seq1 = pF1KE2298.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE2298/gi568815596r_68765634.tfa (gi568815596r:68765634_68971358), 205725 bp

>pF1KE2298 1272
>gi568815596r:68765634_68971358 (Chr2)

(complement)

1-334  (100001-100334)   100% ->
335-1272  (104788-105725)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCTCTGGTCCTGACACTGTGCGCTCTTTTCTGCCTGGCAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCTCTGGTCCTGACACTGTGCGCTCTTTTCTGCCTGGCAGCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGTTTCTGGCAGCCCCATCATGAACCTAGAGCAGTCTCCTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGTTTCTGGCAGCCCCATCATGAACCTAGAGCAGTCTCCTCTGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATATGTCCCTCTTTGGTGATGTTTTCTCAGAGCAAGACGGTGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATATGTCCCTCTTTGGTGATGTTTTCTCAGAGCAAGACGGTGTCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTAACACACTGCTCCAGAGCATGAAGGATGAGTTTCTTAAGACACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTAACACACTGCTCCAGAGCATGAAGGATGAGTTTCTTAAGACACTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTCTGACATCCCCACGCAGGATTCAGCCAAGGTGGACCCACCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTCTGACATCCCCACGCAGGATTCAGCCAAGGTGGACCCACCAGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGTTGGAACTCTACAACAAATTTGCAACAGATCGGACCTCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATGTTGGAACTCTACAACAAATTTGCAACAGATCGGACCTCCATGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGCCAACATCATTAGGAGTTTCAAGAATGAAG         ATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 TCTGCCAACATCATTAGGAGTTTCAAGAATGAAGGTA...CAGATCTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCCCAGCCGGTCAGTTTTAATGGGCTCCGAAAATACCCCCTCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104795 TTCCCAGCCGGTCAGTTTTAATGGGCTCCGAAAATACCCCCTCCTCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGTGTCCATTCCTCACCATGAAGAGGTCATCATGGCTGAACTTAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104845 ATGTGTCCATTCCTCACCATGAAGAGGTCATCATGGCTGAACTTAGGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACACACTGGTGCAAAGGGATCGTATGATATACGATGGAGTAGACCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104895 TACACACTGGTGCAAAGGGATCGTATGATATACGATGGAGTAGACCGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATTACCATTTTTGAAGTGCTGGAGAGCAAAGGGGATAATGAGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104945 AATTACCATTTTTGAAGTGCTGGAGAGCAAAGGGGATAATGAGGGAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GAAACATGCTGGTCTTGGTGTCTGGGGAGATATATGGAACCAACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104995 GAAACATGCTGGTCTTGGTGTCTGGGGAGATATATGGAACCAACAGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGGGAGACTTTTGATGTCACAGATGCCATCAGACGTTGGCAAAAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105045 TGGGAGACTTTTGATGTCACAGATGCCATCAGACGTTGGCAAAAGTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTCATCCACCCACCAGCTGGAGGTCCACATTGAGAGCAAACACGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105095 CTCATCCACCCACCAGCTGGAGGTCCACATTGAGAGCAAACACGATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAGGATGCCAGCAGTGGACGGCTAGAAATAGATACCAGTGCCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105145 CTGAGGATGCCAGCAGTGGACGGCTAGAAATAGATACCAGTGCCCAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGCATAACCCTTTGCTCATCGTGTTTTCTGATGACCAAAGCAGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105195 AAGCATAACCCTTTGCTCATCGTGTTTTCTGATGACCAAAGCAGTGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGAGGAAGGAGGAACTGAATGAAATGATTTCCCATGAGCAACTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105245 GGAGAGGAAGGAGGAACTGAATGAAATGATTTCCCATGAGCAACTTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCTGGACAACTTGGGCCTGGATAGCTTTTCCAGTGGACCTGGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105295 AGCTGGACAACTTGGGCCTGGATAGCTTTTCCAGTGGACCTGGGGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTTTGTTGCAGATGAGATCAAACATCATCTATGACTCCACTGCCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105345 GCTTTGTTGCAGATGAGATCAAACATCATCTATGACTCCACTGCCCGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGAAGGAACGCCAAAGGAAACTACTGTAAGAGGACCCCGCTCTACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105395 CAGAAGGAACGCCAAAGGAAACTACTGTAAGAGGACCCCGCTCTACATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACTTCAAGGAGATTGGGTGGGACTCCTGGATCATCGCTCCGCCTGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105445 ACTTCAAGGAGATTGGGTGGGACTCCTGGATCATCGCTCCGCCTGGATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAAGCCTATGAATGCCGTGGTGTTTGTAACTACCCCCTGGCAGAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 GAAGCCTATGAATGCCGTGGTGTTTGTAACTACCCCCTGGCAGAGCATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CACACCCACAAAGCATGCAATTATCCAGGCCTTGGTCCACCTCAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 CACACCCACAAAGCATGCAATTATCCAGGCCTTGGTCCACCTCAAGAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCAGAAAGCTTCCAAAGCCTGCTGTGTGCCCACAAAGCTAGAGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 CCCAGAAAGCTTCCAAAGCCTGCTGTGTGCCCACAAAGCTAGAGCCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TCCATCCTCTATTTAGACAAAGGCGTCGTCACCTACAAGTTTAAATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105645 TCCATCCTCTATTTAGACAAAGGCGTCGTCACCTACAAGTTTAAATACGA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 AGGCATGGCCGTCTCCGAATGTGGCTGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105695 AGGCATGGCCGTCTCCGAATGTGGCTGTAGA