seq1 = pF1KE2326.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KE2326/gi568815578f_31952434.tfa (gi568815578f:31952434_32201516), 249083 bp

>pF1KE2326 1578
>gi568815578f:31952434_32201516 (Chr20)

1-62  (99992-100053)   98% ->
63-183  (119229-119349)   100% ->
184-226  (120886-120928)   100% ->
227-329  (121283-121385)   100% ->
330-428  (122190-122288)   100% ->
429-532  (127341-127444)   100% ->
533-682  (131461-131610)   100% ->
683-835  (131958-132110)   100% ->
836-1015  (134195-134374)   100% ->
1016-1092  (136135-136211)   100% ->
1093-1246  (141430-141583)   100% ->
1247-1378  (146571-146702)   100% ->
1379-1578  (148884-149083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGGGCGCTCAAGCTGCGAGGATCCGGGCTGCCCGCGAGACGAGGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99992 CTGGGGGGGCGCTCAAGCTGCGAGGATCCGGGCTGCCCGCGAGACGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGCGCCCAG         GATGGGGTGCATGAAGTCCAAGTTCCTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100042 GCGGGCGCCCAGGTG...CAGGATGGGGTGCATGAAGTCCAAGTTCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTCGGAGGCAATACATTCTCAAAAACTGAAACCAGCGCCAGCCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119258 AGGTCGGAGGCAATACATTCTCAAAAACTGAAACCAGCGCCAGCCCACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTCCTGTGTACGTGCCGGATCCCACATCCACCATCAAGCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119308 TGTCCTGTGTACGTGCCGGATCCCACATCCACCATCAAGCCGGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GGGCCTAATAGCCACAACAGCAACACACCAGGAATCAGGGAGG      
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120885 GGGGCCTAATAGCCACAACAGCAACACACCAGGAATCAGGGAGGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227    CAGGCTCTGAGGACATCATCGTGGTTGCCCTGTATGATTACGAGGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121280 CAGCAGGCTCTGAGGACATCATCGTGGTTGCCCTGTATGATTACGAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATTCACCACGAAGACCTCAGCTTCCAGAAGGGGGACCAGATGGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121330 ATTCACCACGAAGACCTCAGCTTCCAGAAGGGGGACCAGATGGTGGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGGA         ATCCGGGGAGTGGTGGAAGGCTCGATCCCTGGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121380 AGAGGAGTG...CAGATCCGGGGAGTGGTGGAAGGCTCGATCCCTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCGGAAGGAGGGCTACATCCCAAGCAACTATGTCGCCCGCGTTGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122225 CCCGGAAGGAGGGCTACATCCCAAGCAACTATGTCGCCCGCGTTGACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGAGACAGAGGA         GTGGTTTTTCAAGGGCATCAGCCGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122275 CTGGAGACAGAGGAGTA...CAGGTGGTTTTTCAAGGGCATCAGCCGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGACGCAGAGCGCCAACTGCTGGCTCCCGGCAACATGCTGGGCTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127368 GGACGCAGAGCGCCAACTGCTGGCTCCCGGCAACATGCTGGGCTCCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATCCGGGATAGCGAGACCACTAAAG         GAAGCTACTCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127418 TGATCCGGGATAGCGAGACCACTAAAGGTG...CAGGAAGCTACTCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCGTGCGAGACTACGACCCTCGGCAGGGAGATACCGTGAAACATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131475 TCCGTGCGAGACTACGACCCTCGGCAGGGAGATACCGTGAAACATTACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATCCGGACCCTGGACAACGGGGGCTTCTACATATCCCCCCGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131525 GATCCGGACCCTGGACAACGGGGGCTTCTACATATCCCCCCGAAGCACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAGCACTCTGCAGGAGCTGGTGGACCACTACAAGA         AGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 131575 TCAGCACTCTGCAGGAGCTGGTGGACCACTACAAGAGTG...CAGAGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AACGACGGGCTCTGCCAGAAACTGTCGGTGCCCTGCATGTCTTCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131963 