seq1 = pF1KE2401.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KE2401/gi568815594r_104372325.tfa (gi568815594r:104372325_104591802), 219478 bp

>pF1KE2401 1101
>gi568815594r:104372325_104591802 (Chr4)

(complement)

1-1059  (100001-101059)   100% ->
1060-1101  (119437-119478)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACACCAATGTCTGCGTGGAGCCCGGGCCGAGCCCGGAGGCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACACCAATGTCTGCGTGGAGCCCGGGCCGAGCCCGGAGGCCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGCCCAAGGAAAGCCACTTGCCCGAGGGGGCTCTGAACAGCCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGCCCAAGGAAAGCCACTTGCCCGAGGGGGCTCTGAACAGCCTTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTACAACTCGGAAATGGAGCGCTACCGCTCCTTTGCCACCTCCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTACAACTCGGAAATGGAGCGCTACCGCTCCTTTGCCACCTCCTTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGACCAACGGGGGCGCCTTCCCACAGGCGGCCAAGATCGCGCGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGACCAACGGGGGCGCCTTCCCACAGGCGGCCAAGATCGCGCGCATCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCCCATCTTCCCCAGCAGCGCCGCCGCCGCCGCGGCCGCCGCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCCCATCTTCCCCAGCAGCGCCGCCGCCGCCGCGGCCGCCGCGCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGGCATGTCCCCCTGGAACTGCGACAACGCGGCCACCGCCGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGGCATGTCCCCCTGGAACTGCGACAACGCGGCCACCGCCGCCGCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCGCCATGCTCTGGGGCAGCGGCGGGGGCGGGGGCGGCGGCGGGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCGCCATGCTCTGGGGCAGCGGCGGGGGCGGGGGCGGCGGCGGGGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGCGGGGGCGGGGGTGGTGGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGCGGGGGCGGGGGTGGTGGGGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAGGAAATCCTCCTCCGCCGCCGCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAGGAAATCCTCCTCCGCCGCCGCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTCCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGATCCTCCCCGCCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGATCCTCCCCGCCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCAGCATGCACCACCGAAACGACTCCCAGAGGCTGGGGAAAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACCAGCATGCACCACCGAAACGACTCCCAGAGGCTGGGGAAAGCTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCCGCCAGAGCCGTCGTTGCAAATGGCAAATACTAATTTCCTCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCCGCCAGAGCCGTCGTTGCAAATGGCAAATACTAATTTCCTCTCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTATCCCCTGAACACTGCAGACCTTTGGCGGGGGAATGCATGAACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTATCCCCTGAACACTGCAGACCTTTGGCGGGGGAATGCATGAACAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAAATGCGGCGCTGCTGAAGCAGAGATAATGAATCTCCCCGAGCGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAAATGCGGCGCTGCTGAAGCAGAGATAATGAATCTCCCCGAGCGCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGACTTTTTCCGCTATCCCGGCTTTAGGGGGCATCTCATTACCTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGACTTTTTCCGCTATCCCGGCTTTAGGGGGCATCTCATTACCTCCAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCATCGTCATGACAGCCCTTCACTCCCCCGCAGCAGCCTCAGCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCATCGTCATGACAGCCCTTCACTCCCCCGCAGCAGCCTCAGCAGCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACAGACAGTGCGTTTCAAATTGCCAATCTGGCAGACTGCCCGCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACAGACAGTGCGTTTCAAATTGCCAATCTGGCAGACTGCCCGCAGAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCCTCCTCCTCCTCGTCCTCCTCAGGGGGAGCTGGCGGAGCCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTCCTCCTCCTCCTCGTCCTCCTCAGGGGGAGCTGGCGGAGCCAACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCAAGAAGAAGAGGAAAAGGTGTGGGGTCTGCGTGCCCTGCAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCAAGAAGAAGAGGAAAAGGTGTGGGGTCTGCGTGCCCTGCAAGAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCAACTGTGGCGTCTGCAGCAGTTGCAGGAACCGCAAAACGGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCAACTGTGGCGTCTGCAGCAGTTGCAGGAACCGCAAAACGGGACACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGATCTGCAAATTTAGAAAATGTGAAGAGCTAAAGAAAAAACCTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGATCTGCAAATTTAGAAAATGTGAAGAGCTAAAGAAAAAACCTGGCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCACTAGAG         AGAACACCTGTTCCCAGCGCTGAAGCATTCCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCACTAGAGGTC...TAGAGAACACCTGTTCCCAGCGCTGAAGCATTCCG

   1100     .    :
   1092 ATGGTTCTTT
        ||||||||||
 119469 ATGGTTCTTT