seq1 = pF1KE2403.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE2403/gi568815583f_72039624.tfa (gi568815583f:72039624_72240259), 200636 bp

>pF1KE2403 636
>gi568815583f:72039624_72240259 (Chr15)

1-636  (100001-100636)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCCGTAGTCTTGAGTTACATGGACAGTCTACTGCGGCAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCCGTAGTCTTGAGTTACATGGACAGTCTACTGCGGCAATCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCTCACTATTGGATCCGCCAAGCTGGCTCAATGACCATATTATTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCTCACTATTGGATCCGCCAAGCTGGCTCAATGACCATATTATTGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCGTTTGAGTACTTTGCCAACAGTCAGTTTCATGACTGCTCTGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCGTTTGAGTACTTTGCCAACAGTCAGTTTCATGACTGCTCTGATCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGTTTCATCAGCCCTGAAGTCACCCAGTTCATCAAGTGCACTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGTTTCATCAGCCCTGAAGTCACCCAGTTCATCAAGTGCACTAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCAGCAGAGATTGCCATGTTCCTTGAACCACTGGACCTCCCCAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCAGCAGAGATTGCCATGTTCCTTGAACCACTGGACCTCCCCAACAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGTTGTATTTTTAGCCATCAATGATAACTCCAACCAGGCAGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGTTGTATTTTTAGCCATCAATGATAACTCCAACCAGGCAGCTGGAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCACTGGAGTTTATTGGTCTACCTCCAAGATAAAAATAGCTTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCACTGGAGTTTATTGGTCTACCTCCAAGATAAAAATAGCTTTTTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATGATTCCCATAGCAGGAGCAACTCAGTTCACGCAAAGCAGGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATGATTCCCATAGCAGGAGCAACTCAGTTCACGCAAAGCAGGTAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAAACTGGAGGCTTTCTTAGGCAGAAAAGGAGACAAACTGGCCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAAACTGGAGGCTTTCTTAGGCAGAAAAGGAGACAAACTGGCCTTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGAGAAAGCCCCTGCCCAACAAAACAGCTATGACTGTGGGATGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGAGAAAGCCCCTGCCCAACAAAACAGCTATGACTGTGGGATGTACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATATGTAACACTGAGGCCTTGTGTCAGAACTTCTTTAGGCAACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GATATGTAACACTGAGGCCTTGTGTCAGAACTTCTTTAGGCAACAGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AATCACTGCTGCAGCTACTCACCCCTGCATACATCACAAAGAAGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AATCACTGCTGCAGCTACTCACCCCTGCATACATCACAAAGAAGAGGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .
    601 GAATGGAAAGATCTCATTGCCACACTTGCTAAAAAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100601 GAATGGAAAGATCTCATTACCACACTTGCTAAAAAG