seq1 = pF1KE2391.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE2391/gi568815596f_232426216.tfa (gi568815596f:232426216_232635309), 209094 bp

>pF1KE2391 1551
>gi568815596f:232426216_232635309 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-198  (100314-100459)   100% ->
199-243  (101186-101230)   100% ->
244-353  (102047-102156)   100% ->
354-509  (102286-102441)   100% ->
510-619  (102647-102756)   100% ->
620-820  (103724-103924)   100% ->
821-932  (105137-105248)   100% ->
933-1047  (105327-105441)   100% ->
1048-1252  (107716-107920)   100% ->
1253-1371  (108009-108127)   100% ->
1372-1551  (108915-109094)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGGCCAGTGCTGACACTGGGGCTGCTGGCTGCCCTGGCGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGGCCAGTGCTGACACTGGGGCTGCTGGCTGCCCTGGCGGTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TG         GCAGCTGGGGGCTGAACGAGGAGGAGCGGCTGATCCGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTA...CAGGCAGCTGGGGGCTGAACGAGGAGGAGCGGCTGATCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTGTTTCAAGAGAAGGGCTACAACAAGGAGCTCCGGCCCGTGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100353 ACCTGTTTCAAGAGAAGGGCTACAACAAGGAGCTCCGGCCCGTGGCACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGAGGAGAGTGTGGACGTTGCCCTGGCCCTCACACTCTCCAACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100403 AAAGAGGAGAGTGTGGACGTTGCCCTGGCCCTCACACTCTCCAACCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCTG         AAAGAAGTTGAGGAGACCCTCACTACCAATGTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 CTCCCTGGTG...CAGAAAGAAGTTGAGGAGACCCTCACTACCAATGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGATAGAGCAC         GGCTGGACAGACAACCGGCTGAAGTGGAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101220 GGATAGAGCACGTA...CAGGGCTGGACAGACAACCGGCTGAAGTGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGAAGAATTTGGAAACATCAGTGTCCTGCGCCTCCCCCCGGACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102077 GCTGAAGAATTTGGAAACATCAGTGTCCTGCGCCTCCCCCCGGACATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGGCTCCCAGAGATTGTGCTGGAGAACAA         CAATGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102127 GTGGCTCCCAGAGATTGTGCTGGAGAACAAGTT...CAGCAATGACGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTTCCAGATCTCCTACTCCTGCAACGTGCTTGTCTACCACTACGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102297 CCTTCCAGATCTCCTACTCCTGCAACGTGCTTGTCTACCACTACGGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGTACTGGCTGCCACCTGCCATCTTCCGCTCCTCCTGCCCCATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102347 GTGTACTGGCTGCCACCTGCCATCTTCCGCTCCTCCTGCCCCATCTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACCTATTTCCCCTTCGACTGGCAGAACTGCTCCCTCAAGTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102397 CACCTATTTCCCCTTCGACTGGCAGAACTGCTCCCTCAAGTTCAGGTG..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510     TTCCCTCAAGTATACGGCCAAAGAGATCACCCTGAGCCTGAAACAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102447 .CAGTTCCCTCAAGTATACGGCCAAAGAGATCACCCTGAGCCTGAAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGCCAAGGAGAACCGCACCTACCCCGTGGAGTGGATCATCATTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102693 GATGCCAAGGAGAACCGCACCTACCCCGTGGAGTGGATCATCATTGATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAGGCTTCACAG         AGAACGGGGAGTGGGAGATAGTCCACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102743 TGAAGGCTTCACAGGTG...CAGAGAACGGGGAGTGGGAGATAGTCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCCGGCCAGGGTCAACGTGGACCCCAGAGCCCCTCTGGACAGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103751 GGCCGGCCAGGGTCAACGTGGACCCCAGAGCCCCTCTGGACAGCCCCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCCAGGACATCACCTTCTACCTCATCATCCGCCGCAAGCCCCTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 CGCCAGGACATCACCTTCTACCTCATCATCCGCCGCAAGCCCCTCTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCATCAACATCCTGGTGCCCTGCGTGCTCATCTCCTTCATGGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 CATCATCAACATCCTGGTGCCCTGCGTGCTCATCTCCTTCATGGTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCTTCTACCTACCGGCTGACA         GTGGTGAGAAGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103901 TGGTCTTCTACCTACCGGCTGACAGTG...CAGGTGGTGAGAAGACATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGCCATCTCGGTGCTCCTGGCTCAGTCTGTCTTCCTGCTGCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105154 GTGGCCATCTCGGTGCTCCTGGCTCAGTCTGTCTTCCTGCTGCTCATCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGCGTCTGCCTGCCACATCCATGGCCATCCCCCTTATCGGCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105204 CAAGCGTCTGCCTGCCACATCCATGGCCATCCCCCTTATCGGCAAGTG..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933     GTTCCTGCTCTTCGGCATGGTGCTGGTCACCATGGTTGTGGTGATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 .CAGGTTCCTGCTCTTCGGCATGGTGCTGGTCACCATGGTTGTGGTGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGTGTCATCGTGCTCAACATCCACTTCCGAACACCCAGCACCCATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105373 TGTGTCATCGTGCTCAACATCCACTTCCGAACACCCAGCACCCATGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTCTGAGGGGGTCAAGAAG         CTCTTCCTGGAGACCCTGCCGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105423 GTCTGAGGGGGTCAAGAAGGTG...CAGCTCTTCCTGGAGACCCTGCCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTCCTGCACATGTCCCGCCCAGCAGAGGATGGACCCAGCCCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 AGCTCCTGCACATGTCCCGCCCAGCAGAGGATGGACCCAGCCCTGGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGGTGCGGAGGAGCAGCTCCCTGGGATACATCTCCAAGGCCGAGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107788 CTGGTGCGGAGGAGCAGCTCCCTGGGATACATCTCCAAGGCCGAGGAGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTCCTGCTCAAGTCCCGCAGTGACCTCATGTTCGAGAAGCAGTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107838 CTTCCTGCTCAAGTCCCGCAGTGACCTCATGTTCGAGAAGCAGTCAGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCATGGGCTGGCCAGGCGCCTCACCACTGCAC         GCCGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107888 GGCATGGGCTGGCCAGGCGCCTCACCACTGCACGTG...TAGGCCGGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCAGCAAGCTCTGAGCAGGCCCAGCAGGAACTCTTCAATGAGCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108017 CCAGCAAGCTCTGAGCAGGCCCAGCAGGAACTCTTCAATGAGCTGAAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCTGTGGATGGGGCAAACTTCATTGTTAACCACATGAGGGACCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108067 AGCTGTGGATGGGGCAAACTTCATTGTTAACCACATGAGGGACCAGAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATTACAATGAG         GAGAAAGACAGCTGGAACCGAGTGGCCCGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108117 ATTACAATGAGGTA...CAGGAGAAAGACAGCTGGAACCGAGTGGCCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACAGTGGACCGCCTCTGCCTGTTTGTGGTGACGCCTGTCATGGTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108945 ACAGTGGACCGCCTCTGCCTGTTTGTGGTGACGCCTGTCATGGTGGTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CACAGCCTGGATCTTCCTGCAGGGCGTTTACAACCAGCCACCACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108995 CACAGCCTGGATCTTCCTGCAGGGCGTTTACAACCAGCCACCACCCCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTTTTCCTGGGGACCCCTACTCCTACAACGTGCAGGACAAGCGCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 CTTTTCCTGGGGACCCCTACTCCTACAACGTGCAGGACAAGCGCTTCATC