seq1 = pF1KE2353.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE2353/gi568815597f_158190065.tfa (gi568815597f:158190065_158393302), 203238 bp

>pF1KE2353 999
>gi568815597f:158190065_158393302 (Chr1)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-328  (101070-101336)   100% ->
329-610  (102020-102301)   100% ->
611-889  (102532-102810)   100% ->
890-980  (103148-103238)   100% ->
981-999  (103391-103409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTTCTGCAGTTTCTGCTGCTAGCTCTTCTTCTCCCAGGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTTTCTGCAGTTTCTGCTGCTAGCTCTTCTTCTCCCAGGTGGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCAGACG         CATCCCAGGAACACGTCTCCTTCCATGTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGCAGACGGTA...AAGCATCCCAGGAACACGTCTCCTTCCATGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGATCTTCTCATTTGTCAACCAATCCTGGGCACGAGGTCAGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 TCCAGATCTTCTCATTTGTCAACCAATCCTGGGCACGAGGTCAGGGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGATGGCTGGACGAGTTGCAGACTCATGGCTGGGACAGTGAATCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101150 GGATGGCTGGACGAGTTGCAGACTCATGGCTGGGACAGTGAATCAGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATAATTTTCCTGCATAACTGGTCCAAGGGCAACTTCAGCAATGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101200 AATAATTTTCCTGCATAACTGGTCCAAGGGCAACTTCAGCAATGAAGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTCAGACCTAGAGTTGTTATTTCGTTTCTACCTCTTTGGATTAACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101250 TGTCAGACCTAGAGTTGTTATTTCGTTTCTACCTCTTTGGATTAACTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATTCAAGACCATGCAAGTCAAGATTACTCGAAAT         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101300 GAGATTCAAGACCATGCAAGTCAAGATTACTCGAAATGTA...CAGATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGAAGTACAGGTGAAAGCGGGCTGTGAGCTGCATTCTGGAAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 CTTTGAAGTACAGGTGAAAGCGGGCTGTGAGCTGCATTCTGGAAAGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAGGCTTCTTTCAGGTAGCTTTCAACGGATTAGATTTACTGAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102074 CAGAAGGCTTCTTTCAGGTAGCTTTCAACGGATTAGATTTACTGAGTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGAATACAACATGGGTGCCATCTCCAGGCTGTGGAAGTTTGGCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 CAGAATACAACATGGGTGCCATCTCCAGGCTGTGGAAGTTTGGCCCAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTCTGTCATCTACTCAATCATCAGTATGAAGGCGTCACAGAAACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TGTCTGTCATCTACTCAATCATCAGTATGAAGGCGTCACAGAAACAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATAATCTCATAAGAAGCACTTGCCCCCGATTTCTCTTGGGTCTCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102224 ATAATCTCATAAGAAGCACTTGCCCCCGATTTCTCTTGGGTCTCCTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAGGGAAGATGTATGTACACAGGCAAG         TGAGGCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102274 GCAGGGAAGATGTATGTACACAGGCAAGGTC...CAGTGAGGCCAGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGGCTGTCCAGTCGCCCCAGCCTTGGGTCTGGCCAGCTGTTGCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 CTGGCTGTCCAGTCGCCCCAGCCTTGGGTCTGGCCAGCTGTTGCTGGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTCATGCCTCCGGCTTCTACCCAAAGCCTGTTTGGGTGACATGGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 GTCATGCCTCCGGCTTCTACCCAAAGCCTGTTTGGGTGACATGGATGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AATGAACAGGAGCAACTGGGCACTAAACATGGTGATATTCTTCCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102645 AATGAACAGGAGCAACTGGGCACTAAACATGGTGATATTCTTCCTAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGATGGGACATGGTATCTTCAGGTGATCCTGGAGGTGGCATCTGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102695 TGATGGGACATGGTATCTTCAGGTGATCCTGGAGGTGGCATCTGAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGCTGGCCTGTCTTGTCGAGTGAGACACAGCAGTCTAGGAGGCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102745 CTGCTGGCCTGTCTTGTCGAGTGAGACACAGCAGTCTAGGAGGCCAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATCATCCTCTACTGGG         GACACCACTTTTCCATGAATTGGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102795 ATCATCCTCTACTGGGGTA...CAGGACACCACTTTTCCATGAATTGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCCTTGGTAGTGATAGTGCCCTTGGTGATTCTAATAGTCCTTGTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103173 TGCCTTGGTAGTGATAGTGCCCTTGGTGATTCTAATAGTCCTTGTGTTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGTTTAAGAAGCACTG         CTCATATCAGGACATCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103223 GGTTTAAGAAGCACTGGTG...CAGCTCATATCAGGACATCCTG