seq1 = pF1KE2409.tfa, 663 bp
seq2 = pF1KE2409/gi568815593f_142008975.tfa (gi568815593f:142008975_142244671), 235697 bp

>pF1KE2409 663
>gi568815593f:142008975_142244671 (Chr5)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-151  (122834-122921)   100% ->
152-282  (123238-123368)   100% ->
283-370  (126756-126843)   100% ->
371-495  (128760-128884)   100% ->
496-562  (131589-131655)   100% ->
563-663  (135597-135697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTGGCGTTGGCGGCGCTGGCGGCGGTCGAGCCGGCCTGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTGGCGTTGGCGGCGCTGGCGGCGGTCGAGCCGGCCTGCGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGTACCAGCAG         TTGCAGAATGAAGAAGAGTCTGGAGAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGTACCAGCAGGTA...TAGTTGCAGAATGAAGAAGAGTCTGGAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAACAGGCTGCAGGTGATGCTCCTCCACCTTACAGCAGCATTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122862 CTGAACAGGCTGCAGGTGATGCTCCTCCACCTTACAGCAGCATTTCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAGCGCAG         CATATTTTGACTACAAGGATGAGTCTGGGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122912 GAGAGCGCAGGTA...CAGCATATTTTGACTACAAGGATGAGTCTGGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCAAAGCCCCCATCTTACAATGTAGCTACAACACTGCCCAGTTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123269 TCCAAAGCCCCCATCTTACAATGTAGCTACAACACTGCCCAGTTATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCGGAGAGGACCAAGGCTGAAGCTACTATCCCTTTGGTTCCTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123319 AAGCGGAGAGGACCAAGGCTGAAGCTACTATCCCTTTGGTTCCTGGGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GATGAGGATTTTGTGGGTCGGGATGATTTTGATGATGCTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123369 GTG...TAGGATGAGGATTTTGTGGGTCGGGATGATTTTGATGATGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGCTGAGGATAGGAAATGATGGGATTTTCATGTTAACTTTTTTCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126797 CCAGCTGAGGATAGGAAATGATGGGATTTTCATGTTAACTTTTTTCAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       TGGCATTCCTCTTTAACTGGATTGGGTTTTTCCTGTCTTTTTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126847 ...CAGTGGCATTCCTCTTTAACTGGATTGGGTTTTTCCTGTCTTTTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGACCACTTCAGCTGCAGGAAGGTATGGGGCCATTTCAGGATTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128804 CTGACCACTTCAGCTGCAGGAAGGTATGGGGCCATTTCAGGATTTGGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCTCTAATTAAATGGATCCTGATTGTCAGG         TTTTCCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128854 CTCTCTAATTAAATGGATCCTGATTGTCAGGGTA...TAGTTTTCCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTTCCCTGGATATTTTGATGGTCAGTACTGGCTCTGGTGGGTGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131599 ATTTCCCTGGATATTTTGATGGTCAGTACTGGCTCTGGTGGGTGTTCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTTTAG         GCTTTCTCCTGTTTCTCAGAGGATTTATCAATTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131649 GTTTTAGGTA...TAGGCTTTCTCCTGTTTCTCAGAGGATTTATCAATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCAAAAGTTCGGAAGATGCCAGAAACTTTCTCAAATCTCCCCAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135631 TGCAAAAGTTCGGAAGATGCCAGAAACTTTCTCAAATCTCCCCAGGACCA

    700     .    :    .
    647 GAGTTCTCTTTATTTAT
        |||||||||||||||||
 135681 GAGTTCTCTTTATTTAT