seq1 = pF1KE2404.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE2404/gi568815596f_6777801.tfa (gi568815596f:6777801_6995939), 218139 bp

>pF1KE2404 1083
>gi568815596f:6777801_6995939 (Chr2)

1-346  (100001-100346)   99% ->
347-508  (105571-105732)   100% ->
509-738  (109135-109364)   100% ->
739-888  (112376-112525)   100% ->
889-921  (115871-115903)   100% ->
922-1083  (117978-118139)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGTGCTTACACCTGCTGCTTTTGCTGGGAAGCTCTTGAGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGTGCTTACACCTGCTGCTTTTGCTGGGAAGCTCTTGAGTGTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCAACCTCTGAGCTCTCTGTGGAGGAGCCTGGTCCCGCTGTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGCAACCTCTGAGCTCTCTGTGGAGGAGCCTGGTCCCGCTGTTCTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGAGGGCAACCTTCTGGCTGCGAGCTACCAAGAGGAGAAAGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGAGGGCAACCTTCTGGCTGCTAGCTACCAAGAGGAGAAAGCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTCCTGAGAGGGCCAGATGAGACCAAAGAGGAGGAAGAGGACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTCCTGAGAGGGCCAGATGAGACCAAAGAGGAGGAAGAGGACCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGCCCACCACCCCAACCAGCGTCAACTATCACTTCACTCGCCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGCCCACCACCCCAACCAGCGTCAACTATCACTTCACTCGCCAGTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTACAAATGCGGCTTCTGTTTCCACACAGCCAAAACATCCTTTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTACAAATGCGGCTTCTGTTTCCACACAGCCAAAACATCCTTTGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCTTGAGGAAGCAAAGAGAGGATTGCTTTTGCTTAAGGAAGCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100301 CCCCTTGAGGAAGCAAAGAGAGGATTGCTTTTGCTTAAGGAAGCTGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347      GTATGGAGAAGATCAACTTTTCAGGTGGAGAGCCATTTCTTCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ..CAGGTATGGAGAAGATCAACTTTTCAGGTGGAGAGCCATTTCTTCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCGGGGAGAATACCTGGGCAAGTTGGTGAGGTTCTGCAAAGTAGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 ACCGGGGAGAATACCTGGGCAAGTTGGTGAGGTTCTGCAAAGTAGAGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGGCTGCCCAGCGTGAGCATCGTGAGCAATGGAAGCCTGATCCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 CGGCTGCCCAGCGTGAGCATCGTGAGCAATGGAAGCCTGATCCGGGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTGGTTCCAGAATTATG         GTGAGTATTTGGACATTCTCGCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105716 GTGGTTCCAGAATTATGGTG...CAGGTGAGTATTTGGACATTCTCGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTCCTGTGACAGCTTTGACGAGGAAGTCAATGTCCTTATTGGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109159 TCTCCTGTGACAGCTTTGACGAGGAAGTCAATGTCCTTATTGGCCGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAAGGAAAGAAGAACCATGTGGAAAACCTTCAAAAGCTGAGGAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109209 CAAGGAAAGAAGAACCATGTGGAAAACCTTCAAAAGCTGAGGAGGTGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAGGGATTATAGAGTCGCTTTCAAGATAAATTCTGTCATTAATCGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109259 TAGGGATTATAGAGTCGCTTTCAAGATAAATTCTGTCATTAATCGTTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACGTGGAAGAGGACATGACGGAACAGATCAAAGCACTAAACCCTGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109309 ACGTGGAAGAGGACATGACGGAACAGATCAAAGCACTAAACCCTGTCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGGAAA         GTGTTCCAGTGCCTCTTAATTGAGGGTGAGAATTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109359 TGGAAAGTA...CAGGTGTTCCAGTGCCTCTTAATTGAGGGTGAGAATTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGAGAAGATGCTCTAAGAGAAGCAGAAAGATTTGTTATTGGTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112411 TGGAGAAGATGCTCTAAGAGAAGCAGAAAGATTTGTTATTGGTGATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AATTTGAAAGATTCTTGGAGCGCCACAAAGAAGTGTCCTGCTTGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112461 AATTTGAAAGATTCTTGGAGCGCCACAAAGAAGTGTCCTGCTTGGTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAATCTAACCAGAAG         ATGAAAGACTCCTACCTTATTCTGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112511 GAATCTAACCAGAAGGTT...CAGATGAAAGACTCCTACCTTATTCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAATAT         ATGCGCTTTCTGAACTGTAGAAAGGGACGGAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115897 TGAATATGTG...TAGATGCGCTTTCTGAACTGTAGAAAGGGACGGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCCTTCCAAGTCCATCCTGGATGTTGGTGTAGAAGAAGCTATAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118012 ACCCTTCCAAGTCCATCCTGGATGTTGGTGTAGAAGAAGCTATAAAATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGTGGATTTGATGAAAAGATGTTTCTGAAGCGAGGAGGAAAATACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118062 AGTGGATTTGATGAAAAGATGTTTCTGAAGCGAGGAGGAAAATACATATG

   1100     .    :    .    :    .
   1056 GAGTAAGGCTGATCTGAAGCTGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 118112 GAGTAAGGCTGATCTGAAGCTGGATTGG