seq1 = pF1KE2337.tfa, 2601 bp
seq2 = pF1KE2337/gi568815587r_19124661.tfa (gi568815587r:19124661_19338134), 213474 bp

>pF1KE2337 2601
>gi568815587r:19124661_19338134 (Chr11)

(complement)

7-294  (99996-100281)   98% ->
295-451  (100665-100821)   100% ->
452-766  (103077-103391)   100% ->
767-928  (103614-103775)   100% ->
929-1066  (105764-105901)   100% ->
1067-1270  (107301-107504)   100% ->
1271-1358  (107807-107894)   100% ->
1359-1893  (108147-108681)   100% ->
1894-2026  (112271-112403)   100% ->
2027-2421  (112520-112914)   100% ->
2422-2601  (113295-113474)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 AACGAAAAGGAAAATCTCTTTTGTGAGCCACATAAAAGGGGACTAATGAA
        ||--|  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 AA  ACCAGGAAAATCTCTTTTGTGAGCCACATAAAAGGGGACTAATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 AACACCTCTGAAAGAATCCACCACAGCAAATATCGTGTTGGCAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 AACACCTCTGAAAGAATCCACCACAGCAAATATCGTGTTGGCAGAGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 AGCCTGACTTTGGCCCTTTAACCACACCTACCAAGCCCAAGGAAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 AGCCTGACTTTGGCCCTTTAACCACACCTACCAAGCCCAAGGAAGGCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 CAGGGAGAGCCGTGGACACCGACAGCCAACCTGAAAATGCTCATCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 CAGGGAGAGCCGTGGACACCGACAGCCAACCTGAAAATGCTCATCAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    207 TGTGAGCCCTGAGATCCGCAACAGAGATCAGAAAAGGGGTTTGTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100194 TGTGAGCCCTGAGATCCGCAACAGAGATCAGAAAAGGGGTTTGTTTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    257 ACAGAAGTGGATTACCTGAGGCCAAAGACTGTATACAC         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100244 ACAGAAGTGGATTACCTGAGGCCAAAGACTGTATACACGTA...TAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 CACTTATCTGGAGATGAATTTGAGAAATCCCAACCAAGTCGAAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 CACTTATCTGGAGATGAATTTGAGAAATCCCAACCAAGTCGAAAAGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 AAGTTTAGGATTATTGTGTCATAAGTTCTTAGCACGATATCCTAATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100718 AAGTTTAGGATTATTGTGTCATAAGTTCTTAGCACGATATCCTAATTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 CCAACCCTGCTGTGAATAATGACATCTGCCTTGACGAAGTGGCAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 CCAACCCTGCTGTGAATAATGACATCTGCCTTGACGAAGTGGCAGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 CTTA         ATGTTGAACGTCGACGCATTTACGATATCGTGAACGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 CTTAGTA...TAGATGTTGAACGTCGACGCATTTACGATATCGTGAACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 CCTAGAGAGTTTACATATGGTGAGCCGCCTCGCCAAAAACAGGTACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103114 CCTAGAGAGTTTACATATGGTGAGCCGCCTCGCCAAAAACAGGTACACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 GGCACGGGCGACACAATCTCAACAAAACCCTTGGCACCTTGAAGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103164 GGCACGGGCGACACAATCTCAACAAAACCCTTGGCACCTTGAAGAGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 GGGGAGGAGAATAAGTACGCCGAGCAGATTATGATGATCAAAAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103214 GGGGAGGAGAATAAGTACGCCGAGCAGATTATGATGATCAAAAAGAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 ATATGAGCAAGAGTTTGACTTTATTAAGAGTTACAGTATAGAGGATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103264 ATATGAGCAAGAGTTTGACTTTATTAAGAGTTACAGTATAGAGGATCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 TCATCAAATCAAACACTGGCCCAAATGGACACCCAGACATGTGTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 TCATCAAATCAAACACTGGCCCAAATGGACACCCAGACATGTGTTTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 GAACTCCCTGGAGTGGAATTTCGGGCAG         CTTCTGTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103364 GAACTCCCTGGAGTGGAATTTCGGGCAGGTG...AAGCTTCTGTAAACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 