seq1 = pF1KE2304.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE2304/gi568815594f_87876896.tfa (gi568815594f:87876896_88082893), 205998 bp

>pF1KE2304 900
>gi568815594f:87876896_88082893 (Chr4)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-93  (100164-100202)   100% ->
94-174  (103151-103231)   100% ->
175-498  (104580-104903)   100% ->
499-900  (105597-105998)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAATTGCAGTGATTTGCTTTTGCCTCCTAGGCATCACCTGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAATTGCAGTGATTTGCTTTTGCCTCCTAGGCATCACCTGTGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCA         GTTAAACAGGCTGATTCTGGAAGTTCTGAGGAAAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCAGTG...AAGGTTAAACAGGCTGATTCTGGAAGTTCTGAGGAAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         CTTTACAACAAATACCCAGATGCTGTGGCCACATGGCTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTA...TAGCTTTACAACAAATACCCAGATGCTGTGGCCACATGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCCTGACCCATCTCAGAAGCAGAATCTCCTAGCCCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103190 AACCCTGACCCATCTCAGAAGCAGAATCTCCTAGCCCCACAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175  ACCCTTCCAAGTAAGTCCAACGAAAGCCATGACCACATGGATGATATGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104579 GACCCTTCCAAGTAAGTCCAACGAAAGCCATGACCACATGGATGATATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGATGAAGATGATGATGACCATGTGGACAGCCAGGACTCCATTGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104629 ATGATGAAGATGATGATGACCATGTGGACAGCCAGGACTCCATTGACTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACGACTCTGATGATGTAGATGACACTGATGATTCTCACCAGTCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104679 AACGACTCTGATGATGTAGATGACACTGATGATTCTCACCAGTCTGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCTCACCATTCTGATGAATCTGATGAACTGGTCACTGATTTTCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104729 GTCTCACCATTCTGATGAATCTGATGAACTGGTCACTGATTTTCCCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGCCAGCAACCGAAGTTTTCACTCCAGTTGTCCCCACAGTAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104779 ACCTGCCAGCAACCGAAGTTTTCACTCCAGTTGTCCCCACAGTAGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGATGGCCGAGGTGATAGTGTGGTTTATGGACTGAGGTCAAAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104829 TATGATGGCCGAGGTGATAGTGTGGTTTATGGACTGAGGTCAAAATCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGTTTCGCAGACCTGACATCCAG         TACCCTGATGCTACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104879 GAAGTTTCGCAGACCTGACATCCAGGTA...CAGTACCCTGATGCTACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGAGGACATCACCTCACACATGGAAAGCGAGGAGTTGAATGGTGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105613 ACGAGGACATCACCTCACACATGGAAAGCGAGGAGTTGAATGGTGCATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGCCATCCCCGTTGCCCAGGACCTGAACGCGCCTTCTGATTGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105663 AAGGCCATCCCCGTTGCCCAGGACCTGAACGCGCCTTCTGATTGGGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGTGGGAAGGACAGTTATGAAACGAGTCAGCTGGATGACCAGAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105713 CCGTGGGAAGGACAGTTATGAAACGAGTCAGCTGGATGACCAGAGTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAACCCACAGCCACAAGCAGTCCAGATTATATAAGCGGAAAGCCAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105763 AAACCCACAGCCACAAGCAGTCCAGATTATATAAGCGGAAAGCCAATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAGCAATGAGCATTCCGATGTGATTGATAGTCAGGAACTTTCCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105813 GAGAGCAATGAGCATTCCGATGTGATTGATAGTCAGGAACTTTCCAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGCCGTGAATTCCACAGCCATGAATTTCACAGCCATGAAGATATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105863 CAGCCGTGAATTCCACAGCCATGAATTTCACAGCCATGAAGATATGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGTAGACCCCAAAAGTAAGGAAGAAGATAAACACCTGAAATTTCGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105913 TTGTAGACCCCAAAAGTAAGGAAGAAGATAAACACCTGAAATTTCGTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .
    865 TCTCATGAATTAGATAGTGCATCTTCTGAGGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105963 TCTCATGAATTAGATAGTGCATCTTCTGAGGTCAAT