         CATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  91992 ATGCTGGTGCCGCTAGCCAAGCTGTCCTGCCTGGGTG...CAGCATATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTGCTTTCATGCCTTAAAAATTAAGAAAAATTATCTACCTCTATGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GTGCTTTCATGCCTTAAAAATTAAGAAAAATTATCTACCTCTATGTGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGATGGTCTTCAACTTCTACTGTGCCTCGAATTACTACCCATTATACT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CAAGATGGTCTTCAACTTCTACTGTGCCTCGAATTACTACCCATTATACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTATCCCCGGGATAAGGACAAGAGATGGGAAG         GAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100109 ATTTATCCCCGGGATAAGGACAAGAGATGGGAAGGTA...CAGGAGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATGGAAAGGTTTGCAGAAGAAGCAGATGTTGTAATAGTTGGTGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101737 CATGGAAAGGTTTGCAGAAGAAGCAGATGTTGTAATAGTTGGTGCAGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCAGGGCTCTCTGCAGCTGTTCGTCTAAAACAGTTGGCTGTGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 CTGCAGGGCTCTCTGCAGCTGTTCGTCTAAAACAGTTGGCTGTGGCACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAGGACATCCGTGTGTGTCTAGTGGAGAAAGCTGCCCAGATAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 GAAAAGGACATCCGTGTGTGTCTAGTGGAGAAAGCTGCCCAGATAGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCATACTCTCTCAGGGGCTTGCCTTGATCCAGGTGCTTTTAAAGAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 TCATACTCTCTCAGGGGCTTGCCTTGATCCAGGTGCTTTTAAAGAACTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCAGACTGGAAAGAGAAGGGG         GCTCCACTTAACACTCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101937 TCCCAGACTGGAAAGAGAAGGGGGTA...TAGGCTCCACTTAACACTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTAACAGAAGACAGATTTGGAATTTTAACAGAGAAATACAGAATTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 GTAACAGAAGACAGATTTGGAATTTTAACAGAGAAATACAGAATTCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCAATTCTTCCAG         GGCTTCCAATGAATAATCATGGCAATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104195 GCCAATTCTTCCAGGTA...TAGGGCTTCCAATGAATAATCATGGCAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATTGTACGCTTGGGACATTTAGTGAGCTGGATGGGCGAACAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 ACATTGTACGCTTGGGACATTTAGTGAGCTGGATGGGCGAACAAGCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCTTGGTGTTGAAGTATACCCTGGTTATGCAGCTGCTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104713 GCCCTTGGTGTTGAAGTATACCCTGGTTATGCAGCTGCTGAGGTT...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GTCCTTTTTCATGATGATGGTAGTGTAAAAGGAATTGCCACTAACGATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109882 GGTCCTTTTTCATGATGATGGTAGTGTAAAAGGAATTGCCACTAACGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGGGATACAAAAGGATGGTGCACCAAAG         GCAACATTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109932 TAGGGATACAAAAGGATGGTGCACCAAAGGTA...CAGGCAACATTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGAGGACTGGAACTACATGCTAAAGTCACAATTTTTGCAGAAGGTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115044 AGAGGACTGGAACTACATGCTAAAGTCACAATTTTTGCAGAAGGTTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGACATCTAGCCAAGCAACTATATAAGAAGTTTGATTTGAGAGCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115094 TGGACATCTAGCCAAGCAACTATATAAGAAGTTTGATTTGAGAGCAAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGAACCTCAAACCTACGGGATTGGACTGAAGGAG         TTATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115144 GTGAACCTCAAACCTACGGGATTGGACTGAAGGAGGTA...TAGTTATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTATTGATGAAAAGAACTGGAAACCTGGGAGAGTAGATCACACTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117100 GTTATTGATGAAAAGAACTGGAAACCTGGGAGAGTAGATCACACTGTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTGGCCCTTGGACAGACATACCTATGGAGGATCTTTCCTCTATCATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117150 