seq1 = pF1KE2385.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KE2385/gi568815583f_43727033.tfa (gi568815583f:43727033_43966389), 239357 bp

>pF1KE2385 1878
>gi568815583f:43727033_43966389 (Chr15)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-462  (100933-101334)   99% ->
463-552  (108029-108118)   100% ->
553-608  (109129-109184)   100% ->
609-732  (112573-112696)   100% ->
733-834  (115383-115484)   100% ->
835-878  (115596-115639)   100% ->
879-1032  (116869-117022)   100% ->
1033-1191  (124055-124213)   100% ->
1192-1409  (129914-130131)   100% ->
1410-1562  (131639-131791)   100% ->
1563-1616  (134301-134354)   100% ->
1617-1878  (139096-139357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGGTCGGGCGCGGCGGCTGAGAAGGCGGACTCCAGACAGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGGTCGGGCGCGGCGGCTGAGAAGGCGGACTCCAGACAGCGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGATGAAG         GTAAATGAATATAAAGAAAATCAAAACATCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGATGAAGGTG...TAGGTAAATGAATATAAAGAAAATCAAAACATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTATGTGTCTCTGAGACCAGCACAGACTACAGTTTTAATAAAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100964 CTTATGTGTCTCTGAGACCAGCACAGACTACAGTTTTAATAAAAACAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTCTATCTTGCCCCCTTTTCACTCAGTAATTACCAGCTAGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101014 AAGGTCTATCTTGCCCCCTTTTCACTCAGTAATTACCAGCTAGACCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGTGCCCCAAATCCCTATCAGAAAAGAATTCTAACAATGAAGTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101064 TATGTGCCCCAAATCCCTATCAGAAAAGAATTCTAACAATGAAGTGGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTAAGAAGACTAAAATAAAGAAAACTTGCAGAAGGATTATACCTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101114 GTAAGAAGACTAAAATAAAGAAAACTTGCAGAAGGATTATACCTCCAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGAAAAACACATCTTCCAAGGCAGAATCCACGCTGCAAAATTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101164 ATGAAAAACACATCTTCCAAGGCAGAATCCACGCTGCAAAATTCATCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTGTTCATACTGAAAGTAACAAGCTACAACCCAAGAGAACGGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101214 AGCTGTTCATACTGAAAGTAACAAGCTACAACCCAAGAGAACGGCAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGATGAATCTCAGTGTTGATGTGGAAAGTAGTCAGGATGGAGACAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101264 CGATGAATCTCAGTGTTGATGTGGAAAGTAGTCAGGATGGAGACAGTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGATACCACACCAGCCCTG         GATTTTTCGGGATTGTCACC
        ||||||||||||||| |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101314 GAAGATACCACACCATCCCTGGTA...TAGGATTTTTCGGGATTGTCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACGAAAGGAAGAGACTGAAGAACATATCAGAAAACGCAGACTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108049 CTACGAAAGGAAGAGACTGAAGAACATATCAGAAAACGCAGACTTTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTCTCTTCAGTTGTCTGAG         TCTGCTGCAAGACTCCGTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108099 CTTCTCTTCAGTTGTCTGAGGTT...CAGTCTGCTGCAAGACTCCGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGATAGAGAAGAGACAGCCTCCTAAATCCAAAAG         AAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109150 ATGATAGAGAAGAGACAGCCTCCTAAATCCAAAAGGTA...TAGAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCTAAGAGAGAAAATGGGATTGGATGTAGAAGGTCAATGCGATTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112579 GCCTAAGAGAGAAAATGGGATTGGATGTAGAAGGTCAATGCGATTACTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGTTGATCCTTCGGGAGTTTCATTACCAGCAGCTCCAACACCGCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112629 AAGTTGATCCTTCGGGAGTTTCATTACCAGCAGCTCCAACACCGCCGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTAGTAGCAGATGAAACT         CCTTTGTTACCTCCTGGGCCTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112679 TTAGTAGCAGATGAAACTGTA...CAGCCTTTGTTACCTCCTGGGCCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAATGACTTCTGAAAATCAAGAAGACAACAATGAACGATTTAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115406 AGAAATGACTTCTGAAAATCAAGAAGACAACAATGAACGATTTAAAGGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCTGCACACATGGGCAGGAATGAGCAAG         CCAAGTAGTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115456 TTCTGCACACATGGGCAGGAATGAGCAAGGTA...CAGCCAAGTAGTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACACTGAGAAGGGATTATCTAGCATTAAAAG         CTACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115608 AACACTGAGAAGGGATTATCTAGCATTAAAAGGTA...TAGCTACAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATTTAAATGGCATGGTCATTAGTGAAGATACCGTTTACAAAGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116878 CAATTTAAATGGCATGGTCATTAGTGAAGATACCGTTTACAAAGTTACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGGCCCAATATTCTCTATGGCTCTCCATCCATCAGAAACTAGAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116928 CAGGCCCAATATTCTCTATGGCTCTCCATCCATCAGAAACTAGAACTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTAGCAGTTGGGGCCAAATTTGGGCAAGTTGGACTTTGTGATTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116978 GTAGCAGTTGGGGCCAAATTTGGGCAAGTTGGACTTTGTGATTTGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033     ACCCAGCAACCTAAAGAAGATGGAGTTTATGTTTTTCATCCCCATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117028 .CAGACCCAGCAACCTAAAGAAGATGGAGTTTATGTTTTTCATCCCCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTCAGCCAGTTAGCTGTCTTTACTTCTCACCCGCCAATCCGGCCCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124101 GTCAGCCAGTTAGCTGTCTTTACTTCTCACCCGCCAATCCGGCCCACATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGTCACTGAGCTATGATGGCACGTTACGCTGTGGGGATTTTTCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124151 CTGTCACTGAGCTATGATGGCACGTTACGCTGTGGGGATTTTTCCAGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATTTTTGAAGAG         GTGTATAGAAATGAAAGAAGTAGCTTTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124201 TATTTTTGAAGAGGTA...TAGGTGTATAGAAATGAAAGAAGTAGCTTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCTCCTTCGACTTCTTGGCAGAAGATGCCTCCACTTTAATAGTAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129942 CCTCCTTCGACTTCTTGGCAGAAGATGCCTCCACTTTAATAGTAGGACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGGATGGAAATATGTCACTGGTGGATAGACGGACACCTGGAACTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129992 TGGGATGGAAATATGTCACTGGTGGATAGACGGACACCTGGAACTTCTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGAAACTTACCAGTTCTTCTATGGGAAAAATAAGAACTGTTCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130042 TGAGAAACTTACCAGTTCTTCTATGGGAAAAATAAGAACTGTTCATGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCCAGTGCATAGACAGTATTTTATCACTGCCGGATTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 130092 ACCCAGTGCATAGACAGTATTTTATCACTGCCGGATTGAGGTA...CAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATACTCATATTTATGATGCAAGGCGATTGAATTCCAGGAGAAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131640 GATACTCATATTTATGATGCAAGGCGATTGAATTCCAGGAGAAGTCAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTGATTTCTTTGACTGAACATACAAAGAGCATTGCTTCCGCCTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131690 TTTGATTTCTTTGACTGAACATACAAAGAGCATTGCTTCCGCCTATTTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CACCTCTTACTGGTAACAGAGTGGTGACCACATGTGCTGATTGTAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131740 CACCTCTTACTGGTAACAGAGTGGTGACCACATGTGCTGATTGTAATCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AG         AATTTTTGACAGCAGCTGTATATCTTCTAAGATTCCGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131790 AGGTA...CAGAATTTTTGACAGCAGCTGTATATCTTCTAAGATTCCGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCTCACCACCATCAG         GCACAACACTTTCACTGGGCGATGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134340 CCTCACCACCATCAGGTA...TAGGCACAACACTTTCACTGGGCGATGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGACCAGGTTCCAAGCCATGTGGGATCCTAAACAAGAAGACTGTGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139122 TGACCAGGTTCCAAGCCATGTGGGATCCTAAACAAGAAGACTGTGTCATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTTGGCAGCATGGCCCATCCACGACGGGTAGAAATCTTCCATGAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139172 GTTGGCAGCATGGCCCATCCACGACGGGTAGAAATCTTCCATGAGACAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAAGAGGGTGCATTCGTTTGGTGGAGAATACCTTGTCTCTGTGTGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139222 AAAGAGGGTGCATTCGTTTGGTGGAGAATACCTTGTCTCTGTGTGTTCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCAATGCCATGCACCCAACTCGGTATATTTTGGCTGGAGGTAATTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139272 TCAATGCCATGCACCCAACTCGGTATATTTTGGCTGGAGGTAATTCCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1843 GGGAAGATACATGTTTTTATGAATGAAAAAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139322 GGGAAGATACATGTTTTTATGAATGAAAAAAGCTGC