seq1 = pF1KE2425.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE2425/gi568815587f_66743456.tfa (gi568815587f:66743456_66946092), 202637 bp

>pF1KE2425 987
>gi568815587f:66743456_66946092 (Chr11)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-288  (100304-100406)   100% ->
289-372  (100501-100584)   100% ->
373-451  (100831-100909)   100% ->
452-619  (101414-101581)   100% ->
620-691  (101711-101782)   100% ->
692-754  (102045-102107)   100% ->
755-987  (102405-102637)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCTGGGCGGGGATGGGCTGCGACTGCTGTCGGTGTCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCTGGGCGGGGATGGGCTGCGACTGCTGTCGGTGTCGCGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCGGCCGCCCGAGTCGGCGGCGCTGGGCGGCCTGGGCCCCGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCGGCCGCCCGAGTCGGCGGCGCTGGGCGGCCTGGGCCCCGGGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGCTGGGTGTCAGTGTTCTCCTGCCTCAGCCTCGCCTGCTCCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTGCTGGGTGTCAGTGTTCTCCTGCCTCAGCCTCGCCTGCTCCTACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGCCTCTACGTCTGGAAGAGCGAACTGCCCAG         GGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 GGCAGCCTCTACGTCTGGAAGAGCGAACTGCCCAGGTG...TAGGGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCGCGGTCATCAAGCGACGCTTCACCAGCGTCCTGGTGGTGTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100310 TCCCGCGGTCATCAAGCGACGCTTCACCAGCGTCCTGGTGGTGTCCAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCACCCCTGTGCGTGCTGCTCTGGAGGGAACTCACAGGCATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100360 TCTCACCCCTGTGCGTGCTGCTCTGGAGGGAACTCACAGGCATCCAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       CCAGGCACATCCCTGCTCACCCTGATGGGCTTCAGGCTGGAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100410 ...CAGCCAGGCACATCCCTGCTCACCCTGATGGGCTTCAGGCTGGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTTTCCCAGCGGCGCTGCTGCCCCTGTTGCTGACCATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100545 CATTTTCCCAGCGGCGCTGCTGCCCCTGTTGCTGACCATGGTG...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTTTTCCTGGGCCCACTGATGCAGCTCTCTATGGATTGCCCTTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100832 TTCTTTTCCTGGGCCCACTGATGCAGCTCTCTATGGATTGCCCTTGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCAGATGGGCTGAAGGTTGTCCTGG         CCCCCCGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100882 CTGGCAGATGGGCTGAAGGTTGTCCTGGGTG...CAGCCCCCCGCTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCCGCTGCCTCACAGACATGCGTTGGCTGCGGAACCAAGTGATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 GGCCCGCTGCCTCACAGACATGCGTTGGCTGCGGAACCAAGTGATCGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCTGACAGAGGAGCTGGTGTTCCGGGCCTGTATGCTGCCCATGTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 CGCTGACAGAGGAGCTGGTGTTCCGGGCCTGTATGCTGCCCATGTTAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGTGCATGGGCCTGGGCCCTGCTGTGTTCACCTGCCCGCTCTTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 CCGTGCATGGGCCTGGGCCCTGCTGTGTTCACCTGCCCGCTCTTTTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTTG         CCCATTTTCACCATATTATTGAGCAGCTGCGTTTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 AGTTGGTG...CAGCCCATTTTCACCATATTATTGAGCAGCTGCGTTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCAGAGCAGCGTGGGGAACATCTTCTTGTCTGCTG         CGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101747 GCCAGAGCAGCGTGGGGAACATCTTCTTGTCTGCTGGTG...CAGCGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTTCTCCTACACAGCTGTCTTCGGTGCCTACACTGCTTTCCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 CAGTTCTCCTACACAGCTGTCTTCGGTGCCTACACTGCTTTCCTCTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGCACAG         GACACCTGATTGGGCCGGTTCTCTGCCATTCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 CCGCACAGGTT...CAGGACACCTGATTGGGCCGGTTCTCTGCCATTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTGCAATTACATGGGTTTCCCAGCTGTTTGCGCGGCCTTGGAGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102438 TCTGCAATTACATGGGTTTCCCAGCTGTTTGCGCGGCCTTGGAGCACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAGGCGGCCCCTGCTGGCAGGCTATGCCCTGGGTGTGGGACTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102488 CAGAGGCGGCCCCTGCTGGCAGGCTATGCCCTGGGTGTGGGACTCTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTTCTGCTCCAGCCCCTCACGGACCCCAAGCTCTACGGCAGCCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102538 GCTTCTGCTCCAGCCCCTCACGGACCCCAAGCTCTACGGCAGCCTTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTGTGTGCTTTTGGAGCGGGCAGGGGACTCAGAGGCTCCCCTGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102588 TTTGTGTGCTTTTGGAGCGGGCAGGGGACTCAGAGGCTCCCCTGTGCTCC