seq1 = pF1KE2369.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE2369/gi568815593f_114262776.tfa (gi568815593f:114262776_114596179), 333404 bp

>pF1KE2369 1740
>gi568815593f:114262776_114596179 (Chr5)

1-489  (100001-100486)   99% ->
490-585  (101131-101226)   100% ->
586-1004  (141663-142081)   100% ->
1005-1146  (200274-200415)   100% ->
1147-1257  (210279-210389)   100% ->
1258-1385  (224275-224402)   100% ->
1386-1455  (230628-230697)   100% ->
1456-1740  (233120-233404)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCTGCAGGTACAACGGGGGCGTCATGCGGCCGCTCAGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGCTGCAGGTACAACGGGGGCGTCATGCGGCCGCTCAGCAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGCGTCCCGCCGGAACCTCCACGAGATGGACTCAGAGGCGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGCGTCCCGCCGGAACCTGCACGAGATGGACTCAGAGGCGCAGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCCCCCCGCGTCTGTCGGAGGAGGTGGCGGCGCGTCCTCCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGCCCCCCGCGTCTGTCGGAGGAGGTGGCGGCGCGTCCTCCCCGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCTGTTTCGTCCTCAGCCCCCGAGAT
        |||||||||---||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGCCGCT   GCCGCCGCCGCCGCTGTTTCGTCCTCAGCCCCCGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGTGTCTAAGCCCGAGCACAACAACTCCAACAACCTGGCGCTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CGTGGTGTCTAAGCCCGAGCACAACAACTCCAACAACCTGGCGCTCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAACCGGCGGCGGAGGCAGCACTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 GAACCGGCGGCGGAGGCAGCACTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCACGGCAGCAGCAGTGGCACCAAGTCCAGCAAAAAGAAAAACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 GGGCACGGCAGCAGCAGTGGCACCAAGTCCAGCAAAAAGAAAAACCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCGGCTACAAGCTGGGCCACCGGCGCGCCCTGTTCGAAAAGCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 CATCGGCTACAAGCTGGGCCACCGGCGCGCCCTGTTCGAAAAGCGCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCTCAGCGACTACGCGCTCATCTTCGGCATGTTCGGCATCGTGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 GGCTCAGCGACTACGCGCTCATCTTCGGCATGTTCGGCATCGTGGTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCGAGACCGAGCTGTCGTGGGGCGCCTACGACAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100448 GTCATCGAGACCGAGCTGTCGTGGGGCGCCTACGACAAGGTA...CAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCGCTGTATTCCTTAGCTCTGAAATGCCTTATCAGTCTCTCCACGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101133 GTCGCTGTATTCCTTAGCTCTGAAATGCCTTATCAGTCTCTCCACGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCTGCTCGGTCTGATCATCGTGTACCACGCCAGGGAAATACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101183 TCCTGCTCGGTCTGATCATCGTGTACCACGCCAGGGAAATACAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586    TTGTTCATGGTGGACAATGGAGCAGATGACTGGAGAATAGCCATGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141660 CAGTTGTTCATGGTGGACAATGGAGCAGATGACTGGAGAATAGCCATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTATGAGCGTATTTTCTTCATCTGCTTGGAAATACTGGTGTGTGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141710 TTATGAGCGTATTTTCTTCATCTGCTTGGAAATACTGGTGTGTGCTATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATCCCATACCTGGGAATTATACATTCACATGGACGGCCCGGCTTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141760 ATCCCATACCTGGGAATTATACATTCACATGGACGGCCCGGCTTGCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCCTATGCCCCATCCACAACCACCGCTGATGTGGATATTATTTTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141810 TCCTATGCCCCATCCACAACCACCGCTGATGTGGATATTATTTTATCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACCAATGTTCTTAAGACTCTATCTGATTGCCAGAGTCATGCTTTTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141860 ACCAATGTTCTTAAGACTCTATCTGATTGCCAGAGTCATGCTTTTACATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAAACTTTTCACTGATGCCTCCTCTAGAAGCATTGGAGCACTTAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141910 