seq1 = pF1KE2419.tfa, 2070 bp
seq2 = pF1KE2419/gi568815594f_25562501.tfa (gi568815594f:25562501_25776746), 214246 bp

>pF1KE2419 2070
>gi568815594f:25562501_25776746 (Chr4)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-250  (100205-100342)   100% ->
251-379  (101702-101830)   100% ->
380-523  (103628-103771)   100% ->
524-635  (105380-105491)   100% ->
636-831  (107147-107342)   100% ->
832-927  (108238-108333)   100% ->
928-1048  (109101-109221)   100% ->
1049-1216  (110587-110754)   100% ->
1217-1333  (111796-111912)   100% ->
1334-1458  (112005-112129)   100% ->
1459-2070  (113635-114246)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCTGGCCTGAATTGGGAGATGCCCAGCCCAACCCCGATAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCTGGCCTGAATTGGGAGATGCCCAGCCCAACCCCGATAAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCGAAGGGGCCGCAGGTCAGCAGCCCACTGCCCCTGATAAAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCGAAGGGGCCGCAGGTCAGCAGCCCACTGCCCCTGATAAAAGCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCAACAAAA         CAGATAACACTGAGGCACCTGTAACCAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACCAACAAAAGTA...CAGCAGATAACACTGAGGCACCTGTAACCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGAACTTCTGCCGTCCTACTCCACGGCTACACTGATAGATGAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100234 ATTGAACTTCTGCCGTCCTACTCCACGGCTACACTGATAGATGAGCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGGTGGATGACCCCTGGAACCTACCCACTCTTCAGGACTCGGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100284 TGAGGTGGATGACCCCTGGAACCTACCCACTCTTCAGGACTCGGGGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTGGTCAG         AGAGAGACACCAAAGGGAAGATTCTCTGTTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100334 AGTGGTCAGGTA...CAGAGAGAGACACCAAAGGGAAGATTCTCTGTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCAAGGGATTGGGAGATTGATTTTACTTCTCGGATTTCTCTACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101734 TTCCAAGGGATTGGGAGATTGATTTTACTTCTCGGATTTCTCTACTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGTGCTCCCTGGATATTCTTAGTAGCGCCTTCCAGCTGGTTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101784 CGTGTGCTCCCTGGATATTCTTAGTAGCGCCTTCCAGCTGGTTGGAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       GAAAAATGGCAGGACAGTTCTTCAGCAACAGCTCTATTATGTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101834 ...CAGGAAAAATGGCAGGACAGTTCTTCAGCAACAGCTCTATTATGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACCCTTTGTTGGGGCTGGTGATCGGGGTGCTGGTGACCGTCTTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 AACCCTTTGTTGGGGCTGGTGATCGGGGTGCTGGTGACCGTCTTGGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGCTCCAGCACCTCAACGTCCATCGTTGTCAGCATGGTGTCCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103722 GAGCTCCAGCACCTCAACGTCCATCGTTGTCAGCATGGTGTCCTCTTCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          TGCTCACTGTTCGGGCTGCCATCCCCATTATCATGGGGGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 GTG...TAGTGCTCACTGTTCGGGCTGCCATCCCCATTATCATGGGGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACATTGGAACGTCAATCACCAACACTATTGTTGCGCTCATGCAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105421 AACATTGGAACGTCAATCACCAACACTATTGTTGCGCTCATGCAGGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATCGGAGTGAGTTCAGAAG         AGCTTTTGCAGGAGCCACTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105471 AGATCGGAGTGAGTTCAGAAGGTA...TAGAGCTTTTGCAGGAGCCACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCATGACTTCTTCAACTGGCTGTCCGTGTTGGTGCTCTTGCCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107167 TCCATGACTTCTTCAACTGGCTGTCCGTGTTGGTGCTCTTGCCCGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGCCACCCATTACCTCGAGATCATAACCCAGCTTATAGTGGAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107217 GTGGCCACCCATTACCTCGAGATCATAACCCAGCTTATAGTGGAGAGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCACTTCAAGAATGGAGAAGATGCCCCAGATCTTCTGAAAGTCATCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107267 CCACTTCAAGAATGGAGAAGATGCCCCAGATCTTCTGAAAGTCATCACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCCCTTCACAAAGCTCATTGTCCAG         CTGGATAAAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107317 AGCCCTTCACAAAGCTCATTGTCCAGGTA...CAGCTGGATAAAAAAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCAGCCAAATTGCAATGAACGATGAAAAAGCGAAAAACAAGAGTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108253 ATCAGCCAAATTGCAATGAACGATGAAAAAGCGAAAAACAAGAGTCTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAGATTTGGTGCAAAACTTTTACCAACAAG         ACCCAGATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108303 CAAGATTTGGTGCAAAACTTTTACCAACAAGGTA...CAGACCCAGATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGTCACTGTTCCCTCGACTGCTAACTGCACCTCCCCTTCCCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109111 