seq1 = pF1KE2398.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KE2398/gi568815590f_23429003.tfa (gi568815590f:23429003_23671852), 242850 bp

>pF1KE2398 1014
>gi568815590f:23429003_23671852 (Chr8)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-439  (137106-137334)   99% ->
440-496  (139320-139376)   100% ->
497-1014  (142333-142850)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGCGCAGCGGGAGCGTGGGCAGCCAGGCGGTGGCGCGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGCGCAGCGGGAGCGTGGGCAGCCAGGCGGTGGCGCGGAGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATGGGGACAGCCGAGATGGCGGCGGCGGCAAGGACGCCACCGGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATGGGGACAGCCGAGATGGCGGCGGCGGCAAGGACGCCACCGGGTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACTACGAGAACCTGCCGACTAGCGCCTCCGTGTCCACCCACATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGACTACGAGAACCTGCCGACTAGCGCCTCCGTGTCCACCCACATGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGGAGCGATGGCCGGGATCCTGGAGCACTCGGTCATGTACCCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGGAGCGATGGCCGGGATCCTGGAGCACTCGGTCATGTACCCGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCGGTGAAG         ACACGAATGCAGAGTTTGAGTCCAGATCCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCGGTGAAGGTG...CAGACACGAATGCAGAGTTTGAGTCCAGATCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCCCAGTACACAAGTATCTACGGAGCCCTCAAGAAAATCATGCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137137 AAGCCCAGTACACAAGTATCTACGGAGCCCTCAAGAAAATCATGCGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGCTTCTGGAGGCCCTTGCGAGGCGTCAACGTCATGATCATGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137187 GAAGGCTTCTGGAGGCCCTTGCGAGGCGTCAACGTCATGATCATGGGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGGCCAGCCCATGCCATGTATTTTGCCTGCTATGAAAACATGAAAAGGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137237 AGGGCCGGCCCATGCCATGTATTTTGCCTGCTATGAAAACATGAAAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTAAATGACGTTTTCCACCACCAAGGAAACAGCCACCTAGCCAACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 137287 CTTTAAATGACGTTTTCCACCACCAAGGAAACAGCCACCTAGCCAACGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440        GGATAGCTGGGAGTATGGCCACCCTGCTCCACGATGCGGTAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137337 A...CAGGGATAGCTGGGAGTATGGCCACCCTGCTCCACGATGCGGTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAATCCAGCAGAAG         TGGTGAAGCAGCGCTTGCAGATGTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 139363 GAATCCAGCAGAAGGTA...CAGTGGTGAAGCAGCGCTTGCAGATGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCGCAGCACCGGTCAGCAATCAGCTGCATCCGGACGGTGTGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142360 ACTCGCAGCACCGGTCAGCAATCAGCTGCATCCGGACGGTGTGGAGGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGGGTTGGGGGCCTTCTACCGGAGCTACACCACGCAGCTGACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142410 GAGGGGTTGGGGGCCTTCTACCGGAGCTACACCACGCAGCTGACCATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATCCCCTTCCAGTCCATCCACTTCATCACCTATGAGTTCCTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142460 CATCCCCTTCCAGTCCATCCACTTCATCACCTATGAGTTCCTGCAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGTCAACCCCCACCGGACCTACAACCCGCAGTCCCACATCATCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142510 AGGTCAACCCCCACCGGACCTACAACCCGCAGTCCCACATCATCTCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGCTGGCCGGGGCCCTCGCCGCGGCCGCCACGACCCCCCTGGACGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142560 GGGCTGGCCGGGGCCCTCGCCGCGGCCGCCACGACCCCCCTGGACGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TAAGACCCTTCTGAACACTCAGGAGAACGTGGCCCTCTCGCTGGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142610 TAAGACCCTTCTGAACACTCAGGAGAACGTGGCCCTCTCGCTGGCCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCAGCGGCCGGCTGTCGGGTATGGCCAATGCCTTCCGGACGGTGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142660 TCAGCGGCCGGCTGTCGGGTATGGCCAATGCCTTCCGGACGGTGTACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTCAACGGCCTGGCCGGCTACTTCAAAGGCATCCAGGCGCGTGTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142710 CTCAACGGCCTGGCCGGCTACTTCAAAGGCATCCAGGCGCGTGTCATCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCAGATGCCCTCCACCGCCATTTCTTGGTCTGTCTATGAGTTCTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142760 CCAGATGCCCTCCACCGCCATTTCTTGGTCTGTCTATGAGTTCTTCAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACTTTCTCACCAAGCGCCAGCTGGAAAATCGAGCTCCATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142810 ACTTTCTCACCAAGCGCCAGCTGGAAAATCGAGCTCCATAC