seq1 = pF1KE2394.tfa, 2463 bp
seq2 = pF1KE2394/gi568815596r_135740838.tfa (gi568815596r:135740838_135976365), 235528 bp

>pF1KE2394 2463
>gi568815596r:135740838_135976365 (Chr2)

(complement)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-254  (103523-103669)   100% ->
255-365  (106005-106115)   100% ->
366-615  (107506-107755)   100% ->
616-781  (109638-109803)   100% ->
782-927  (110089-110234)   100% ->
928-1078  (111203-111353)   100% ->
1079-1220  (113618-113759)   100% ->
1221-1362  (116924-117065)   100% ->
1363-1470  (118362-118469)   100% ->
1471-1626  (119483-119638)   100% ->
1627-1755  (123451-123579)   99% ->
1756-1917  (124803-124964)   100% ->
1918-2053  (128178-128313)   100% ->
2054-2209  (129974-130129)   100% ->
2210-2349  (131682-131821)   100% ->
2350-2463  (135415-135528)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTCGCGGCGGCAGCGGAGCCGGGCGCCGGCAGCCAGCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCTCGCGGCGGCAGCGGAGCCGGGCGCCGGCAGCCAGCACCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCGCGACGAGGTGGCCGAGAAGTGCCAGAAACTGTTCCTGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCGCGACGAGGTGGCCGAGAAGTGCCAGAAACTGTTCCTGGACTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGA         GTTTCAGAGCAGCGATGGAGAAATTAAATACTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGGAGTA...CAGGTTTCAGAGCAGCGATGGAGAAATTAAATACTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAATTAGCAGAGGAACTGATTCGTCCTGAGAGAAACACATTGGTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 CAATTAGCAGAGGAACTGATTCGTCCTGAGAGAAACACATTGGTTGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTTGTGGACCTGGAACAATTTAACCAGCAACTTTCCACCACCATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 TTTTGTGGACCTGGAACAATTTAACCAGCAACTTTCCACCACCATTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGTTCTATAG         AGTTTACCCTTACCTGTGTCGGGCCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103657 AGGAGTTCTATAGGTA...CAGAGTTTACCCTTACCTGTGTCGGGCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAACATTCGTCAAAGACCGTAAAGAGATCCCTCTTGCCAAGGATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106033 AAAACATTCGTCAAAGACCGTAAAGAGATCCCTCTTGCCAAGGATTTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTGCATTCCAAGACCTGCCTACCAGACACAA         GATTCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106083 TGTTGCATTCCAAGACCTGCCTACCAGACACAAGTA...CAGGATTCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTCACCTCATCCAGAATTGGTTTGCTCACTCGCATCAGTGGGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107514 AGCTCACCTCATCCAGAATTGGTTTGCTCACTCGCATCAGTGGGCAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCGGACTCACCCAGTTCACCCAGAGCTTGTGAGCGGAACTTTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107564 GTGCGGACTCACCCAGTTCACCCAGAGCTTGTGAGCGGAACTTTTCTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTGGACTGTCAGACAGTGATCAGGGATGTAGAACAGCAGTTCAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107614 CTTGGACTGTCAGACAGTGATCAGGGATGTAGAACAGCAGTTCAAATACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACAGCCAAACATCTGCCGAAATCCAGTTTGTGCCAACAGGAGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 CACAGCCAAACATCTGCCGAAATCCAGTTTGTGCCAACAGGAGGAGATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTACTGGATACAAATAAATCAAGATTTGTTGATTTTCAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107714 TTACTGGATACAAATAAATCAAGATTTGTTGATTTTCAAAAGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616  GTTCGTATTCAAGAGACCCAAGCTGAGCTTCCTCGAGGGAGTATCCCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109637 GGTTCGTATTCAAGAGACCCAAGCTGAGCTTCCTCGAGGGAGTATCCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAGTTTAGAAGTAATTTTAAGGGCTGAAGCTGTGGAATCAGCTCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109687 