AACGACGGGCTCTGCCAGAAACTGTCGGTGCCCTGCATGTCTTCCAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCAGAAGCCTTGGGAGAAAGATGCCTGGGAGATCCCTCGGGAATCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132013 CCAGAAGCCTTGGGAGAAAGATGCCTGGGAGATCCCTCGGGAATCCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTGGAGAAGAAACTTGGAGCTGGGCAGTTTGGGGAAGTCTGGATGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132063 AGCTGGAGAAGAAACTTGGAGCTGGGCAGTTTGGGGAAGTCTGGATGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836        CCACCTACAACAAGCACACCAAGGTGGCAGTGAAGACGATGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132113 A...CAGCCACCTACAACAAGCACACCAAGGTGGCAGTGAAGACGATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCCAGGGAGCATGTCGGTGGAGGCCTTCCTGGCAGAGGCCAACGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134238 GCCAGGGAGCATGTCGGTGGAGGCCTTCCTGGCAGAGGCCAACGTGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAACTCTGCAGCATGACAAGCTGGTCAAACTTCATGCGGTGGTCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134288 AAACTCTGCAGCATGACAAGCTGGTCAAACTTCATGCGGTGGTCACCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGCCCATCTACATCATCACGGAGTTCATGGCCAAAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 134338 GAGCCCATCTACATCATCACGGAGTTCATGGCCAAAGGTG...TAGGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTGCTGGACTTTCTGAAAAGTGATGAGGGCAGCAAGCAGCCATTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136139 CTTGCTGGACTTTCTGAAAAGTGATGAGGGCAGCAAGCAGCCATTGCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACTCATTGACTTCTCAGCCCAG         ATTGCAGAAGGCATGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 136189 AACTCATTGACTTCTCAGCCCAGGTG...CAGATTGCAGAAGGCATGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCATCGAGCAGAGGAACTACATCCACCGAGACCTCCGAGCTGCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141448 TTCATCGAGCAGAGGAACTACATCCACCGAGACCTCCGAGCTGCCAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTTGGTCTCTGCATCCCTGGTGTGTAAGATTGCTGACTTTGGCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141498 CTTGGTCTCTGCATCCCTGGTGTGTAAGATTGCTGACTTTGGCCTGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGTCATTGAGGACAACGAGTACACGGCTCGGGAAG         GGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 141548 GGGTCATTGAGGACAACGAGTACACGGCTCGGGAAGGTA...CAGGGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGTTCCCCATCAAGTGGACAGCTCCTGAAGCCATCAACTTTGGCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146576 AAGTTCCCCATCAAGTGGACAGCTCCTGAAGCCATCAACTTTGGCTCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CACCATCAAGTCAGACGTCTGGTCCTTTGGTATCCTGCTGATGGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146626 CACCATCAAGTCAGACGTCTGGTCCTTTGGTATCCTGCTGATGGAGATCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCACCTACGGCCGGATCCCTTACCCAG         GGATGTCAAACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 146676 TCACCTACGGCCGGATCCCTTACCCAGGTA...CAGGGATGTCAAACCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAAGTGATCCGAGCTCTGGAGCGTGGATACCGGATGCCTCGCCCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148898 GAAGTGATCCGAGCTCTGGAGCGTGGATACCGGATGCCTCGCCCAGAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTGCCCAGAGGAGCTCTACAACATCATGATGCGCTGCTGGAAAAACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148948 CTGCCCAGAGGAGCTCTACAACATCATGATGCGCTGCTGGAAAAACCGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGGAGGAGCGGCCGACCTTCGAATACATCCAGAGTGTGCTGGATGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148998 CGGAGGAGCGGCCGACCTTCGAATACATCCAGAGTGTGCTGGATGACTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1543 TACACGGCCACAGAGAGCCAGTACCAACAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149048 TACACGGCCACAGAGAGCCAGTACCAACAGCAGCCA