seq1 = pF1KE2342.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE2342/gi568815583f_40305828.tfa (gi568815583f:40305828_40518260), 212433 bp

>pF1KE2342 1269
>gi568815583f:40305828_40518260 (Chr15)

1-144  (100001-100144)   99% ->
145-234  (101809-101898)   100% ->
235-286  (102112-102163)   100% ->
287-456  (104801-104970)   100% ->
457-550  (105433-105526)   100% ->
551-687  (105728-105864)   100% ->
688-784  (107164-107260)   100% ->
785-878  (109062-109155)   100% ->
879-960  (109574-109655)   100% ->
961-1065  (110251-110355)   100% ->
1066-1138  (110463-110535)   100% ->
1139-1269  (112303-112433)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTGCGACTCGGCTGCTGGGGTGTCGTGTGGCGAGCTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACTGCGACTCGGCTGCTGGGGTGGCGTGTGGCGAGCTGGAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCCGCCGCTTGCCGGCTTCGTTTCCCAGCGGGCCCACTCGCTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGCCGCCGCTTGCCGGCTTCGTTTCCCAGCGGGCCCACTCGCTTTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGGACGATGCAATCAATGGGCTAAGCGAGGAGCAGAGGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 CCGTGGACGATGCAATCAATGGGCTAAGCGAGGAGCAGAGGCAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    CTTCGTCAGACCATGGCTAAGTTCCTTCAGGAGCACCTGGCCCCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 TAGCTTCGTCAGACCATGGCTAAGTTCCTTCAGGAGCACCTGGCCCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCAGGAGATCGATCGCAGCAATGAGTTCAAGAACCTGCGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101856 GGCCCAGGAGATCGATCGCAGCAATGAGTTCAAGAACCTGCGAGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GAATTTTGGAAGCAGCTGGGGAACCTGGGCGTATTGGGCATCACAGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102110 AGGAATTTTGGAAGCAGCTGGGGAACCTGGGCGTATTGGGCATCACAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTG         TTCAGTATGGCGGCTCCGGCCTGGGCTACCTGGAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102160 CCTGGTG...CAGTTCAGTATGGCGGCTCCGGCCTGGGCTACCTGGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGCTGGTGATGGAGGAGATATCCCGAGCTTCCGGAGCAGTGGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104838 TGTGCTGGTGATGGAGGAGATATCCCGAGCTTCCGGAGCAGTGGGGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTACGGTGCCCACTCCAACCTCTGCATCAACCAGCTTGTACGCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104888 GTTACGGTGCCCACTCCAACCTCTGCATCAACCAGCTTGTACGCAATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGAGGCCCAGAAAGAGAAGTATCTCCCGAAG         CTGATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104938 AATGAGGCCCAGAAAGAGAAGTATCTCCCGAAGGTG...CAGCTGATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTGAGTACATCGGAGCCCTGGCCATGAGTGAGCCCAATGCAGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105441 TGGTGAGTACATCGGAGCCCTGGCCATGAGTGAGCCCAATGCAGGCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTTGTCTCTATGAAGCTCAAAGCGGAAAAGAAAG         GAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105491 ATGTTGTCTCTATGAAGCTCAAAGCGGAAAAGAAAGGTG...TAGGAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACTACATCCTGAATGGCAACAAGTTCTGGATCACTAATGGCCCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105733 CACTACATCCTGAATGGCAACAAGTTCTGGATCACTAATGGCCCTGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACGTCCTGATTGTCTATGCCAAGACAGATCTGGCTGCTGTGCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105783 TGACGTCCTGATTGTCTATGCCAAGACAGATCTGGCTGCTGTGCCAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCGGGGCATCACAGCCTTCATTGTGGAGAAG         GGTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105833 CTCGGGGCATCACAGCCTTCATTGTGGAGAAGGTG...AAGGGTATGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCTTTAGCACCTCTAAGAAGCTGGACAAGCTGGGGATGAGGGGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107173 GGCTTTAGCACCTCTAAGAAGCTGGACAAGCTGGGGATGAGGGGCTCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACCTGTGAGCTAATCTTTGAAGACTGCAAGATTCCTG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107223 CACCTGTGAGCTAATCTTTGAAGACTGCAAGATTCCTGGTA...CAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAACATCCTGGGCCATGAGAATAAGGGTGTCTACGTGCTGATGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109065 CCAACATCCTGGGCCATGAGAATAAGGGTGTCTACGTGCTGATGAGTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGACCTGGAGCGGCTGGTGCTGGCCGGGGGGCCTCTTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109115 CTGGACCTGGAGCGGCTGGTGCTGGCCGGGGGGCCTCTTGGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTCATGCAAGCGGTCCTGGACCACACCATTCCCTACCTGCACGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109574 GCTCATGCAAGCGGTCCTGGACCACACCATTCCCTACCTGCACGTGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCCTTTGGCCAGAAGATCGGCCACTTCCAG         TTGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109624 AAGCCTTTGGCCAGAAGATCGGCCACTTCCAGGTG...CAGTTGATGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGAAGATGGCTGACATGTACACCCGCCTCATGGCGTGTCGGCAGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110260 GGGAAGATGGCTGACATGTACACCCGCCTCATGGCGTGTCGGCAGTATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTACAATGTCGCCAAGGCCTGCGATGAGGGCCATTGCACTGCTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110310 CTACAATGTCGCCAAGGCCTGCGATGAGGGCCATTGCACTGCTAAGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      GACTGTGCAGGTGTGATTCTTTACTCAGCTGAGTGTGCCACACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110360 ..TAGGACTGTGCAGGTGTGATTCTTTACTCAGCTGAGTGTGCCACACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTAGCCCTGGACGGCATTCAGTGTTTTG         GTGGCAATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110508 GTAGCCCTGGACGGCATTCAGTGTTTTGGTG...CAGGTGGCAATGGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CATCAATGACTTTCCCATGGGCCGCTTTCTTCGAGATGCCAAGCTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112316 CATCAATGACTTTCCCATGGGCCGCTTTCTTCGAGATGCCAAGCTGTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGATAGGGGCTGGGACCAGCGAGGTGAGGCGGCTGGTCATCGGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112366 AGATAGGGGCTGGGACCAGCGAGGTGAGGCGGCTGGTCATCGGCAGAGCC

   1350     .    :    .
   1252 TTCAATGCAGACTTTCAC
        ||||||||||||||||||
 112416 TTCAATGCAGACTTTCAC