TTGGCCCTTGGACAGACATACCTATGGAGGATCTTTCCTCTATCATTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGAAGGTGAACCCCTAGTAGCTCTTGGTCTTGTG         GTTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117200 ATGAAGGTGAACCCCTAGTAGCTCTTGGTCTTGTGGTA...AAGGTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTAGACTATCAGAATCCATACCTGAGTCCATTTAGAGAGTTCCAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118528 CTAGACTATCAGAATCCATACCTGAGTCCATTTAGAGAGTTCCAAAGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAACACCATCCTAGCATTCGGCCAACCTTGGAAGGTGGAAAAAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118578 GAAACACCATCCTAGCATTCGGCCAACCTTGGAAGGTGGAAAAAGGATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATACGGAGCCAGAGCTCTCAATGAAGGTGGCTTTCAG         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118628 CATACGGAGCCAGAGCTCTCAATGAAGGTGGCTTTCAGGTA...CAGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATACCAAAACTCACCTTTCCTGGTGGTTTACTAATTGGTTGTAGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122961 ATACCAAAACTCACCTTTCCTGGTGGTTTACTAATTGGTTGTAGTCCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTTTATGAATGTTCCCAAGATCAAAGGTACTCACACAGCAATGAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123011 TTTTATGAATGTTCCCAAGATCAAAGGTACTCACACAGCAATGAAAAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAATTTTAGCAGCAGAATCTATTTTTAATCAACTAACTAGTGAAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123061 GAATTTTAGCAGCAGAATCTATTTTTAATCAACTAACTAGTGAAAATCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAATCAAAGACAATAG         GACTCCATGTAACTGAATATGAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 123111 CAATCAAAGACAATAGGTA...AAGGACTCCATGTAACTGAATATGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAATTTGAAGAACTCATGGGTATGGAAAGAGCTATATTCTGTTAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125749 CAATTTGAAGAACTCATGGGTATGGAAAGAGCTATATTCTGTTAGAAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAAGACCGTCCTGCCACGGAGTACTGGGTGTATATGGAGGGATGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125799 TAAGACCGTCCTGCCACGGAGTACTGGGTGTATATGGAGGGATGATTTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACTGGAATCTTTTACTGGATATTGAGAGGAATGGAGCCGTGGACTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125849 ACTGGAATCTTTTACTGGATATTGAGAGGAATGGAGCCGTGGACTCTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ACATAAAG         GTTCTGACTTTGAACGGCTCAAGCCAGCCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125899 ACATAAAGGTA...AAGGTTCTGACTTTGAACGGCTCAAGCCAGCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATTGCACACCTATTGAGTATCCAAAACCCGATGGACAGATCAGTTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126197 ATTGCACACCTATTGAGTATCCAAAACCCGATGGACAGATCAGTTTTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTCTTGTCATCTGTGGCTCTGAGTGGTACTAATCATGAACATGACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126247 CTCTTGTCATCTGTGGCTCTGAGTGGTACTAATCATGAACATGACCAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGCACACTTAACCTTAAGGGATGACAGTATACCTGTAAATAGAAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126297 GGCACACTTAACCTTAAGGGATGACAGTATACCTGTAAATAGAAATCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CGATATATGATGGGCCCGAGCAGCGATTCTGTCCTGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126347 CGATATATGATGGGCCCGAGCAGCGATTCTGTCCTGCAGGTA...CAGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTTTATGAATTTGTACCTGTGGAACAAGGTGATGGATTTCGGTTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127901 GTTTATGAATTTGTACCTGTGGAACAAGGTGATGGATTTCGGTTACAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAATGCTCAGAACTGTGTACATTGTAAAACATGTGATATTAAAGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127951 AAATGCTCAGAACTGTGTACATTGTAAAACATGTGATATTAAAGATCCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTCAGAATATTAACTGGGTGGTACCTGAAGGTGGAGGAGGACCTGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128001 GTCAGAATATTAACTGGGTGGTACCTGAAGGTGGAGGAGGACCTGCTTAC

   1950     .
   1843 AATGGAATG
        |||||||||
 128051 AATGGAATG