seq1 = pF1KE2375.tfa, 2190 bp
seq2 = pF1KE2375/gi568815579f_8344999.tfa (gi568815579f:8344999_8588851), 243853 bp

>pF1KE2375 2190
>gi568815579f:8344999_8588851 (Chr19)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-283  (110407-110576)   100% ->
284-344  (117531-117589)   93% ->
345-438  (118595-118688)   100% ->
439-630  (120326-120517)   100% ->
631-784  (121237-121390)   100% ->
785-834  (122537-122586)   100% ->
835-895  (123776-123836)   100% ->
896-997  (126328-126429)   100% ->
998-1042  (128666-128710)   100% ->
1043-1120  (129169-129246)   100% ->
1121-1174  (138160-138213)   100% ->
1175-1977  (140605-141407)   99% ->
1978-2029  (142026-142077)   100% ->
2030-2190  (143693-143853)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGGGGTCGAAGCGGCGGCGGAGGTGGCGGCGACGGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGGGGTCGAAGCGGCGGCGGAGGTGGCGGCGACGGAGATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGGAGGAAGAGAGCGGCGCGCCCGGCGTGCCGAGCGGCAACGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGGAGGAAGAGAGCGGCGCGCCCGGCGTGCCGAGCGGCAACGGGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCCCTAAGGG         TGAAGGAGAACGACCTGCTCAGAATGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGCCCTAAGGGGTG...CAGTGAAGGAGAACGACCTGCTCAGAATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAGGAAGGAGAAAAACATAAAAAGAGGAGGCAATCGCTTTGAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110435 AAGAGGAAGGAGAAAAACATAAAAAGAGGAGGCAATCGCTTTGAGCCATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCAATCCAACTAAAAGATACAGAGCCTTCATTACAAACATACCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110485 TGCCAATCCAACTAAAAGATACAGAGCCTTCATTACAAACATACCTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGAAATGGCAGTCACTTAAAGACCTGGTTAAAGAAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110535 ATGTGAAATGGCAGTCACTTAAAGACCTGGTTAAAGAAAAAGGTA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  TTGGTGAGGTAACATACGTGGAGCTCTTAATGGACGCTGAAGGAAAGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117530 GTTGGTGAGGTAACATACGTGGAGCTCTTAATGGACGCTGAAGGAAAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGGGGATGTGC         TGTTGTTGAATTCAAGATGGAAGAGAGCA
        ||||| | ||-->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117580 AAGGGTAAGT  GTC...TAGTGTTGTTGAATTCAAGATGGAAGAGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAAAAAGCTGCGGAAGTCCTAAACAAGCATAGTCTGAGCGGAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118624 TGAAAAAAGCTGCGGAAGTCCTAAACAAGCATAGTCTGAGCGGAAGACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAAAGTCAAAGAA         GATCCTGATGGTGAACATGCCAGGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118674 CTGAAAGTCAAAGAAGTA...TAGGATCCTGATGGTGAACATGCCAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAATGCAAAAGGTGATGGCTACGACTGGTGGGATGGGTATGGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120352 AGCAATGCAAAAGGTGATGGCTACGACTGGTGGGATGGGTATGGGACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGCCCAGGAATGATTACTATCCCACCCAGTATCCTAAATAATCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120402 GTGGCCCAGGAATGATTACTATCCCACCCAGTATCCTAAATAATCCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCCAAATGAGATTATCCATGCATTACAGGCTGGAAGACTTGGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120452 ATCCCAAATGAGATTATCCATGCATTACAGGCTGGAAGACTTGGAAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTATTTGTAGCAAAT         CTGGATTATAAAGTTGGCTGGAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120502 AGTATTTGTAGCAAATGTA...TAGCTGGATTATAAAGTTGGCTGGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACTGAAGGAAGTATTTAGTATGGCTGGTGTGGTGGTCCGAGCAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121262 AACTGAAGGAAGTATTTAGTATGGCTGGTGTGGTGGTCCGAGCAGACATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTGAAGATAAAGATGGAAAAAGTCGTGGAATAGGCACTGTTACTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121312 CTTGAAGATAAAGATGGAAAAAGTCGTGGAATAGGCACTGTTACTTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAGTCCATTGAAGCTGTGCAAGCTATAT         CTATGTTCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121362 ACAGTCCATTGAAGCTGTGCAAGCTATATGTA...CAGCTATGTTCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCAGCTGCTATTTGATAGACCAATGCACGTCAAGATG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122549 GCCAGCTGCTATTTGATAGACCAATGCACGTCAAGATGGTA...CAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGAGGGCCTTACCAAAAGGAGATTTCTTCCCTCCTGAGCGTCCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123779 GAGAGGGCCTTACCAAAAGGAGATTTCTTCCCTCCTGAGCGTCCACAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTTCCCC         ATGGCCTTGGTGGTATTGGCATGGGGTTAGGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123829 ACTTCCCCGTA...CAGATGGCCTTGGTGGTATTGGCATGGGGTTAGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGGAGGGCAACCCATTGATGCCAATCACCTGAATAAAGGCATCGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126361 CAGGAGGGCAACCCATTGATGCCAATCACCTGAATAAAGGCATCGGAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAAACATAGGTCCCGCAG         GAATGGGAATGGAAGGCATAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126411 