CCGCAAAGACAAGTCTTTAAGGGTAATGAGCCAGAAATTTGTGATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103627 CCGCAAAGACAAGTCTTTAAGGGTAATGAGCCAGAAATTTGTGATGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 TTTTGGTGTCAACGCCTCAGATAGTAAGCCTAGAAGTTGCTGCCAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103677 TTTTGGTGTCAACGCCTCAGATAGTAAGCCTAGAAGTTGCTGCCAAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 TTAATTGGGGAGGACCATGTGGAAGATTTGGATAAAAGCAAGTTTAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103727 TTAATTGGGGAGGACCATGTGGAAGATTTGGATAAAAGCAAGTTTAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929         CAAAAATTAGGAGGTTGTATGATATAGCTAATGTTCTGAGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103777 TA...CAGCAAAAATTAGGAGGTTGTATGATATAGCTAATGTTCTGAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 GCCTGGATCTTATCAAGAAAGTTCATGTTACAGAGGAAAGAGGCCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105806 GCCTGGATCTTATCAAGAAAGTTCATGTTACAGAGGAAAGAGGCCGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 CCAGCTTTCAAATGGACCGGCCCAGAAATCAGTCCAAATACCAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105856 CCAGCTTTCAAATGGACCGGCCCAGAAATCAGTCCAAATACCAGTGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067      GCTCCAGCCCAGTCATTCATTTTACTCCCTCTGATTTGGAGGTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105906 ..CAGGCTCCAGCCCAGTCATTCATTTTACTCCCTCTGATTTGGAGGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 GACGGTCTTCAAAAGAGAACTGTGCCAAAAACCTCTTTTCCACACGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107346 GACGGTCTTCAAAAGAGAACTGTGCCAAAAACCTCTTTTCCACACGTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 AAACCAAACTTTACTCGACACCCATCTCTTATCAAATTGGTAAAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107396 AAACCAAACTTTACTCGACACCCATCTCTTATCAAATTGGTAAAGAGTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212 AGAAAGTGATCGGAGAAAGATAAATTCTGCGCCCAGTAGCCCTATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107446 AGAAAGTGATCGGAGAAAGATAAATTCTGCGCCCAGTAGCCCTATCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 CCAACAAAG         CTGAGAGTTCTCAGAATTCTGCACCCTTCCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107496 CCAACAAAGGTA...CAGCTGAGAGTTCTCAGAATTCTGCACCCTTCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303 AGTAAAATGGCTCAGCTCGCAGCTATTTGTAAAATGCAGTTAGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107839 AGTAAAATGGCTCAGCTCGCAGCTATTTGTAAAATGCAGTTAGAAGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353 ATCAAG         TGAATCCAGACAGAAAGTGAAAGTACAGCTGGCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107889 ATCAAGGTA...CAGTGAATCCAGACAGAAAGTGAAAGTACAGCTGGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1394 GATCTGGACCCTGCAAACCAGTAGCCCCTCTGGACCCCCCAGTGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108182 GATCTGGACCCTGCAAACCAGTAGCCCCTCTGGACCCCCCAGTGAATGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444 GAGATGGAGCTGACAGCACCGTCCCTCATCCAGCCCCTGGGAATGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108232 GAGATGGAGCTGACAGCACCGTCCCTCATCCAGCCCCTGGGAATGGTTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 CCTGATCCCCAGCCCCTTGTCATCAGCAGTGCCCCTGATCCTACCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 CCTGATCCCCAGCCCCTTGTCATCAGCAGTGCCCCTGATCCTACCTCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544 CCCCTTCAGGCCCATCCTATGCCATCTACCTGCAGCCCACTCAAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 CCCCTTCAGGCCCATCCTATGCCATCTACCTGCAGCCCACTCAAGCCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1594 CAAAGTGTGACGCCACCCCAAGGCCTGAGCCCAACGGTGTGCACCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 CAAAGTGTGACGCCACCCCAAGGCCTGAGCCCAACGGTGTGCACCACCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644 CTCTTCTAAAGCTACTGGCTCAAAAGACTCCACAGATGCCACCACTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 CTCTTCTAAAGCTACTGGCTCAAAAGACTCCACAGATGCCACCACTGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1694 