GCAGTTTAGAAGTAATTTTAAGGGCTGAAGCTGTGGAATCAGCTCAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGTGACAAGTGTGACTTTACAGGGACACTGATTGTTGTGCCTGACGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109737 GGTGACAAGTGTGACTTTACAGGGACACTGATTGTTGTGCCTGACGTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAGCTTAGCACACCAG         GAGCACGTGCAGAAACTAATTCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109787 CAAGCTTAGCACACCAGGTC...CAGGAGCACGTGCAGAAACTAATTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGTCAGTGGTGTTGATGGATATGAGACAGAAGGCATTCGAGGACTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110113 GTGTCAGTGGTGTTGATGGATATGAGACAGAAGGCATTCGAGGACTCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCCTTGGTGTTAGGGACCTTTCTTATAGGCTGGTCTTTCTTGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110163 GCCCTTGGTGTTAGGGACCTTTCTTATAGGCTGGTCTTTCTTGCCTGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTTGCGCCAACCAACCCAAGG         TTTGGGGGGAAAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110213 TGTTGCGCCAACCAACCCAAGGGTC...TAGTTTGGGGGGAAAGAGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGATGAGGAACAGACAGCTGAGAGCATTAAGAACCAAATGACTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111222 GAGATGAGGAACAGACAGCTGAGAGCATTAAGAACCAAATGACTGTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAATGGGAGAAAGTGTTTGAGATGAGTCAAGATAAAAATCTATACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111272 GAATGGGAGAAAGTGTTTGAGATGAGTCAAGATAAAAATCTATACCACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCTTTGTACCAGCCTGTTCCCTACTATACATG         GCAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111322 TCTTTGTACCAGCCTGTTCCCTACTATACATGGTA...CAGGCAATGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGTAAAACGGGGTGTCCTGCTGATGCTCTTTGGTGGCGTTCCAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113627 AAGTAAAACGGGGTGTCCTGCTGATGCTCTTTGGTGGCGTTCCAAAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACAGGAGAAGGGACCTCTCTTCGAGGGGACATAAATGTTTGCATTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113677 ACAGGAGAAGGGACCTCTCTTCGAGGGGACATAAATGTTTGCATTGTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGACCCAAGTACAGCTAAGAGCCAATTTCTCAA         GCACGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113727 TGACCCAAGTACAGCTAAGAGCCAATTTCTCAAGTA...CAGGCACGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGAGTTCAGCCCCAGAGCTGTCTACACCAGTGGTAAAGCGTCCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116932 AGGAGTTCAGCCCCAGAGCTGTCTACACCAGTGGTAAAGCGTCCAGTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGGCTTAACAGCAGCTGTTGTGAGAGATGAAGAATCTCATGAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116982 GCTGGCTTAACAGCAGCTGTTGTGAGAGATGAAGAATCTCATGAGTTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CATTGAGGCTGGAGCTTTGATGTTGGCTGATAAT         GGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117032 CATTGAGGCTGGAGCTTTGATGTTGGCTGATAATGTA...CAGGGTGTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GTTGTATTGATGAATTTGATAAGATGGACGTGCGGGATCAAGTTGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118369 GTTGTATTGATGAATTTGATAAGATGGACGTGCGGGATCAAGTTGCTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CATGAAGCTATGGAACAGCAGACCATATCCATCACTAAAGCAGGAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118419 CATGAAGCTATGGAACAGCAGACCATATCCATCACTAAAGCAGGAGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 G         GCTACTCTGAACGCCCGGACGTCCATTTTGGCAGCAGCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118469 GGTA...CAGGCTACTCTGAACGCCCGGACGTCCATTTTGGCAGCAGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACCCAATCAGTGGACACTATGACAGATCAAAATCATTGAAACAGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119523 ACCCAATCAGTGGACACTATGACAGATCAAAATCATTGAAACAGAATATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AATTTGTCAGCTCCCATCATGTCCCGATTCGATCTCTTCTTTATCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119573 