seq1 = pF1KE2405.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE2405/gi568815587f_122738547.tfa (gi568815587f:122738547_122971396), 232850 bp

>pF1KE2405 1179
>gi568815587f:122738547_122971396 (Chr11)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-193  (111522-111668)   100% ->
194-346  (113147-113299)   100% ->
347-490  (115397-115540)   100% ->
491-652  (117149-117310)   100% ->
653-733  (123918-123998)   100% ->
734-817  (126090-126173)   100% ->
818-964  (128863-129009)   100% ->
965-1051  (129467-129553)   100% ->
1052-1179  (132723-132850)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTGGAGAGTTCTCAGCTTGCTGGCATGGTTCCCCTTGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGTGGTGGAGAGTTCTCAGCTTGCTGGCATGGTTCCCCTTGCAAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      AGGCCTCTCTGACTAACCACACAGAAACCATCACCGTGGAGGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGAGGCCTCTCTGACTAACCACACAGAAACCATCACCGTGGAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGACGCTCACTCTAAAGTGTGTCACTTCTCTGAGGAAGAACTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111567 GCCAGACGCTCACTCTAAAGTGTGTCACTTCTCTGAGGAAGAACTCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCAGTGGCTGACCCCCTCAGGGTTCACCATTTTTTTAAATGAGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111617 CTCCAGTGGCTGACCCCCTCAGGGTTCACCATTTTTTTAAATGAGTATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TG         CTTTAAAAAATTCCAAATACCAGCTTCTTCATCACTCGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111667 TGGTA...CAGCTTTAAAAAATTCCAAATACCAGCTTCTTCATCACTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAATCAGCTCTCCATCACTGTGCCTAACGTAACCCTGCAAGATGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113186 CCAATCAGCTCTCCATCACTGTGCCTAACGTAACCCTGCAAGATGAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTACAAGTGCTTACATTACAGCGACTCTGTAAGCACAAAGGAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113236 GTGTACAAGTGCTTACATTACAGCGACTCTGTAAGCACAAAGGAAGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGATTGTGCTGG         CAACTCCTTTCAAGCCAATCCTGGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113286 AGTGATTGTGCTGGGTA...TAGCAACTCCTTTCAAGCCAATCCTGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTCAGTTATCAGAAAGCAAAATGGAGAAGAACATGTTGTACTCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115424 CTTCAGTTATCAGAAAGCAAAATGGAGAAGAACATGTTGTACTCATGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCACCATGAGAAGCAAGCCCCCTCCGCAGATAACCTGGCTACTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115474 TCCACCATGAGAAGCAAGCCCCCTCCGCAGATAACCTGGCTACTTGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGCATGGAAGTGTCCG         GTGGAACGCTCCATGAATTTGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115524 TAGCATGGAAGTGTCCGGTA...TAGGTGGAACGCTCCATGAATTTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGATGGGAAGAAATGTAATACTACCAGCACTCTCATAATCCACACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117173 CTGATGGGAAGAAATGTAATACTACCAGCACTCTCATAATCCACACTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCAAAAATTCAACGGTGGACTGCATTATCCGACACAGAGGCCTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117223 GGCAAAAATTCAACGGTGGACTGCATTATCCGACACAGAGGCCTGCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGAAAACTAGTAGCACCCTTCCGGTTTGAAGATTTGG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117273 GAGAAAACTAGTAGCACCCTTCCGGTTTGAAGATTTGGGTA...TAGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGATGAAGAGACAGCTTCAGATGCTCTGGAGAGAAACTCTCTATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123921 CTGATGAAGAGACAGCTTCAGATGCTCTGGAGAGAAACTCTCTATCCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGACCCACAGCAGCCCACCAGTACTG         TCTCAGTAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123971 CAAGACCCACAGCAGCCCACCAGTACTGGTA...TAGTCTCAGTAACGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGATTCTAGTACATCGGAGATTGACAAGGAAGAGAAAGAACAAACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126103 AGATTCTAGTACATCGGAGATTGACAAGGAAGAGAAAGAACAAACCACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGATCCTGACTTGACCACCG         AAGCAAATCCTCAGTATTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126153 AAGATCCTGACTTGACCACCGGTA...TAGAAGCAAATCCTCAGTATTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGACTGGCAAGAAAGAAAAGTGGCATCCTGCTGCTCACGCTGGTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128883 GGACTGGCAAGAAAGAAAAGTGGCATCCTGCTGCTCACGCTGGTGTCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTCATTTTCATACTCTTCATCATAGTCCAGCTCTTCATCATGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128933 CCTCATTTTCATACTCTTCATCATAGTCCAGCTCTTCATCATGAAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGAAAGCACATGTGATATGGAAGAAAG         AAAACGAAGTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128983 GGAAAGCACATGTGATATGGAAGAAAGGTC...TAGAAAACGAAGTTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAACACACACTAGAAAGTTACAGATCAAGGTCAAATAATGAAGAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129481 GAACACACACTAGAAAGTTACAGATCAAGGTCAAATAATGAAGAAACATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATCTGAAGAGAAAAATGGCCAAT         CTTCCCACCCTATGCGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129531 ATCTGAAGAGAAAAATGGCCAATGTA...CAGCTTCCCACCCTATGCGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCATGAACTACATCACAAAGTTGTACTCAGAAGCAAAAACAAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132741 GCATGAACTACATCACAAAGTTGTACTCAGAAGCAAAAACAAAGAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAAATGTACAACATTCAAAATTAGAAGAAAAGCACATCCAAGTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132791 GAAAATGTACAACATTCAAAATTAGAAGAAAAGCACATCCAAGTACCAGA

   1250     .    :
   1170 GAGTATTGTG
        ||||||||||
 132841 GAGTATTGTG