seq1 = pF1KE2421.tfa, 7053 bp
seq2 = pF1KE2421/gi568815575r_154737600.tfa (gi568815575r:154737600_154913754), 176155 bp

>pF1KE2421 7053
>gi568815575r:154737600_154913754 (ChrX)

(complement)

5217-5373  (7179-7335)   99% ->
5374-5586  (8732-8944)   100% ->
5587-5815  (9231-9459)   100% ->
5816-5998  (9667-9849)   100% ->
5999-6115  (11588-11704)   100% ->
6116-6187  (12313-12384)   100% ->
6188-6273  (13804-13889)   100% ->
6274-6429  (17523-17678)   100% ->
6430-6574  (50528-50672)   100% ->
6575-6723  (51889-52037)   100% ->
6724-6900  (53147-53323)   100% ->
6901-7053  (76003-76155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5217 CAGGGCTCAGAGTGGCAGTGTCCCTCAGTTCAAGAAAGTTGTTTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7179 CAGGGCTCAGAGTGGCAGTGTCCCTCAGTTCAAGAAAGTTGTTTTCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5267 AATTTACTGATGGCTCCTTTACTCAGCCCTTATACCGTGGAGAACTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7229 AATTTACTGATGGCTCCTTTACTCAGCCCTTATACCGTGGAGAACTAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5317 GAACATTTGGGACTCCTGGGACCATATATAAGAGCAGAAGTTGAAGATAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
   7279 GAACATTTGGGACTCCTGGGGCCATATATAAGAGCAGAAGTTGAAGATAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5367 TATCATG         GTAACTTTCAGAAATCAGGCCTCTCGTCCCTATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
   7329 TATCATGGTG...CAGGTAACTTTCAGAAATCAGGCCTCTCGTCCCTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5408 CCTTCTATTCTAGCCTTATTTCTTATGAGGAAGATCAGAGGCAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8766 CCTTCTATTCTAGCCTTATTTCTTATGAGGAAGATCAGAGGCAAGGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5458 GAACCTAGAAAAAACTTTGTCAAGCCTAATGAAACCAAAACTTACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8816 GAACCTAGAAAAAACTTTGTCAAGCCTAATGAAACCAAAACTTACTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5508 GAAAGTGCAACATCATATGGCACCCACTAAAGATGAGTTTGACTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   8866 GAAAGTGCAACATCATATGGCACCCACTAAAGATGAGTTTGACTGCAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5558 CCTGGGCTTATTTCTCTGATGTTGACCTG         GAAAAAGATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
   8916 CCTGGGCTTATTTCTCTGATGTTGACCTGGTA...TAGGAAAAAGATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5599 CACTCAGGCCTGATTGGACCCCTTCTGGTCTGCCACACTAACACACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9243 CACTCAGGCCTGATTGGACCCCTTCTGGTCTGCCACACTAACACACTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5649 CCCTGCTCATGGGAGACAAGTGACAGTACAGGAATTTGCTCTGTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9293 CCCTGCTCATGGGAGACAAGTGACAGTACAGGAATTTGCTCTGTTTTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5699 CCATCTTTGATGAGACCAAAAGCTGGTACTTCACTGAAAATATGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9343 CCATCTTTGATGAGACCAAAAGCTGGTACTTCACTGAAAATATGGAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5749 AACTGCAGGGCTCCCTGCAATATCCAGATGGAAGATCCCACTTTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9393 AACTGCAGGGCTCCCTGCAATATCCAGATGGAAGATCCCACTTTTAAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5799 GAATTATCGCTTCCATG         CAATCAATGGCTACATAATGGATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
   9443 GAATTATCGCTTCCATGGTA...CAGCAATCAATGGCTACATAATGGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5840 CACTACCTGGCTTAGTAATGGCTCAGGATCAAAGGATTCGATGGTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9691 CACTACCTGGCTTAGTAATGGCTCAGGATCAAAGGATTCGATGGTATCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5890 CTCAGCATGGGCAGCAATGAAAACATCCATTCTATTCATTTCAGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9741 CTCAGCATGGGCAGCAATGAAAACATCCATTCTATTCATTTCAGTGGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5940 TGTGTTCACTGTACGAAAAAAAGAGGAGTATAAAATGGCACTGTACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9791 TGTGTTCACTGTACGAAAAAAAGAGGAGTATAAAATGGCACTGTACAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   5990 TCTATCCAG         GTGTTTTTGAGACAGTGGAAATGTTACCATCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