ACGTCACTGTTCCCTCGACTGCTAACTGCACCTCCCCTTCCCTCTGTTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACGGATGGCATCCAAAACTGGACCATGAAGAATGTGACCTACAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109161 ACGGATGGCATCCAAAACTGGACCATGAAGAATGTGACCTACAAGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATCGCCAAAT         GCCAGCATATCTTTGTGAATTTCCACCTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109211 CATCGCCAAATGTG...CAGGCCAGCATATCTTTGTGAATTTCCACCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGGATCTTGCTGTGGGCACCATCTTGCTCATACTCTCCCTGCTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110617 CGGATCTTGCTGTGGGCACCATCTTGCTCATACTCTCCCTGCTGGTCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGTGGTTGCCTGATCATGATTGTCAAGATCCTGGGCTCTGTGCTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110667 TGTGGTTGCCTGATCATGATTGTCAAGATCCTGGGCTCTGTGCTCAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCAGGTCGCCACTGTCATCAAGAAGACCATCAACACTG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110717 GCAGGTCGCCACTGTCATCAAGAAGACCATCAACACTGGTA...CAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCCCTTTCCCTTTGCATGGTTGACTGGCTACCTGGCCATCCTCGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111799 TCCCCTTTCCCTTTGCATGGTTGACTGGCTACCTGGCCATCCTCGTCGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCAGGCATGACCTTCATCGTACAGAGCAGCTCTGTGTTCACGTCGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111849 GCAGGCATGACCTTCATCGTACAGAGCAGCTCTGTGTTCACGTCGGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GACCCCCCTGATTG         GAATCGGCGTGATAACCATTGAGAGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111899 GACCCCCCTGATTGGTG...CAGGAATCGGCGTGATAACCATTGAGAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTTATCCACTCACGCTGGGCTCCAACATCGGCACCACCACCACCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112032 CTTATCCACTCACGCTGGGCTCCAACATCGGCACCACCACCACCGCCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGGCCGCCTTAGCCAGCCCTGGCAATGCATTGAGGAGTTCACTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112082 CTGGCCGCCTTAGCCAGCCCTGGCAATGCATTGAGGAGTTCACTCCAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459        ATCGCCCTGTGCCACTTTTTCTTCAACATCTCCGGCATCTTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112132 C...CAGATCGCCCTGTGCCACTTTTTCTTCAACATCTCCGGCATCTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGTGGTACCCGATCCCGTTCACTCGCCTGCCCATCCGCATGGCCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113678 TGTGGTACCCGATCCCGTTCACTCGCCTGCCCATCCGCATGGCCAAGGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTGGGCAACATCTCTGCCAAGTATCGCTGGTTCGCCGTCTTCTACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113728 CTGGGCAACATCTCTGCCAAGTATCGCTGGTTCGCCGTCTTCTACCTGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CATCTTCTTCTTCCTGATCCCGCTGACGGTGTTTGGCCTCTCGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113778 CATCTTCTTCTTCCTGATCCCGCTGACGGTGTTTGGCCTCTCGCTGGCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GCTGGCGGGTGCTGGTTGGTGTCGGGGTTCCCGTCGTCTTCATCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 GCTGGCGGGTGCTGGTTGGTGTCGGGGTTCCCGTCGTCTTCATCATCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGGTACTGTGCCTCCGACTCCTGCAGTCTCGCTGCCCACGCGTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113878 CTGGTACTGTGCCTCCGACTCCTGCAGTCTCGCTGCCCACGCGTCCTGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAAGAAACTCCAGAACTGGAACTTCCTGCCGCTGTGGATGCGCTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113928 GAAGAAACTCCAGAACTGGAACTTCCTGCCGCTGTGGATGCGCTCGCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGCCCTGGGATGCCGTCGTCTCCAAGTTCACCGGCTGCTTCCAGATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113978 AGCCCTGGGATGCCGTCGTCTCCAAGTTCACCGGCTGCTTCCAGATGCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TGCTGCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTGCCGCGCGTGCTGCTTGCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 114028 TGCTGCTGCTGCTGCCGCGTGTGCTGCCGCGCGTGCTGCTTGCTGTGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTGCCCCAAGTGCTGCCGCTGCAGCAAGTGCTGCGAGGACTTGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114078 CTGCCCCAAGTGCTGCCGCTGCAGCAAGTGCTGCGAGGACTTGGAGGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CGCAGGAGGGGCAGGATGTCCCTGTCAAGGCTCCTGAGACCTTTGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114128 CGCAGGAGGGGCAGGATGTCCCTGTCAAGGCTCCTGAGACCTTTGATAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ATAACCATTAGCAGAGAGGCTCAGGGTGAGGTCCCTGCCTCGGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114178 ATAACCATTAGCAGAGAGGCTCAGGGTGAGGTCCCTGCCTCGGACTCAAA

   2150     .    :    .
   2052 GACCGAATGCACGGCCTTG
        |||||||||||||||||||
 114228 GACCGAATGCACGGCCTTG