GGAAACATAGGTCCCGCAGGTG...AAGGAATGGGAATGGAAGGCATAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTTGGAATAAATAAAATGGGAG         GAATGGAGGGGCCCTTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128688 ATTTGGAATAAATAAAATGGGAGGTA...CAGGAATGGAGGGGCCCTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTGGTGGTATGGAAAACATGGGTCGATTTGGATCTGGGATGAACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129187 GTGGTGGTATGGAAAACATGGGTCGATTTGGATCTGGGATGAACATGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGGATAAATG         AAATCCTAAGTAATGCACTGAAGAGAGGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129237 AGGATAAATGGTA...TAGAAATCCTAAGTAATGCACTGAAGAGAGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GATCATTGCAAAGCAGGGAGGAG         GTGGAGGTGGAGGAAGCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138191 GATCATTGCAAAGCAGGGAGGAGGTA...CAGGTGGAGGTGGAGGAAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCCCTGGGATCGAGAGGATGGGTCCTGGCATTGACCGCCTCGGGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140623 TCCCTGGGATCGAGAGGATGGGTCCTGGCATTGACCGCCTCGGGGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGCATGGAGCGCATGGGCGCGGGCCTGGGCCACGGCATGGATCGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140673 GGCATGGAGCGCATGGGCGCGGGCCTGGGCCACGGCATGGATCGCGTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCCGAGATCGAGCGCATGGGCCTGGTCATGGACCGCATGGGCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140723 CTCCGAGATCGAGCGCATGGGCCTGGTCATGGACCGCATGGGCTCCGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGCGCATGGGCTCCGGCATTGAGCGCATGGGCCCGCTGGGCCTCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140773 AGCGCATGGGCTCCGGCATTGAGCGCATGGGCCCGCTGGGCCTCGACCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATGGCCTCCAGCATTGAGCGCATGGGCCAGACCATGGAGCGCATTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140823 ATGGCCTCCAGCATTGAGCGCATGGGCCAGACCATGGAGCGCATTGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGCGTGGAGCGCATGGGTGCCGGCATGGGCTTCGGCCTTGAGCGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140873 TGGCGTGGAGCGCATGGGTGCCGGCATGGGCTTCGGCCTTGAGCGCATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCGCTCCCATCGACCGTGTGGGCCAGACCATTGAGCGCATGGGCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140923 CCGCTCCCATCGACCGTGTGGGCCAGACCATTGAGCGCATGGGCTCTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGGAGCGCATGGGCCCTGCCATCGAGCGCATGGGCCTGAGCATGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140973 GTGGAGCGCATGGGCCCTGCCATCGAGCGCATGGGCCTGAGCATGGAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CATGGTGCCCGCAGGTATGGGAGCTGGCCTGGAGCGCATGGGCCCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141023 CATGGTGCCCGCAGGTATGGGAGCTGGCCTGGAGCGCATGGGCCCCGTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGATCGCATGGCCACCGGCCTGGAGCGCATGGGCGCCAACAATCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141073 TGGATCGCATGGCCACCGGCCTGGAGCGCATGGGCGCCAACAATCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGGATGGGCCTGGAGCGCATGGGCGCCAACAGCCTCGAGCGCATGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141123 CGGATGGGCCTGGAGCGCATGGGCGCCAACAGCCTCGAGCGCATGGGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGAGCGCATGGGTGCCAACAGCCTCGAGCGCATGGGCCCCGCCATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 141173 GGAGCGCATGGGTGCCAACAGCCTCGAGCGCATGGGCCCTGCCATGGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CGGCCCTGGGCGCTGGCATTGAGCGCATGGGCCTGGCCATGGGTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141223 CGGCCCTGGGCGCTGGCATTGAGCGCATGGGCCTGGCCATGGGTGGCGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GGCGGTGCCAGCTTTGACCGTGCCATCGAGATGGAGCGTGGCAACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141273 GGCGGTGCCAGCTTTGACCGTGCCATCGAGATGGAGCGTGGCAACTTCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGGAAGCTTCGCAGGTTCCTTTGGTGGAGCTGGAGGCCATGCTCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141323 AGGAAGCTTCGCAGGTTCCTTTGGTGGAGCTGGAGGCCATGCTCCTGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGGCCAGGAAGGCCTGCCAGATATTTGTGAGAAAT         CTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 141373 TGGCCAGGAAGGCCTGCCAGATATTTGTGAGAAATGTA...CAGCTGCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TTCGATTTCACATGGAAGATGCTAAAGGACAAATTCAACGAGTGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142032 TTCGATTTCACATGGAAGATGCTAAAGGACAAATTCAACGAGTGCGGTA.

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030      GCCACGTGCTGTACGCCGACATCAAGATGGAGAATGGGAAGTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142082 ..TAGGCCACGTGCTGTACGCCGACATCAAGATGGAGAATGGGAAGTCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AGGGGTGTGGTGTGGTTAAGTTCGAGTCGCCAGAGGTGGCCGAGAGAGCC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143738 AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGTTCGAGTCGCCAGAGGTGGCCGAGAGAGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TGCCGGATGATGAATGGCATGAAGCTGAGTGGCCGAGAGATTGACGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143788 TGCCGGATGATGAATGGCATGAAGCTGAGTGGCCGAGAGATTGACGTTCG

   2300     .    :    .
   2175 AATTGATAGAAACGCT
        ||||||||||||||||
 143838 AATTGATAGAAACGCT