   9841 TCTATCCAGGTA...AAGGTGTTTTTGAGACAGTGGAAATGTTACCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6031 AAAGCTGGAATTTGGCGGGTGGAATGCCTTATTGGCGAGCATCTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11620 AAAGCTGGAATTTGGCGGGTGGAATGCCTTATTGGCGAGCATCTACATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6081 TGGGATGAGCACACTTTTTCTGGTGTACAGCAATA         AGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  11670 TGGGATGAGCACACTTTTTCTGGTGTACAGCAATAGTG...CAGAGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6122 AGACTCCCCTGGGAATGGCTTCTGGACACATTAGAGATTTTCAGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12319 AGACTCCCCTGGGAATGGCTTCTGGACACATTAGAGATTTTCAGATTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6172 GCTTCAGGACAATATG         GACAGTGGGCCCCAAAGCTGGCCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  12369 GCTTCAGGACAATATGGTA...AAGGACAGTGGGCCCCAAAGCTGGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6213 ACTTCATTATTCCGGATCAATCAATGCCTGGAGCACCAAGGAGCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13829 ACTTCATTATTCCGGATCAATCAATGCCTGGAGCACCAAGGAGCCCTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6263 CTTGGATCAAG         GTGGATCTGTTGGCACCAATGATTATTCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  13879 CTTGGATCAAGGTT...TAGGTGGATCTGTTGGCACCAATGATTATTCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6304 GGCATCAAGACCCAGGGTGCCCGTCAGAAGTTCTCCAGCCTCTACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17553 GGCATCAAGACCCAGGGTGCCCGTCAGAAGTTCTCCAGCCTCTACATCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6354 TCAGTTTATCATCATGTATAGTCTTGATGGGAAGAAGTGGCAGACTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17603 TCAGTTTATCATCATGTATAGTCTTGATGGGAAGAAGTGGCAGACTTATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6404 GAGGAAATTCCACTGGAACCTTAATG         GTCTTCTTTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  17653 GAGGAAATTCCACTGGAACCTTAATGGTA...CAGGTCTTCTTTGGCAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6445 GTGGATTCATCTGGGATAAAACACAATATTTTTAACCCTCCAATTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50543 GTGGATTCATCTGGGATAAAACACAATATTTTTAACCCTCCAATTATTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6495 TCGATACATCCGTTTGCACCCAACTCATTATAGCATTCGCAGCACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50593 TCGATACATCCGTTTGCACCCAACTCATTATAGCATTCGCAGCACTCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6545 GCATGGAGTTGATGGGCTGTGATTTAAATA         GTTGCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  50643 GCATGGAGTTGATGGGCTGTGATTTAAATAGTA...GAGGTTGCAGCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6586 CCATTGGGAATGGAGAGTAAAGCAATATCAGATGCACAGATTACTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51900 CCATTGGGAATGGAGAGTAAAGCAATATCAGATGCACAGATTACTGCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6636 ATCCTACTTTACCAATATGTTTGCCACCTGGTCTCCTTCAAAAGCTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51950 ATCCTACTTTACCAATATGTTTGCCACCTGGTCTCCTTCAAAAGCTCGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6686 TTCACCTCCAAGGGAGGAGTAATGCCTGGAGACCTCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  52000 TTCACCTCCAAGGGAGGAGTAATGCCTGGAGACCTCAGGTA...CAGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6727 AATAATCCAAAAGAGTGGCTGCAAGTGGACTTCCAGAAGACAATGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53150 AATAATCCAAAAGAGTGGCTGCAAGTGGACTTCCAGAAGACAATGAAAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6777 CACAGGAGTAACTACTCAGGGAGTAAAATCTCTGCTTACCAGCATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53200 CACAGGAGTAACTACTCAGGGAGTAAAATCTCTGCTTACCAGCATGTATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6827 TGAAGGAGTTCCTCATCTCCAGCAGTCAAGATGGCCATCAGTGGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53250 TGAAGGAGTTCCTCATCTCCAGCAGTCAAGATGGCCATCAGTGGACTCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6877 TTTTTTCAGAATGGCAAAGTAAAG         GTTTTTCAGGGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  53300 TTTTTTCAGAATGGCAAAGTAAAGGTA...CAGGTTTTTCAGGGAAATCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6918 AGACTCCTTCACACCTGTGGTGAACTCTCTAGACCCACCGTTACTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76020 AGACTCCTTCACACCTGTGGTGAACTCTCTAGACCCACCGTTACTGACTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   6968 GCTACCTTCGAATTCACCCCCAGAGTTGGGTGCACCAGATTGCCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76070 GCTACCTTCGAATTCACCCCCAGAGTTGGGTGCACCAGATTGCCCTGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   7018 ATGGAGGTTCTGGGCTGCGAGGCACAGGACCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76120 ATGGAGGTTCTGGGCTGCGAGGCACAGGACCTCTAC