seq1 = pF1KE2392.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE2392/gi568815596f_232440004.tfa (gi568815596f:232440004_232645713), 205710 bp

>pF1KE2392 1551
>gi568815596f:232440004_232645713 (Chr2)

1-55  (99745-99799)   100% ->
56-195  (99989-100128)   100% ->
196-240  (100378-100422)   100% ->
241-350  (100599-100708)   100% ->
351-506  (101371-101526)   100% ->
507-604  (102420-102517)   100% ->
605-805  (102879-103079)   100% ->
806-920  (103272-103386)   100% ->
921-1035  (103582-103696)   100% ->
1036-1249  (104364-104577)   100% ->
1250-1380  (104769-104899)   100% ->
1381-1551  (105540-105710)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATGGGGGCCAGGGGCCGCTGCTCCTCCTGCTGCTGCTGGCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99745 ATGCATGGGGGCCAGGGGCCGCTGCTCCTCCTGCTGCTGCTGGCTGTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGG         GGGCCCAGGGCCGGAACCAGGAGGAGCGCCTGCTCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99795 CCTGGGTG...CAGGGGCCCAGGGCCGGAACCAGGAGGAGCGCCTGCTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGACCTGATGCAAAACTACGACCCCAACCTGCGGCCCGCGGAACGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 CAGACCTGATGCAAAACTACGACCCCAACCTGCGGCCCGCGGAACGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGGATGTGGTCAATGTCAGCCTGAAGCTAACCCTCACCAACCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 TCGGATGTGGTCAATGTCAGCCTGAAGCTAACCCTCACCAACCTCATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTG         AACGAGCGAGAGGAAGCCCTCACCACCAATGTCTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 CCTGGTA...CAGAACGAGCGAGAGGAAGCCCTCACCACCAATGTCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGAGATG         CAGTGGTGCGACTATCGCCTGCGCTGGGATCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100415 TAGAGATGGTA...CAGCAGTGGTGCGACTATCGCCTGCGCTGGGATCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGAGACTACGAAGGCCTGTGGGTGCTGAGGGTGCCGTCCACCATGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100632 CGAGACTACGAAGGCCTGTGGGTGCTGAGGGTGCCGTCCACCATGGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGGCCGGATATCGTGCTGGAGAACAA         CGTGGACGGTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100682 GCGGCCGGATATCGTGCTGGAGAACAAGTG...CAGCGTGGACGGTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCGAGGTGGCCCTCTACTGCAATGTGCTCGTGTCCCCTGACGGCTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 TCGAGGTGGCCCTCTACTGCAATGTGCTCGTGTCCCCTGACGGCTGTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACTGGCTGCCGCCTGCCATCTTCCGTTCCGCCTGCTCTATCTCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 TACTGGCTGCCGCCTGCCATCTTCCGTTCCGCCTGCTCTATCTCAGTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACTTCCCCTTCGACTGGCAGAACTGCTCCCTTATCTTCCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101485 CTACTTCCCCTTCGACTGGCAGAACTGCTCCCTTATCTTCCAGTG...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    507  GTCCCAGACTTACAGCACCAATGAGATTGATCTGCAGCTGAGTCAGGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 GGTCCCAGACTTACAGCACCAATGAGATTGATCTGCAGCTGAGTCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGGCCAGACCATCGAGTGGATTTTCATTGACCCTGAGGCCTTCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102469 GATGGCCAGACCATCGAGTGGATTTTCATTGACCCTGAGGCCTTCACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         AGAATGGGGAGTGGGCCATCCAGCACCGACCAGCCAAGATGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 TA...CAGAGAATGGGGAGTGGGCCATCCAGCACCGACCAGCCAAGATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCTGGACCCAGCGGCGCCAGCCCAGGAAGCAGGCCACCAGAAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102921 