seq1 = pF1KE2417.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KE2417/gi568815594f_70493325.tfa (gi568815594f:70493325_70706727), 213403 bp

>pF1KE2417 1341
>gi568815594f:70493325_70706727 (Chr4)

14-84  (100001-100071)   100% ->
85-135  (103675-103725)   100% ->
136-183  (105032-105079)   100% ->
184-294  (106212-106322)   100% ->
295-531  (108094-108330)   100% ->
532-570  (109300-109338)   100% ->
571-609  (109474-109512)   100% ->
610-648  (109648-109686)   100% ->
649-708  (109936-109995)   100% ->
709-753  (110092-110136)   100% ->
754-798  (110553-110597)   100% ->
799-1341  (112861-113403)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGATTCCACTTTTCAAAATGAAGGACCTGATACTGATCCTATGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGATTCCACTTTTCAAAATGAAGGACCTGATACTGATCCTATGCCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 GAAATGAGTTTTGCAGTGCCG         TTCTTTCCTCAGCAATCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 GAAATGAGTTTTGCAGTGCCGGTA...CAGTTCTTTCCTCAGCAATCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 AACACCGGGTATGGCTAGTTTGAGCCTTGAG         ACAATGAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103695 AACACCGGGTATGGCTAGTTTGAGCCTTGAGGTA...TAGACAATGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 AGTTGGGAAGTCTGCAGAGATTAAACACACTTTCTCAG         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105042 AGTTGGGAAGTCTGCAGAGATTAAACACACTTTCTCAGGTA...TAGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187 TCTAGATACGGCTTTGGAAAATCATTTAATTCTTTGTGGATGCACGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106215 TCTAGATACGGCTTTGGAAAATCATTTAATTCTTTGTGGATGCACGGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237 CCTCCCACCACATTCCTCTCTTCCATGGATGAGGCCAAGAGAACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106265 CCTCCCACCACATTCCTCTCTTCCATGGATGAGGCCAAGAGAACATGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 CTCAACAG         TATGAATATTCTTTGCCTGTGCATCCCCCACCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106315 CTCAACAGGTG...CAGTATGAATATTCTTTGCCTGTGCATCCCCCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328 CTCCCATCACAGCCATCCTTGAAGCCTCAACAGCCAGGACTGAAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108127 CTCCCATCACAGCCATCCTTGAAGCCTCAACAGCCAGGACTGAAACCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 TCTCCAGTCTGCTGCTGCAACCACCAACCAGGCCACAGCACTGAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108177 TCTCCAGTCTGCTGCTGCAACCACCAACCAGGCCACAGCACTGAAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 CACTTCAGCCTCCAATTCACCTGGGACATCTGCCCTTGCAGGAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108227 CACTTCAGCCTCCAATTCACCTGGGACATCTGCCCTTGCAGGAAGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 CTGCCTCTGGTTCAGCAGCAGGTGGCACCATCAGATAAGCCACCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108277 CTGCCTCTGGTTCAGCAGCAGGTGGCACCATCAGATAAGCCACCAAAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 TGAG         CTCCCAGGAGTAGATTTTGCTGATCCACAAGGTCCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108327 TGAGGTA...TAGCTCCCAGGAGTAGATTTTGCTGATCCACAAGGTCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 CA         CTCCCAGGAATGGATTTTCCTGATCCACAAGGTCCATCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 CAGTA...TAGCTCCCAGGAATGGATTTTCCTGATCCACAAGGTCCATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610          CTCCCAGGATTGGATTTTGCTGATCCACAAGGTTCAACA  
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109513 GTA...TAGCTCCCAGGATTGGATTTTGCTGATCCACAAGGTTCAACAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649        ATTTTCCAAATAGCCCGTTTGATTTCTCACGGACCAATGCCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109689 A...AAGATTTTCCAAATAGCCCGTTTGATTTCTCACGGACCAATGCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAAATAAACAATCTCCA         CTTTATCCAGGAATGTTGTACGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109979 AAAATAAACAATCTCCAGTA...TAGCTTTATCCAGGAATGTTGTACGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCTTTTGGAGCAAATCAATTG         AATGCCCCTGCCAGACTTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110116 CCTTTTGGAGCAAATCAATTGGTA...CAGAATGCCCCTGCCAGACTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATCATGAGTTCAGAAGAAGTGGCA         GGCGGGAGAGAAGACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110573 CATCATGAGTTCAGAAGAAGTGGCAGTG...CAGGGCGGGAGAGAAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAATGGCCTATGGAGCCATGTTTCCAGGATTTGGAGGCATGAGGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112877 CAATGGCCTATGGAGCCATGTTTCCAGGATTTGGAGGCATGAGGCCCGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGAGGGAATGCCCCACAACCCAGCTATGGGCGGTGACTTCACTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112927 TTTGAGGGAATGCCCCACAACCCAGCTATGGGCGGTGACTTCACTCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATTTGACTCCCCAGTGGCTGCCACCAAAGGCCCTGAGAACGAAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112977 ATTTGACTCCCCAGTGGCTGCCACCAAAGGCCCTGAGAACGAAGAAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGCACAAGGCTCCCCTATGCCGGAGGCCAACCCAGACAATCTAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113027 GTGCACAAGGCTCCCCTATGCCGGAGGCCAACCCAGACAATCTAGAAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCAGCTTTCCTTACAGAGCTAGAACCTGCTCCCCACGCAGGGCTCCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 113077 CCAGCTTTCCTTACAGAGCTAGAACCTGCTCCCCACGCAGGGCTCCTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCTCCCTAAGGATGACATTCCCGGCCTGCCAAGGAGCCCTTCAGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113127 TCTCCCTAAGGATGACATTCCCGGCCTGCCAAGGAGCCCTTCAGGGAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGAAGGGACTCCCCAGCGTCACCCCAGCAGCTGCTGACCCACTGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113177 TGAAGGGACTCCCCAGCGTCACCCCAGCAGCTGCTGACCCACTGATGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCTGAATTAGCTGATGTTTATAGGACCTACGATGCTGACATGACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113227 CCTGAATTAGCTGATGTTTATAGGACCTACGATGCTGACATGACCACATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGTGGATTTCCAGGAAGAAGCAACCATGGATACCACGATGGCCCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113277 CGTGGATTTCCAGGAAGAAGCAACCATGGATACCACGATGGCCCCAAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CTCTGCAAACATCCATGCCAGGAAACAAAGCCCAGGAGCCCGAGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113327 CTCTGCAAACATCCATGCCAGGAAACAAAGCCCAGGAGCCCGAGATGATG

   1400     .    :    .    :    .
   1315 CATGACGCATGGCATTTCCAAGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 113377 CATGACGCATGGCATTTCCAAGAGCCC