seq1 = pF1KE2359.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE2359/gi568815593r_148351188.tfa (gi568815593r:148351188_148650264), 299077 bp

>pF1KE2359 1161
>gi568815593r:148351188_148650264 (Chr5)

(complement)

1-26  (13251-13276)   100% ->
27-152  (100003-100128)   100% ->
153-353  (101397-101597)   100% ->
354-507  (126919-127072)   100% ->
508-1076  (140241-140809)   100% ->
1077-1161  (198993-199077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAAACTTGATGCTAATGTGAG         TTCTGAGGAGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  13251 ATGGACAAACTTGATGCTAATGTGAGGTA...CAGTTCTGAGGAGGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGGTCAGTGGAGAAGGTGGTGCTGCTCACGTTTCTCTCGACGGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CGGGTCAGTGGAGAAGGTGGTGCTGCTCACGTTTCTCTCGACGGTTATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATGGCCATCTTGGGGAACCTGCTGGTGATGGTGGCTGTGTGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 TGATGGCCATCTTGGGGAACCTGCTGGTGATGGTGGCTGTGTGCTGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGCAGCTCAG         GAAAATAAAAACAAATTATTTCATTGTATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 AGGCAGCTCAGGTG...CAGGAAAATAAAAACAAATTATTTCATTGTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTGCTTTTGCGGATCTGCTGGTTTCGGTGCTGGTGATGCCCTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 TCTTGCTTTTGCGGATCTGCTGGTTTCGGTGCTGGTGATGCCCTTTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATTGAGCTGGTTCAAGACATCTGGATTTATGGGGAGGTGTTTTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 CCATTGAGCTGGTTCAAGACATCTGGATTTATGGGGAGGTGTTTTGTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCGGACATCTCTGGACGTCCTGCTCACAACGGCATCGATTTTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 GTTCGGACATCTCTGGACGTCCTGCTCACAACGGCATCGATTTTTCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCTGCATTTCTCTGGATAG         GTATTACGCCATCTGCTGCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101577 GTGCTGCATTTCTCTGGATAGGTA...CAGGTATTACGCCATCTGCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCTTTGGTCTATAGGAACAAGATGACCCCTCTGCGCATCGCATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126939 AGCCTTTGGTCTATAGGAACAAGATGACCCCTCTGCGCATCGCATTAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGGAGGCTGCTGGGTCATCCCCACGTTTATTTCTTTTCTCCCTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126989 CTGGGAGGCTGCTGGGTCATCCCCACGTTTATTTCTTTTCTCCCTATAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAAGGCTGGAATAACATTGGCATAATTGATTTG         ATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 127039 GCAAGGCTGGAATAACATTGGCATAATTGATTTGGTG...CAGATAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGGAAGTTCAACCAGAACTCTAACTCTACGTACTGTGTCTTCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140248 AGAGGAAGTTCAACCAGAACTCTAACTCTACGTACTGTGTCTTCATGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACAAGCCCTACGCCATCACCTGCTCTGTGGTGGCCTTCTACATCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140298 AACAAGCCCTACGCCATCACCTGCTCTGTGGTGGCCTTCTACATCCCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTCCTCATGGTGCTGGCCTATTACCGCATCTATGTCACAGCTAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140348 TCTCCTCATGGTGCTGGCCTATTACCGCATCTATGTCACAGCTAAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCCCATCAGATCCAGATGTTACAACGGGCAGGAGCCTCCTCCGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140398 ATGCCCATCAGATCCAGATGTTACAACGGGCAGGAGCCTCCTCCGAGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGCCTCAGTCGGCAGACCAGCATAGCACTCATCGCATGAGGACAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140448 AGGCCTCAGTCGGCAGACCAGCATAGCACTCATCGCATGAGGACAGAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAAGCAGCCAAGACCCTGTGCATCATCATGGGTTGCTTCTGCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140498 CAAAGCAGCCAAGACCCTGTGCATCATCATGGGTTGCTTCTGCCTCTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGGCACCATTCTTTGTCACCAATATTGTGGATCCTTTCATAGACTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140548 GGGCACCATTCTTTGTCACCAATATTGTGGATCCTTTCATAGACTACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCCCTGGGCAGGTGTGGACTGCTTTCCTCTGGCTCGGCTATATCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140598 GTCCCTGGGCAGGTGTGGACTGCTTTCCTCTGGCTCGGCTATATCAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGGGTTGAACCCTTTTCTCTACGCCTTCTTGAATAAGTCTTTTAGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140648 CGGGTTGAACCCTTTTCTCTACGCCTTCTTGAATAAGTCTTTTAGACGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCTTCCTCATCATCCTCTGCTGTGATGATGAGCGCTACCGAAGACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140698 CCTTCCTCATCATCCTCTGCTGTGATGATGAGCGCTACCGAAGACCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTCTGGGCCAGACTGTCCCTTGTTCAACCACAACCATTAATGGATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140748 ATTCTGGGCCAGACTGTCCCTTGTTCAACCACAACCATTAATGGATCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACATGTACTAAG         GTACACCGTTCTGCACAGGGGACATCATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 140798 ACATGTACTAAGGTG...TAGGTACACCGTTCTGCACAGGGGACATCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGGAACTCGAGAAACTGCCCATACACAATGACCCAGAATCCCTGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199022 AGGAACTCGAGAAACTGCCCATACACAATGACCCAGAATCCCTGGAATCA

   1200     .
   1156 TGCTTC
        ||||||
 199072 TGCTTC