TCCTGGACCCAGCGGCGCCAGCCCAGGAAGCAGGCCACCAGAAGGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCTACCTGCTCATCCAGCGCAAGCCCCTCTTCTACGTCATCAACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102971 TTCTACCTGCTCATCCAGCGCAAGCCCCTCTTCTACGTCATCAACATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGCCCCCTGTGTGCTCATCTCCTCTGTCGCCATCCTCATCCACTTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103021 CGCCCCCTGTGTGCTCATCTCCTCTGTCGCCATCCTCATCCACTTCCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGCCAAGG         CTGGGGGCCAGAAGTGTACCGTCGCCATCAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103071 CTGCCAAGGGTA...TAGCTGGGGGCCAGAAGTGTACCGTCGCCATCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGCTCCTGGCCCAGACTGTCTTCCTCTTCCTTGTGGCCAAGAAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 GTGCTCCTGGCCCAGACTGTCTTCCTCTTCCTTGTGGCCAAGAAGGTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAACCTCCCAGGCGGTGCCACTCATCAGCAA         GTACCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103354 TGAAACCTCCCAGGCGGTGCCACTCATCAGCAAGTA...CAGGTACCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCTTCCTCCTGGTGGTGACCATCCTCATTGTCGTGAATGCTGTGGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103590 CCTTCCTCCTGGTGGTGACCATCCTCATTGTCGTGAATGCTGTGGTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCAATGTCTCCTTGCGGTCTCCACACACACACTCCATGGCCCGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103640 CTCAATGTCTCCTTGCGGTCTCCACACACACACTCCATGGCCCGAGGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCGCAAG         GTGTTCCTGAGGCTCTTGCCCCAGCTGCTGAGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103690 CCGCAAGGCA...TAGGTGTTCCTGAGGCTCTTGCCCCAGCTGCTGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGCACGTTCGCCCGCTGGCCCCGGCAGCTGTGCAGGACACCCAGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 TGCACGTTCGCCCGCTGGCCCCGGCAGCTGTGCAGGACACCCAGTCCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTACAGAATGGCTCCTCGGGATGGTCGATCACAACTGGGGAGGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 CTACAGAATGGCTCCTCGGGATGGTCGATCACAACTGGGGAGGAGGTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTCTGCCTGCCTCGCAGTGAACTCCTCTTCCAGCAGTGGCAGCGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104498 CCTCTGCCTGCCTCGCAGTGAACTCCTCTTCCAGCAGTGGCAGCGGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCTGGTGGCGGCAGCGCTGGAGAAGCTAG         AGAAAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104548 GGCTGGTGGCGGCAGCGCTGGAGAAGCTAGGTG...CAGAGAAAGGCCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGTTAGGGCTGAGCCAGTTCTGTGGCAGCCTGAAGCAGGCTGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104780 GAGTTAGGGCTGAGCCAGTTCTGTGGCAGCCTGAAGCAGGCTGCCCCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATCCAGGCCTGTGTGGAAGCCTGCAACCTCATTGCCTGTGCCCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104830 CATCCAGGCCTGTGTGGAAGCCTGCAACCTCATTGCCTGTGCCCGGCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCAGAGTCACTTTGACAAT         GGGAATGAGGAGTGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104880 AGCAGAGTCACTTTGACAATGTA...CAGGGGAATGAGGAGTGGTTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTGGGCCGAGTGCTGGACCGTGTCTGCTTCCTGGCCATGCTCTCGCTCTT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 105561 GTGGGCCGAGTGCTGGACCGCGTCTGCTTCCTGGCCATGCTCTCGCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATCTGTGGCACAGCTGGCATCTTCCTCATGGCCCACTACAACCGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105611 CATCTGTGGCACAGCTGGCATCTTCCTCATGGCCCACTACAACCGGGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGGCCCTGCCATTCCCTGGAGATCCACGCCCCTACCTGCCCTCACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105661 CGGCCCTGCCATTCCCTGGAGATCCACGCCCCTACCTGCCCTCACCAGAC