seq1 = pF1KE2349.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE2349/gi568815595f_48366656.tfa (gi568815595f:48366656_48567597), 200942 bp

>pF1KE2349 942
>gi568815595f:48366656_48567597 (Chr3)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCGCAGGCCCTGCCCCCGGGGCCCATGCAGACCCTCATCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCGCAGGCCCTGCCCCCGGGGCCCATGCAGACCCTCATCTTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACATGGAGGCCACTGGCTTGCCCTTCTCCCAGCCCAAGGTCACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACATGGAGGCCACTGGCTTGCCCTTCTCCCAGCCCAAGGTCACGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGCCTGCTGGCTGTCCACAGATGTGCCCTGGAGAGCCCCCCCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGCCTGCTGGCTGTCCACAGATGTGCCCTGGAGAGCCCCCCCACCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGGCCACCTCCCACAGTTCCTCCACCACCGCGTGTGGTAGACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGGCCACCTCCCACAGTTCCTCCACCACCGCGTGTGGTAGACAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCCTGTGTGTGGCTCCGGGGAAGGCCTGCAGCCCTGCAGCCAGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCCTGTGTGTGGCTCCGGGGAAGGCCTGCAGCCCTGCAGCCAGCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACAGGTCTGAGCACAGCTGTGCTGGCAGCGCATGGGCGTCAATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACAGGTCTGAGCACAGCTGTGCTGGCAGCGCATGGGCGTCAATGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATGACAACCTGGCCAACCTGCTCCTAGCCTTCCTGCGGCGCCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATGACAACCTGGCCAACCTGCTCCTAGCCTTCCTGCGGCGCCAGCCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCTGGTGCCTGGTGGCACACAATGGTGACCGCTACGACTTCCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCTGGTGCCTGGTGGCACACAATGGTGACCGCTACGACTTCCCCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCAAGCAGAGCTGGCTATGCTGGGCCTCACCAGTGCTCTGGATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCAAGCAGAGCTGGCTATGCTGGGCCTCACCAGTGCTCTGGATGGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTGTGTGGATAGCATCACTGCGCTGAAGGCCCTGGAGCGAGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTGTGTGGATAGCATCACTGCGCTGAAGGCCCTGGAGCGAGCAAGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCTCAGAACACGGCCCAAGGAAGAGCTATAGCCTAGGCAGCATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCTCAGAACACGGCCCAAGGAAGAGCTATAGCCTAGGCAGCATCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTCGCCTGTATGGGCAGTCCCCTCCAGACTCGCACACGGCTGAGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTCGCCTGTATGGGCAGTCCCCTCCAGACTCGCACACGGCTGAGGGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCTGGCCCTGCTCAGCATCTGTCAGTGGAGACCACAGGCCCTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCCTGGCCCTGCTCAGCATCTGTCAGTGGAGACCACAGGCCCTGCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGGGTGGATGCTCACGCCAGGCCTTTCGGCACCATCAGGCCCATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGGGTGGATGCTCACGCCAGGCCTTTCGGCACCATCAGGCCCATGTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGTCACAGCCTCTGCTAGGACCAAGCCAAGACCATCTGCTGTCACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGTCACAGCCTCTGCTAGGACCAAGCCAAGACCATCTGCTGTCACAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACTGCACACCTGGCCACAACCAGGAACACTAGTCCCAGCCTTGGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACTGCACACCTGGCCACAACCAGGAACACTAGTCCCAGCCTTGGAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGGGGTACCAAGGATCTTCCTCCAGTGAAGGACCCTGGAGCCCTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGGGGTACCAAGGATCTTCCTCCAGTGAAGGACCCTGGAGCCCTATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGAGGGGCTGCTGGCCCCACTGGGTCTGCTGGCCATCCTGACCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGAGGGGCTGCTGGCCCCACTGGGTCTGCTGGCCATCCTGACCTTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTAGCCACACTGTATGGACTATCCCTGGCCACACCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTAGCCACACTGTATGGACTATCCCTGGCCACACCTGGGGAG