AATTTGTCAGCTCCCATCATGTCCCGATTCGATCTCTTCTTTATCCTTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGATGAATGTAATGAG         GTTACAGATTATGCCATTGCCAGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119623 GGATGAATGTAATGAGGTA...TAGGTTACAGATTATGCCATTGCCAGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GCATAGTAGATTTGCATTCAAGAATTGAGGAATCAATTGATCGTGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123476 GCATAGTAGATTTGCATTCAAGAATTGAGGAATCAATTGATCGTGTCTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCCCTCGATGATATCAGAAGATATCTTCTCTTTGCAAGACAGTTCAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 123526 TCCCTCGATGATATCAGAAGATATCTTCTCTTTGCAAGACAGTTTAAACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CAAG         ATTTCCAAAGAGTCAGAGGACTTCATTGTGGAGCAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123576 CAAGGTA...CAGATTTCCAAAGAGTCAGAGGACTTCATTGTGGAGCAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ATAAACATCTCCGCCAGAGAGATGGTTCTGGAGTGACCAAGTCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 ATAAACATCTCCGCCAGAGAGATGGTTCTGGAGTGACCAAGTCTTCATGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGGATTACAGTGCGACAGCTTGAGAGCATGATTCGTCTCTCTGAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 AGGATTACAGTGCGACAGCTTGAGAGCATGATTCGTCTCTCTGAAGCTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGCTCGGATGCACTGCTGTGATGAG         GTCCAACCTAAACATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124940 GGCTCGGATGCACTGCTGTGATGAGGTA...TAGGTCCAACCTAAACATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGAAGGAAGCTTTCCGGTTACTGAATAAATCAATCATCCGTGTGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128194 TGAAGGAAGCTTTCCGGTTACTGAATAAATCAATCATCCGTGTGGAAACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CCTGATGTCAATCTAGATCAAGAGGAAGAGATCCAGATGGAGGTAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128244 CCTGATGTCAATCTAGATCAAGAGGAAGAGATCCAGATGGAGGTAGATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGGTGCTGGTGGCATCAATG         GTCATGCTGACAGCCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128294 GGGTGCTGGTGGCATCAATGGTG...TAGGTCATGCTGACAGCCCTGCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTGTGAACGGGATCAATGGCTACAATGAAGACATAAATCAAGAGTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129995 CTGTGAACGGGATCAATGGCTACAATGAAGACATAAATCAAGAGTCTGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CCCAAAGCCTCCTTAAGGCTGGGCTTCTCTGAGTACTGCCGAATCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130045 CCCAAAGCCTCCTTAAGGCTGGGCTTCTCTGAGTACTGCCGAATCTCTAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CCTTATTGTGCTTCACCTCAGAAAGGTGGAAGAAG         AAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130095 CCTTATTGTGCTTCACCTCAGAAAGGTGGAAGAAGGTG...CAGAAGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 ACGAGTCAGCATTAAAGAGGAGCGAGCTTGTTAACTGGTACTTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131688 ACGAGTCAGCATTAAAGAGGAGCGAGCTTGTTAACTGGTACTTGAAGGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATCGAATCAGAGATAGACTCTGAAGAAGAACTTATAAATAAAAAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131738 ATCGAATCAGAGATAGACTCTGAAGAAGAACTTATAAATAAAAAAAGAAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CATAGAGAAAGTTATTCATCGACTCACACACTAT         GATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131788 CATAGAGAAAGTTATTCATCGACTCACACACTATGTA...CAGGATCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TTCTAATTGAGCTCACCCAGGCTGGATTGAAAGGCTCCACAGAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135422 TTCTAATTGAGCTCACCCAGGCTGGATTGAAAGGCTCCACAGAGGGAAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GAGAGCTATGAAGAAGATCCCTACTTGGTAGTTAACCCTAACTACTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135472 GAGAGCTATGAAGAAGATCCCTACTTGGTAGTTAACCCTAACTACTTGCT

   2600     .
   2457 CGAAGAT
        |||||||
 135522 CGAAGAT