seq1 = pF1KE2319.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE2319/gi568815592f_30526886.tfa (gi568815592f:30526886_30743011), 216126 bp

>pF1KE2319 999
>gi568815592f:30526886_30743011 (Chr6)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-168  (100575-100635)   100% ->
169-260  (100751-100842)   100% ->
261-321  (100966-101026)   100% ->
322-435  (101147-101260)   100% ->
436-537  (101444-101545)   100% ->
538-583  (113492-113537)   100% ->
584-652  (113650-113718)   100% ->
653-724  (115291-115362)   100% ->
725-968  (115883-116126)   100% ->
969-999  (116644-116674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCCCGTTCGATGTGGACGCGCTGTTCCCGGAGCGGATCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTCCCGTTCGATGTGGACGCGCTGTTCCCGGAGCGGATCACGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGACCAGCACCTGAGGCCCCCAGCCCGCCGACCCGGAACCACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGACCAGCACCTGAGGCCCCCAGCCCGCCGACCCGGAACCACAACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCCG         TGTTGATCTACAGCAGCAAATTATGACCATTATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCCGGTG...TAGTGTTGATCTACAGCAGCAAATTATGACCATTATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAACTGGGCAAGGCTTCTGCCAAG         GCCCAGAATCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100609 GATGAACTGGGCAAGGCTTCTGCCAAGGTA...CAGGCCCAGAATCTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGCTCCTATCACTAGTGCATCAAGGATGCAGAGTAACCGCCATGTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 CGCTCCTATCACTAGTGCATCAAGGATGCAGAGTAACCGCCATGTTGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATATTCTCAAAGACAGTTCAGCCCGACC         GGCTGGAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100815 ATATTCTCAAAGACAGTTCAGCCCGACCGTG...CAGGGCTGGAAAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCATTATTGGTTTCATCAAAGTTGGATACAAGAAGCTCTTTGTACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100979 GCCATTATTGGTTTCATCAAAGTTGGATACAAGAAGCTCTTTGTACTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        GATGATCGTGAGGCTCATAATGAGGTAGAACCACTTTGCATCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 G...TAGGATGATCGTGAGGCTCATAATGAGGTAGAACCACTTTGCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGACTTTTACATCCATGAGTCTGTGCAACGCCATGGCCATGGGCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 TGGACTTTTACATCCATGAGTCTGTGCAACGCCATGGCCATGGGCGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCTTCCAGTATATGTTGCAG         AAGGAGCGAGTGGAACCGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101240 CTCTTCCAGTATATGTTGCAGGTA...CAGAAGGAGCGAGTGGAACCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCAACTGGCAATTGACCGACCCTCACAGAAGCTGCTGAAATTCCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101464 CCAACTGGCAATTGACCGACCCTCACAGAAGCTGCTGAAATTCCTGAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCACTACAATCTGGAGACCACAGTCCCACAG         GTGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101514 AGCACTACAATCTGGAGACCACAGTCCCACAGGTT...CAGGTGAACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGTGATCTTTGAAGGCTTCTTTGCCCATCAACATC         GGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113501 TTTGTGATCTTTGAAGGCTTCTTTGCCCATCAACATCGTA...CAGGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCCTGCTCCCTCTCTGAGGGCAACTCGACACTCTCGTGCTGCTGCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113654 CCCTGCTCCCTCTCTGAGGGCAACTCGACACTCTCGTGCTGCTGCAGTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCCCACGCCCGCTG         CTCCAGCAAGGAAGCTGCCACCCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113704 ATCCCACGCCCGCTGGTA...CAGCTCCAGCAAGGAAGCTGCCACCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGAGCAGAGGGAGACATCAAGCCATACTCCTCTAGTGACCGAGAAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115317 AGAGCAGAGGGAGACATCAAGCCATACTCCTCTAGTGACCGAGAATGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725      TTCTGAAGGTAGCTGTGGAGCCTCCTTGGCCCCTAAACAGGGCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115367 ..CAGTTCTGAAGGTAGCTGTGGAGCCTCCTTGGCCCCTAAACAGGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CTCGCCGCGCCACACCTCCAGCCCACCCACCCCCCCGCTCCAGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115928 CTCGCCGCGCCACACCTCCAGCCCACCCACCCCCCCGCTCCAGCAGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGAAACTCACCAGAACGAGGTCCCCTCCGCCCCTTTGTGCCAGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115978 GGAAACTCACCAGAACGAGGTCCCCTCCGCCCCTTTGTGCCAGAGCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTGCTGCGTTCCTTGCGCCTCTGCCCCCCACACCCTACCGCCCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116028 GCTGCTGCGTTCCTTGCGCCTCTGCCCCCCACACCCTACCGCCCGCCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGTTGGCTGCTGACCCTGGGGGCAGCCCAGCTCAACGTCGTCGCACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116078 TGTTGGCTGCTGACCCTGGGGGCAGCCCAGCTCAACGTCGTCGCACCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    969         CTCCCTTCCCCGCTCTGAGGAGAGTCGATAC
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116128 TA...CAGCTCCCTTCCCCGCTCTGAGGAGAGTCGATAC