seq1 = pF1KE2386.tfa, 399 bp
seq2 = pF1KE2386/gi568815597r_31265889.tfa (gi568815597r:31265889_31473014), 207126 bp

>pF1KE2386 399
>gi568815597r:31265889_31473014 (Chr1)

(complement)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-246  (103458-103630)   100% ->
247-348  (105521-105622)   100% ->
349-399  (107076-107126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACGCTTTCCTGGGCACCTGGAAGCTAGTGGACAGCAAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACGCTTTCCTGGGCACCTGGAAGCTAGTGGACAGCAAGAATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATGACTACATGAAGTCACTCG         GTGTGGGTTTTGCTACCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CGATGACTACATGAAGTCACTCGGTG...CAGGTGTGGGTTTTGCTACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGGTGGCCAGCATGACCAAGCCTACCACAATCATCGAAAAGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 GGCAGGTGGCCAGCATGACCAAGCCTACCACAATCATCGAAAAGAATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACATTCTCACCCTAAAAACACACAGCACCTTCAAGAACACAGAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 GACATTCTCACCCTAAAAACACACAGCACCTTCAAGAACACAGAGATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTAAGTTGGGGGTGGAGTTCGATGAGACAACAGCAGATGACAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103576 CTTTAAGTTGGGGGTGGAGTTCGATGAGACAACAGCAGATGACAGGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAG         TCCATTGTGACACTGGATGGAGGGAAACTTGTTCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103626 TCAAGGTA...CAGTCCATTGTGACACTGGATGGAGGGAAACTTGTTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCAGAAATGGGACGGGCAAGAGACCACACTTGTGCGGGAGCTAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105557 CTGCAGAAATGGGACGGGCAAGAGACCACACTTGTGCGGGAGCTAATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAAACTCATCCTG         ACACTCACCCACGGCACTGCAGTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105607 TGGAAAACTCATCCTGGTA...CAGACACTCACCCACGGCACTGCAGTTT

    400     .    :    .    :    .
    374 GCACTCGCACTTATGAGAAAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||
 107101 GCACTCGCACTTATGAGAAAGAGGCA