GCAAACTTTTCACTGATGCCTCCTCTAGAAGCATTGGAGCACTTAATAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATAAACTTCAATACACGTTTTGTTATGAAGACTTTAATGACTATATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141960 ATAAACTTCAATACACGTTTTGTTATGAAGACTTTAATGACTATATGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGGAACTGTACTCTTGGTTTTTAGTATCTCATTATGGATAATTGCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142010 AGGAACTGTACTCTTGGTTTTTAGTATCTCATTATGGATAATTGCCGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGACTGTCCGAGCTTGTGAAAG         GTACCATGATCAACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 142060 GGACTGTCCGAGCTTGTGAAAGGTA...CAGGTACCATGATCAACAGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTTACTAGCAACTTCCTTGGAGCGATGTGGTTGATATCAATAACTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200293 GTTACTAGCAACTTCCTTGGAGCGATGTGGTTGATATCAATAACTTTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTCCATTGGTTATGGTGACATGGTACCTAACACATACTGTGGAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200343 CTCCATTGGTTATGGTGACATGGTACCTAACACATACTGTGGAAAAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCTGCTTACTTACTGGAATTATG         GGTGCTGGTTGCACAGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 200393 TCTGCTTACTTACTGGAATTATGGTA...CAGGGTGCTGGTTGCACAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CTGGTGGTAGCTGTAGTGGCAAGGAAGCTAGAACTTACCAAAGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210297 CTGGTGGTAGCTGTAGTGGCAAGGAAGCTAGAACTTACCAAAGCAGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ACACGTGCACAATTTCATGATGGATACTCAGCTGACTAAAAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 210347 ACACGTGCACAATTTCATGATGGATACTCAGCTGACTAAAAGAGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258   GTAAAAAATGCAGCTGCCAATGTACTCAGGGAAACATGGCTAATTTAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224273 AGGTAAAAAATGCAGCTGCCAATGTACTCAGGGAAACATGGCTAATTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AAAAATACAAAGCTAGTGAAAAAGATAGATCATGCAAAAGTAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224323 AAAAATACAAAGCTAGTGAAAAAGATAGATCATGCAAAAGTAAGAAAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TCAACGAAAATTCCTGCAAGCTATTCATCA         ATTAAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 224373 TCAACGAAAATTCCTGCAAGCTATTCATCAGTA...TAGATTAAGAAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TAAAAATGGAGCAGAGGAAACTGAATGACCAAGCAAACACTTTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230639 TAAAAATGGAGCAGAGGAAACTGAATGACCAAGCAAACACTTTGGTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTGGCAAAG         ACCCAGAACATCATGTATGATATGATTTCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 230689 TTGGCAAAGGTA...CAGACCCAGAACATCATGTATGATATGATTTCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CTTAAACGAAAGGAGTGAAGACTTCGAGAAGAGGATTGTTACCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233152 CTTAAACGAAAGGAGTGAAGACTTCGAGAAGAGGATTGTTACCCTGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CAAAACTAGAGACTTTGATTGGTAGCATCCACGCCCTCCCTGGGCTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233202 CAAAACTAGAGACTTTGATTGGTAGCATCCACGCCCTCCCTGGGCTCATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AGCCAGACCATCAGGCAGCAGCAGAGAGATTTCATTGAGGCTCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233252 AGCCAGACCATCAGGCAGCAGCAGAGAGATTTCATTGAGGCTCAGATGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GAGCTACGACAAGCACGTCACTTACAATGCTGAGCGGTCCCGGTCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233302 GAGCTACGACAAGCACGTCACTTACAATGCTGAGCGGTCCCGGTCCTCGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CCAGGAGGCGGCGGTCCTCTTCCACAGCACCACCAACTTCATCAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233352 CCAGGAGGCGGCGGTCCTCTTCCACAGCACCACCAACTTCATCAGAGAGT

   1800 
   1738 AGC
        |||
 233402 AGC