AGGCAGCCAATGATACCTCAAAGGCCAGTGCCTCTACCAGGCCTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108482 AGGCAGCCAATGATACCTCAAAGGCCAGTGCCTCTACCAGGCCTGGAAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744 TTGCTGCCAGCACCAGAGAGGCAAGGGGCAAAGAGCCGAACCAGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108532 TTGCTGCCAGCACCAGAGAGGCAAGGGGCAAAGAGCCGAACCAGGGAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1794 AGCTGGAGAAAGAGGCTCAAAGAGGGCAAGCATGCTCGAGGACAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108582 AGCTGGAGAAAGAGGCTCAAAGAGGGCAAGCATGCTCGAGGACAGTGGTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 CCAAAAAGAAATTTAAAGAGGACCTAAAAGGACTTGAAAATGTCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108632 CCAAAAAGAAATTTAAAGAGGACCTAAAAGGACTTGAAAATGTCTCCGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1894          ACCTTGTTCCCATCAGGATACCTAATCCCTCTCACGCAGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 GTA...TAGACCTTGTTCCCATCAGGATACCTAATCCCTCTCACGCAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1935 CTCATCCCTGGGGGCAGAGTCCATTTTGTCTGGTAAAGAAAACTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112312 CTCATCCCTGGGGGCAGAGTCCATTTTGTCTGGTAAAGAAAACTCAAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1985 CTCTTTCCCCAAACCACAGGATTTACAGCTCCCCAATTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112362 CTCTTTCCCCAAACCACAGGATTTACAGCTCCCCAATTGCAGGTG...CA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2027  GTGTTATTCCAGTGACATCATCTGAACTCACTGCTGTTAATTTTCCCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112519 GGTGTTATTCCAGTGACATCATCTGAACTCACTGCTGTTAATTTTCCCTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2076 TTTTCATGTAACACCGTTGAAGCTAATGGTCTCACCAACTTCCGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112569 TTTTCATGTAACACCGTTGAAGCTAATGGTCTCACCAACTTCCGTGGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2126 CCGTACCTGTCGGGAACAGCCCGGCTCTCGCTTCAAGCCACCCTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112619 CCGTACCTGTCGGGAACAGCCCGGCTCTCGCTTCAAGCCACCCTGTTCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2176 ATCCAGAACCCAAGCTCAGCCATTGTAAACTTCACCCTGCAGCACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112669 ATCCAGAACCCAAGCTCAGCCATTGTAAACTTCACCCTGCAGCACCTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2226 ACTCATCTCACCCAATGTGCAGTTGTCTGCCAGCCCTGGGTCTGGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112719 ACTCATCTCACCCAATGTGCAGTTGTCTGCCAGCCCTGGGTCTGGAATCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2276 TTCCTGTGTCTCCAAGAATAGAGTCTGTTAATGTCGCACCAGAAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112769 TTCCTGTGTCTCCAAGAATAGAGTCTGTTAATGTCGCACCAGAAAATGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2326 GGCACTCAGCAAGGAAGGGCCACCAACTATGACTCACCAGTCCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112819 GGCACTCAGCAAGGAAGGGCCACCAACTATGACTCACCAGTCCCAGGCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2376 GAGCCAGCCAAATGGACAATCAGTTGCTGTGACAGGGGCACAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112869 GAGCCAGCCAAATGGACAATCAGTTGCTGTGACAGGGGCACAACAGGTG.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2422      CCTGTTCCTGTGACACCCAAAGGGTCACAATTAGTGGCCGAAAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112919 ..CAGCCTGTTCCTGTGACACCCAAAGGGTCACAATTAGTGGCCGAAAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2467 TTCTTCCGTACCCCAGGTGGACCCACCAAGCCAACCAGCTCATCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113340 TTCTTCCGTACCCCAGGTGGACCCACCAAGCCAACCAGCTCATCCTGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2517 GGATTTTGAGGGTGCTAATAAAACCTCCTTAGGAACTCTCTTTGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113390 GGATTTTGAGGGTGCTAATAAAACCTCCTTAGGAACTCTCTTTGTCCCAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .
   2567 AGCGAAAACTGGAAGTCTCAACAGAGGATGTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113440 AGCGAAAACTGGAAGTCTCAACAGAGGATGTCCAT